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【小工具】R 畫venn圖 二個三個四個五個數(shù)據(jù)： 待比較的數(shù)據(jù)以文件形式存儲躬审，且每行是一個單獨的數(shù)據(jù)狐树。注意文件名格式建議以“.”分隔：A.txt拦惋，B.txt媚送，因為A和B將用在圖中噩咪。比如： 功能： 1）兩個吩愧，三個芋酌，四個...
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個人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問)
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淺談統(tǒng)計檢驗的效能和假陽性最近寫的文章，朋友過目后提出的問題讓我自己感覺到本科階段的學(xué)習(xí)沒有做一個非常好的總結(jié)盒至，應(yīng)付完考試之后酗洒，早已忘到九霄云外，現(xiàn)在的我通過寫博客枷遂，一點一點找回來樱衷。 什么是統(tǒng)計檢驗的...
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【R語言】ggtree繪制進化樹繪制進化樹的方法有很多阔籽，入門的MEGA。美化比較好用的牲蜀，也是我經(jīng)常用的工具如iTOL笆制，evolview等。 今天測試了另外一個別的paper和筆記中經(jīng)常用的的一個R包：ggt...
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Hyphy涣达，不亞于Paml的選擇壓力分析的優(yōu)秀軟件在辆，使用指北
近幾年來，Hyphy的使用人數(shù)越來越來多度苔，雖然不及paml匆篓，但這款軟件的一些優(yōu)秀特性使得它值得受到使用和關(guān)注。首先相比paml寇窑，hyphy有以下幾大優(yōu)點： 操作使用簡單鸦概。 運...
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數(shù)據(jù)處理，分析與展現(xiàn)福青，R語言編程摄狱，Python, 圖表制作，基于數(shù)據(jù)的決策與執(zhí)行,算法素跺。Life is short, use Linux.
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在線工具網(wǎng)站指厌，生物分析的一些網(wǎng)站或者數(shù)據(jù)庫之類的文章刊愚。??相關(guān)的文章會在收錄時間上相近，請點擊『最新收錄』 ?????????????????????????? ?? 數(shù)據(jù)庫踩验，比如Ensembl鸥诽、Phytome ?? 癌癥分析網(wǎng)站，比如GEPIA箕憾、cBioportal ?? 系統(tǒng)發(fā)育樹的美化牡借，比如iTOL ?? 基因注釋，比如Metascape袭异、KASS ?? 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測钠龙，比如pfam、SMART ?? 在線繪制統(tǒng)計圖，比如Venny ?? 序列比對碴里，比如blast ?? 引物設(shè)計沈矿，比如primer3、primer-blast ?? 文獻下載咬腋，比如sci-hub羹膳，文獻鳥 ?? 。根竿。陵像。
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一些生物信息學(xué)用到的軟件醒颖，工具，介紹用法安裝以及以及應(yīng)用的文章 ?? 測序組裝使用的Spades壳炎、canu等等 ?? 序列比對比如blast图贸、bowtie、diamond等 ?? 多序列比對比如mega冕广、clustalW、matff等 ?? 序列格式轉(zhuǎn)化的samtools偿洁、bedtools等等 ?? 可變剪接分析的rMATS撒汉、MISO ?? 微衛(wèi)星序列查找工具misa等 ?? call peak的工具macs2 ?? 文獻下載工具Sci-hub桌面版 ?? 進化樹構(gòu)建工具IQtree、ggtree等 ?? 同源基因查找工具OrthoMCL涕滋、OrthoFinder等 ?? 尋找測序中的結(jié)構(gòu)變異或者SNP序列GATK睬辐、bcftools等 ?? 宏基因組組裝與分析的anvi'o、QIMME ?? 測序質(zhì)量評估的FastQC宾肺、BUSCO溯饵、QUAST ?? 可視化工具比如IGV、3D Genome ?? 測序數(shù)據(jù)下載工具SRA Toolkit锨用、ascp等 ?? 數(shù)據(jù)可視化的工具circos 等等
