發(fā)簡信
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【小工具】R 畫venn圖 二個三個四個五個數(shù)據(jù)： 待比較的數(shù)據(jù)以文件形式存儲，且每行是一個單獨的數(shù)據(jù)。注意文件名格式建議以“.”分隔：A.txt闸翅，B.txt，因為A和B將用在圖中。比如： 功能： 1）兩個等浊，三個，四個...
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個人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問)
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淺談統(tǒng)計檢驗的效能和假陽性最近寫的文章纬霞，朋友過目后提出的問題讓我自己感覺到本科階段的學(xué)習(xí)沒有做一個非常好的總結(jié)凌埂，應(yīng)付完考試之后，早已忘到九霄云外诗芜，現(xiàn)在的我通過寫博客瞳抓，一點一點找回來埃疫。 什么是統(tǒng)計檢驗的...
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【R語言】ggtree繪制進(jìn)化樹繪制進(jìn)化樹的方法有很多，入門的MEGA丛晌。美化比較好用的仅炊，也是我經(jīng)常用的工具如iTOL，evolview等茵乱。 今天測試了另外一個別的paper和筆記中經(jīng)常用的的一個R包：ggt...
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Hyphy茂洒，不亞于Paml的選擇壓力分析的優(yōu)秀軟件，使用指北
近幾年來瓶竭，Hyphy的使用人數(shù)越來越來多督勺，雖然不及paml，但這款軟件的一些優(yōu)秀特性使得它值得受到使用和關(guān)注斤贰。首先相比paml智哀，hyphy有以下幾大優(yōu)點： 操作使用簡單。 運...
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數(shù)據(jù)處理骗爆，分析與展現(xiàn)次氨，R語言編程，Python, 圖表制作摘投，基于數(shù)據(jù)的決策與執(zhí)行,算法煮寡。Life is short, use Linux.
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在線工具網(wǎng)站幸撕，生物分析的一些網(wǎng)站或者數(shù)據(jù)庫之類的文章。??相關(guān)的文章會在收錄時間上相近外臂，請點擊『最新收錄』 ?????????????????????????? ?? 數(shù)據(jù)庫坐儿，比如Ensembl、Phytome ?? 癌癥分析網(wǎng)站，比如GEPIA挑童、cBioportal ?? 系統(tǒng)發(fā)育樹的美化累铅，比如iTOL ?? 基因注釋，比如Metascape站叼、KASS ?? 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測，比如pfam菇民、SMART ?? 在線繪制統(tǒng)計圖尽楔，比如Venny ?? 序列比對，比如blast ?? 引物設(shè)計第练，比如primer3阔馋、primer-blast ?? 文獻(xiàn)下載，比如sci-hub娇掏，文獻(xiàn)鳥 ?? 呕寝。。婴梧。
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一些生物信息學(xué)用到的軟件塞蹭，工具孽江，介紹用法安裝以及以及應(yīng)用的文章 ?? 測序組裝使用的Spades、canu等等 ?? 序列比對比如blast番电、bowtie岗屏、diamond等 ?? 多序列比對比如mega、clustalW漱办、matff等 ?? 序列格式轉(zhuǎn)化的samtools这刷、bedtools等等 ?? 可變剪接分析的rMATS、MISO ?? 微衛(wèi)星序列查找工具misa等 ?? call peak的工具macs2 ?? 文獻(xiàn)下載工具Sci-hub桌面版 ?? 進(jìn)化樹構(gòu)建工具IQtree娩井、ggtree等 ?? 同源基因查找工具OrthoMCL暇屋、OrthoFinder等 ?? 尋找測序中的結(jié)構(gòu)變異或者SNP序列GATK、bcftools等 ?? 宏基因組組裝與分析的anvi'o撞牢、QIMME ?? 測序質(zhì)量評估的FastQC率碾、BUSCO、QUAST ?? 可視化工具比如IGV屋彪、3D Genome ?? 測序數(shù)據(jù)下載工具SRA Toolkit所宰、ascp等 ?? 數(shù)據(jù)可視化的工具circos 等等
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主要關(guān)注于脊椎動物適應(yīng)性進(jìn)化與比較基因組學(xué)研究<br>簡書原賬號：WhyDoWeAge
