前情提要 ggplot2不能截?cái)嗫v坐標(biāo)腫么辦講了幾種截?cái)喾椒锵唬饔虚L(zhǎng)短庐船，我在這篇文章發(fā)出去后收到兩個(gè)反饋，特來(lái)與大家分享? 新方法1.拼圖 出處：https://huifan...
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ggplot2截?cái)嗫v坐標(biāo)--后續(xù) -
試圖厘清熱圖相關(guān)的一些細(xì)節(jié)森嚴(yán)森語(yǔ)： 生活中很多時(shí)候我都習(xí)慣于不知所以而為之吧兔，其結(jié)果通常壞义郑。原因在于經(jīng)常的盲目自信和偶爾不愿承認(rèn)自己的無(wú)知诚纸。 上篇推文介紹了利用Origin繪制熱圖的方法构回，推文一經(jīng)發(fā)出...
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Meta小課題：K-mer什么是K-mer? mer : 分子生物學(xué)領(lǐng)域中意義為：monomeric unit ( mer) ：?jiǎn)误w單元，相當(dāng)于nt或者bp遥赚。通常用于雙鏈核酸中的單位扬舒，100 mer ...
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使用mixcr構(gòu)建免疫組庫(kù)及下游分析免疫組庫(kù)（Immune Repertoire，IR）是指?jìng)€(gè)體在某個(gè)特定時(shí)間其循環(huán)系統(tǒng)中所有多樣性的T細(xì)胞和B細(xì)胞的總和凫佛，即V(D)J序列多樣性的集合讲坎。免疫組庫(kù)分析是指運(yùn)用高通...
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【文獻(xiàn)】T細(xì)胞受體庫(kù)分析方法綜述-2018-12-03背景 T細(xì)胞介導(dǎo)的抗原識(shí)別主要是依靠T細(xì)胞受體（TCR）和主要組織相容性復(fù)合體MHC的相互作用泽腮。如下圖a：TCR是一群具有高度多樣性的二聚體，由α鏈和β鏈構(gòu)成衣赶，或者由γ鏈和δ...
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復(fù)旦研究僧府瞄，一個(gè)從計(jì)算機(jī)坑跳進(jìn)醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)挖掘的小白
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Permutation test（置換檢驗(yàn)）以及在R中的應(yīng)用Permutation test 可以稱作是置換檢驗(yàn)碧磅，F(xiàn)isher于20世紀(jì)30年代提出的一種基于大量計(jì)算（computationally intensive），利用樣本數(shù)據(jù)...
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不愿閉門(mén)造車(chē)<br>歡迎批評(píng)指正
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2019-08-09 一張圖串聯(lián)基本的統(tǒng)計(jì)學(xué)自從入了生信的坑，就無(wú)時(shí)不刻不被導(dǎo)師吐槽統(tǒng)計(jì)學(xué)知識(shí)和思想的匱乏货邓。思想一時(shí)半會(huì)是夠嗆建立了秆撮，先把知識(shí)學(xué)一下吧。搜集各方資料换况，出圖一張职辨！ 另外，特別喜歡這個(gè)博主的生物統(tǒng)計(jì)專題：分...
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使用R語(yǔ)言繪制熱圖：R包pheatmap的全參數(shù)詳細(xì)介紹pheatmap參數(shù)： 網(wǎng)上有針對(duì)熱圖繪制的粗略講解戈二，但是都是參數(shù)不完整舒裤，可能不能滿足所有人需求，于是手動(dòng)整理了熱圖的全參數(shù)介紹觉吭。 mat 數(shù)組矩陣（要繪制熱圖的數(shù)據(jù)源腾供，保證...
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一起學(xué)生信伴鳖。
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R語(yǔ)言基礎(chǔ)7--R語(yǔ)言中的正則表達(dá)式R語(yǔ)言基礎(chǔ)系列： R語(yǔ)言基礎(chǔ)1--R數(shù)據(jù)格式：.rds和.rda的區(qū)別[http://www.reibang.com/p/6a824548887b] R語(yǔ)言基礎(chǔ)2--數(shù)據(jù)排...
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2019-12-05（關(guān)于logfc和p值）
9：00-9：40 昨天在小郭老師講述了關(guān)于logfc和p值的含義，差不多有點(diǎn)理解的框架徙硅。差異倍數(shù)(fold change)榜聂，fold change翻譯過(guò)來(lái)就是倍數(shù)變化。li...
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獨(dú)立開(kāi)發(fā)者，終身學(xué)習(xí)者脐往，喜歡交朋友，歡迎討論扳埂，共同成長(zhǎng)业簿，一起進(jìn)步。
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單細(xì)胞研究聯(lián)合T細(xì)胞受體分析2022年【最新進(jìn)展】這篇文章是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組（scRNAseq）和TCRseq聯(lián)合分析的一個(gè)綜述阳懂，介紹了目前關(guān)于這兩種數(shù)據(jù)聯(lián)合分析的最新進(jìn)展(2022年)梅尤。 1. 介紹 1.1 T細(xì)胞受體的作用 ...
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使用immunarch包進(jìn)行單細(xì)胞免疫組庫(kù)數(shù)據(jù)分析（五）：Repertoire overlap and public clonotypes免疫組庫(kù)重疊分析 免疫組庫(kù)重疊（Repertoire overlap）是度量不同樣本之間TCR或BCR庫(kù)相似性的最常用方法缰揪。它是通過(guò)計(jì)算在給定的Repertoire之間共享的...
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R語(yǔ)言畫(huà)實(shí)現(xiàn)t-SNE分析和畫(huà)圖1.編一個(gè)數(shù)據(jù) 需要一個(gè)行為樣本陨享，列為變量(例如基因)的矩陣。 2.完成tsne分析并畫(huà)圖 畫(huà)圖搞起 3.神奇參數(shù)perplexity perplexity的默認(rèn)值是30钝腺。樣...
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R語(yǔ)言可視化（十六）：PCA圖繪制16. PCA圖繪制 清除當(dāng)前環(huán)境中的變量 設(shè)置工作目錄 加載示例數(shù)據(jù) 使用prcomp函數(shù)進(jìn)行PCA分析 使用基礎(chǔ)plot函數(shù)繪制PCA圖 使用ggplot2包繪制PCA圖...
