發(fā)簡信
IP屬地：北京
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西澳大學(xué)生物信息博士一枚<br>研究方向: 植物泛基因組與群體基因組學(xué)的挖掘<br><br>簡信不回答問題缨硝，有問題發(fā)至<br>lakeseafly50@gmail.com
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你真的知道如何下載生物信息學(xué)公眾數(shù)據(jù)嗎
隨著測序技術(shù)的發(fā)展助隧，每天都會有不少的測試數(shù)據(jù)上傳到NCBI SRA等的數(shù)據(jù)庫上恳蹲，但是如果快速穩(wěn)定的下載上傳好的數(shù)據(jù)其實也是一門學(xué)問步氏，今天就給大家總結(jié)一下响禽，wget的使用和SR...
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GATK相關(guān)軟件的使用介紹界阁、文檔整理
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一些生物信息學(xué)用到的軟件泡躯，工具贮竟，介紹用法安裝以及以及應(yīng)用的文章 ?? 測序組裝使用的Spades、canu等等 ?? 序列比對比如blast较剃、bowtie咕别、diamond等 ?? 多序列比對比如mega、clustalW写穴、matff等 ?? 序列格式轉(zhuǎn)化的samtools惰拱、bedtools等等 ?? 可變剪接分析的rMATS、MISO ?? 微衛(wèi)星序列查找工具misa等 ?? call peak的工具macs2 ?? 文獻(xiàn)下載工具Sci-hub桌面版 ?? 進(jìn)化樹構(gòu)建工具IQtree啊送、ggtree等 ?? 同源基因查找工具OrthoMCL偿短、OrthoFinder等 ?? 尋找測序中的結(jié)構(gòu)變異或者SNP序列GATK欣孤、bcftools等 ?? 宏基因組組裝與分析的anvi'o、QIMME ?? 測序質(zhì)量評估的FastQC昔逗、BUSCO降传、QUAST ?? 可視化工具比如IGV、3D Genome ?? 測序數(shù)據(jù)下載工具SRA Toolkit勾怒、ascp等 ?? 數(shù)據(jù)可視化的工具circos 等等
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收集一些生物信息學(xué)的分析流程的文章控硼。感謝這些簡友整理的生信分析流程！ 如果簡友投稿沒有被我收入專題艾少，可能是我沒看到或者收入到其他針對性更強的專題中了卡乾。望見諒！ ???????????????????????? 文章的收錄是有順序的缚够，查看的時候請點擊“最新收錄”然后進(jìn)行查看幔妨。 ?? 全基因組測序(WGS)分析 ?? 轉(zhuǎn)錄組分析RNA-seq的分析流程 ?? 染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)ATAC-Seq、ChIP-Seq分析 ?? 單細(xì)胞scRNA-seq分析 ?? 癌癥的預(yù)后標(biāo)志物查找 ?? 系統(tǒng)發(fā)育演化進(jìn)化樹構(gòu)建與分析 ?? 群體遺傳學(xué)分析 ?? 全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS) ?? 基因家族的分析 ?? 甲基化測序與分析 ?? KEGG/GO功能富集分析 ?? 圖形繪制具體細(xì)節(jié)的比如熱圖谍椅、曼哈頓圖的繪制等 ?? python误堡、perl、R的包的使用過程 ?? 具體工具的使用雏吭，比如GATK的使用過程 ?? 數(shù)據(jù)庫的挖掘方法锁施，比如TCGA數(shù)據(jù)庫的使用 ?? 另外就是整個文章走下來的流程 ?? ?? ??
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一位愛好文學(xué)的資深程序開發(fā)工程師吕喘。熱愛工作又極度顧家的有為社會青年赘那。<br><br>帶貨 <a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fasktug.com%2F" target="_blank">https://asktug.com/</a>
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Paxos 算法淺析持續(xù)更新 如何淺顯易懂地解說 Paxos 的算法？ 參考資料 #8：知行學(xué)社的分布式系統(tǒng)與Paxos算法視頻課程峰尝，循序漸進(jìn)偏窝，講解得比較淺顯易懂 Paxos 背景 什么是 co...
