分離體分組混合分析法（Bulked Sergeant Analysis, BSA）也稱為集群分離分析法或混合分組分析法聪富，是從近等基因系分析法演變而來的膀哲。常規(guī)的育種通常從近等基...
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遺傳統(tǒng)計|BSA-seq混合分組鑒定功能基因 -
7.2 GWAS：系統(tǒng)進化樹美化——ITOL官方網(wǎng)站：https://itol.embl.de/[https://itol.embl.de/] ITOL是Interaction Tree Of Life（網(wǎng)址：http...
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WGDI | 比較基因組分析神器期升，要啥有啥镊尺！寫在前面 Emmm寸莫，前面推送了幾期好基友-比較基因組小王子的 WGDI 軟件使用和比較基因組圖表解讀。后臺常常受到消息鹿寨，大體意思“快更新新博！”。原本脚草，我和小王子商量的是一周一更...
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使用KaKs_calculator計算Ka/Ks
安裝kakscalculator2 kakscalculator2下載地址[https://sourceforge.net/projects/kakscalculator2/...
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2019-09-22
Genomic analyses of primitive, wild and cultivated citrus provide insights into asexual...
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「基因組注釋」MITE-Hunter鑒別基因組的MITE序列背景篇 MITE屬于II類非自主轉(zhuǎn)座因子赫悄，并且在真核生物中存在大量的拷貝。 MITE長度大約是500bp，并且擴增速度非彻』矗快姑隅。2013年一篇發(fā)表在NAR的文章"P-MITE:...
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轉(zhuǎn)座子（TE,散在重復(fù)）特征及其對基因組影響基因組中重復(fù)序列大體分為兩類：串聯(lián)重復(fù)（Tandem repeats，Tandem Duplication） （TRF可預(yù)測）散在重復(fù)（Dispersed repeats）倔撞，...
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重復(fù)序列注釋基因組注釋第一步：重復(fù)序列注釋 串聯(lián)重復(fù)序列（衛(wèi)星序列） ：特定的單元首尾相連特定的單元散落：散在重復(fù)序列（轉(zhuǎn)座子） 分類： 衛(wèi)星序列 ：重復(fù)序列長度大于100bp小衛(wèi)星序列...
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重復(fù)序列注釋重復(fù)序列廣泛存在于真核生物基因組中, 這些重復(fù)序列或集中成簇, 或分散在基因之間讲仰。根據(jù)分布把重復(fù)序列分為散在重復(fù)序列和串聯(lián)重復(fù)序列。 重復(fù)序列的分類 重復(fù)序列注釋流程 參考腳...
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RepeatMasker注釋重復(fù)序列二RepeatMasker二.再次學(xué)習(xí) 2023年3月16日 9:28 近期通過看文獻和接觸到的新的重復(fù)序列注釋工具痪蝇，對RepeatMasker的使用理解加深了一點點鄙陡，對重復(fù)序...
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EDTA | TE 注釋工具https://www.baidu.com/s?wd=EDTA%20%20%20LTR&rsv_spt=1&rsv_iqid=0xf6737f5d00006e15&issp=...
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基因組結(jié)構(gòu)注釋軟件列表
基因組結(jié)構(gòu)注釋主要包括三個方面：從頭注釋（de novo prediction）给僵、同源注釋（homology-based prediction）以及基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)注釋（tra...
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基因結(jié)構(gòu)注釋（4）：整合預(yù)測結(jié)果參考鏈接 如何對基因組進行注釋[http://www.reibang.com/p/931e9821c45a] 從頭預(yù)測毫捣，同源注釋和轉(zhuǎn)錄組整合都會得到一個預(yù)測結(jié)果，相當(dāng)于收集...
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EDTA | TE注釋一句話評價：重復(fù)序列注釋用EDTA就完事了想际。 簡介 EDTA, 全稱是 Extensive de-novo TE Annotator, 一個綜合性的流程工具培漏，它整合了目前LT...
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富集分析結(jié)果展示（一）——氣泡圖01—研究背景 記得在兩年前剛學(xué)生信時，和很多小伙伴一樣胡本，在做完差異基因分析或者進行基因特異性篩選時，發(fā)現(xiàn)結(jié)果有幾百個甚至上千個基因畸悬。心里想侧甫，這么多基因，如果每一個基因去NC...
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運用NCBI CDD預(yù)測結(jié)構(gòu)域NCBI CDD地址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/bwrpsb/bwrpsb.cgi[https://www.ncbi.nl...