分離體分組混合分析法（Bulked Sergeant Analysis, BSA）也稱(chēng)為集群分離分析法或混合分組分析法做院，是從近等基因系分析法演變而來(lái)的耍目。常規(guī)的育種通常從近等基...
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遺傳統(tǒng)計(jì)|BSA-seq混合分組鑒定功能基因 -
7.2 GWAS：系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)美化——ITOL官方網(wǎng)站：https://itol.embl.de/[https://itol.embl.de/] ITOL是Interaction Tree Of Life（網(wǎng)址：http...
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WGDI | 比較基因組分析神器，要啥有啥嫡意！寫(xiě)在前面 Emmm秆撮，前面推送了幾期好基友-比較基因組小王子的 WGDI 軟件使用和比較基因組圖表解讀。后臺(tái)常常受到消息船侧，大體意思“快更新欠气！”。原本镜撩，我和小王子商量的是一周一更...
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使用KaKs_calculator計(jì)算Ka/Ks
安裝kakscalculator2 kakscalculator2下載地址[https://sourceforge.net/projects/kakscalculator2/...
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2019-09-22
Genomic analyses of primitive, wild and cultivated citrus provide insights into asexual...
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「基因組注釋」MITE-Hunter鑒別基因組的MITE序列背景篇 MITE屬于II類(lèi)非自主轉(zhuǎn)座因子预柒，并且在真核生物中存在大量的拷貝。 MITE長(zhǎng)度大約是500bp袁梗，并且擴(kuò)增速度非骋搜欤快。2013年一篇發(fā)表在NAR的文章"P-MITE:...
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轉(zhuǎn)座子（TE,散在重復(fù)）特征及其對(duì)基因組影響基因組中重復(fù)序列大體分為兩類(lèi)：串聯(lián)重復(fù)（Tandem repeats遮怜，Tandem Duplication） （TRF可預(yù)測(cè)）散在重復(fù)（Dispersed repeats）淋袖，...
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重復(fù)序列注釋基因組注釋第一步：重復(fù)序列注釋 串聯(lián)重復(fù)序列（衛(wèi)星序列） ：特定的單元首尾相連特定的單元散落：散在重復(fù)序列（轉(zhuǎn)座子） 分類(lèi)： 衛(wèi)星序列 ：重復(fù)序列長(zhǎng)度大于100bp小衛(wèi)星序列...
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重復(fù)序列注釋重復(fù)序列廣泛存在于真核生物基因組中, 這些重復(fù)序列或集中成簇, 或分散在基因之間。根據(jù)分布把重復(fù)序列分為散在重復(fù)序列和串聯(lián)重復(fù)序列锯梁。 重復(fù)序列的分類(lèi) 重復(fù)序列注釋流程 參考腳...
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RepeatMasker注釋重復(fù)序列二RepeatMasker二.再次學(xué)習(xí) 2023年3月16日 9:28 近期通過(guò)看文獻(xiàn)和接觸到的新的重復(fù)序列注釋工具即碗，對(duì)RepeatMasker的使用理解加深了一點(diǎn)點(diǎn)焰情，對(duì)重復(fù)序...
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EDTA | TE 注釋工具https://www.baidu.com/s?wd=EDTA%20%20%20LTR&rsv_spt=1&rsv_iqid=0xf6737f5d00006e15&issp=...
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基因組結(jié)構(gòu)注釋軟件列表
基因組結(jié)構(gòu)注釋主要包括三個(gè)方面：從頭注釋?zhuān)╠e novo prediction）蕊肥、同源注釋?zhuān)╤omology-based prediction）以及基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)注釋?zhuān)╰ra...
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基因結(jié)構(gòu)注釋?zhuān)?）：整合預(yù)測(cè)結(jié)果參考鏈接 如何對(duì)基因組進(jìn)行注釋[http://www.reibang.com/p/931e9821c45a] 從頭預(yù)測(cè)谒获，同源注釋和轉(zhuǎn)錄組整合都會(huì)得到一個(gè)預(yù)測(cè)結(jié)果，相當(dāng)于收集...
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EDTA | TE注釋一句話評(píng)價(jià)：重復(fù)序列注釋用EDTA就完事了壁却。 簡(jiǎn)介 EDTA, 全稱(chēng)是 Extensive de-novo TE Annotator, 一個(gè)綜合性的流程工具批狱，它整合了目前LT...
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富集分析結(jié)果展示（一）——?dú)馀輬D01—研究背景 記得在兩年前剛學(xué)生信時(shí)，和很多小伙伴一樣展东，在做完差異基因分析或者進(jìn)行基因特異性篩選時(shí)赔硫，發(fā)現(xiàn)結(jié)果有幾百個(gè)甚至上千個(gè)基因。心里想盐肃，這么多基因爪膊，如果每一個(gè)基因去NC...
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運(yùn)用NCBI CDD預(yù)測(cè)結(jié)構(gòu)域NCBI CDD地址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/bwrpsb/bwrpsb.cgi[https://www.ncbi.nl...