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拯救你那些富集不到結(jié)果的基因數(shù)據(jù)整理 因為這個是我學(xué)生的真實數(shù)據(jù)决瞳，所以就不方便放出來給大家做示例文件了丽焊，可以只看代碼帖汞，或者拿自己的數(shù)據(jù)練練手缚柏。 975個基因做不出GO富集辩蛋，我的第一反應(yīng)是孩子學(xué)藝不精呻畸，然...
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使用R語言rstatix包進行ANOVA并自動兩兩比較可視化關(guān)于單因素方差分析，網(wǎng)上有很多方法悼院，比如使用R語言進行單因素方差分析以及結(jié)果可視化[https://mp.weixin.qq.com/s/PDbuql_ANZVu14Sk6V...
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Linux 安裝和卸載miniconda3
一伤为、安裝miniconda3 1. miniconda3 下載并安裝 換到安裝位置（一般為主目錄~）， 從中科大鏡像下載最新的miniconda3据途，bash啟動安裝绞愚，一直en...
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更新AnnotationHub對應(yīng)數(shù)據(jù)庫
最近在使用AnnotationHub下載Orgdb數(shù)據(jù)時遇到了一個問題，使用模塊更新數(shù)據(jù)后發(fā)現(xiàn)日期停留在了2018年颖医，數(shù)據(jù)沒有更新∥获茫現(xiàn)在很多分析依賴數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)，如果不更新熔萧，分...
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GWAS全基因組關(guān)聯(lián)分析工具GAPIT最新版的安裝教程與報錯解決方案GWAS工具GAPIT最新版 本篇筆記主要內(nèi)容是GWAS分析軟件GAPIT最新版的安裝和使用教程糖驴，包括常見的報錯以及解決方案，主要出錯位置在LDheatmap佛致、stringi...
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R語言編碼規(guī)范
1.一般性規(guī)則 （1）避免使用attach贮缕。（2）寫函數(shù)時盡量少的使用stop()。（3）定義S3和S4的對象不要混在一起使用俺榆。 2.文件命名 (1)文件名應(yīng)以.R結(jié)尾跷睦，文件...
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GWAS筆記4-LDSC為什么要做LDSC 通過GWAS分析可以識別到與表型相關(guān)的SNP位點，然而嚴格來講肋演，這個結(jié)果并不一定真實客觀的描述遺傳因素對表型的效應(yīng)抑诸，因為其結(jié)果是由以下兩個因素共同構(gòu)成的：...
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GO蜕乡、KEGG富集分析——DAVID與KOBAS在線分析工具在進行差異基因表達分析時，得到顯著差異基因后梗夸，接下來就需要分析這些基因參與了哪些功能层玲，常見的就是GO功能注釋和KEGG通路富集分析，今天為大家介紹在線分析工具的使用——DAV...
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【腳本搬運工】convert gbff to gff/fasta
寫在前面從NCBI下載的注釋文件通常是gbff格式的铅碍，而我們平時做上游分析用到的大多數(shù)為gff或gtf文件润绵，那么這兩種格式之間怎么進行轉(zhuǎn)換呢。一番搜索后得到如下perl腳本胞谈。...
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Biopython之gbff轉(zhuǎn)gff格式 2020-04-27gbff是NCBI基因組數(shù)據(jù)庫常見的基因組genebank格式文件尘盼，在實際分析中憨愉，常常需要gff格式或者gtf格式，所以就存在gbff轉(zhuǎn)換gff格式的需求image.png ...
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2022-12-14使用bedtools進行g(shù)was基因注釋GWAS分析中卿捎，找到顯著性SNP配紫，需要注釋，才能找到候選的基因午阵。 什么是注釋呢躺孝？我們知道，GWAS的依據(jù)是snp與控制性狀的基因處于LD狀態(tài)底桂，所以括细，我們才能推斷顯著性的SNP...
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GWAS提取顯著位點信息提取位點，要確定顯著SNP上下游多長戚啥，來查找基因奋单，這就需要計算LD衰減距離：LD衰減圖繪制，然后根據(jù)上下游去和gff文件合并猫十，把區(qū)間內(nèi)的基因找到览濒，這就找到目標(biāo)基因了。 下面拖云，...
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多年多點的表型處理表型值處理BLUP和BLUE值當(dāng)有多個年份和多個地點的表型值之后贷笛，基因型只有一套，這時如果用來做GWAS的時候宙项，就需要對表型值進行重新計算乏苦。多年多點的表型值用于GWAS分析前，一般有以下三種方式供預(yù)處理表...
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R-tidyverse系列-stringr字符處理stringr字符處理 - 簡書 (jianshu.com)[http://www.reibang.com/p/2e5063407d83]dplyr表格操作 - 簡書 (j...
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生信小白一枚盆繁，<br><br>有問題可以私信我掀淘，<br><br>謝謝。
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R語言 -- 交并補：intersect油昂、union革娄、setdiff、Reduce多重操作
R語言 -- 交并補：intersect冕碟、union拦惋、setdiff、Reduce多重操作
