暮光鵪鶉

Introduction ANI 是指平均核苷酸一致性（Average Nucleotide Identity）捺典，它是一種用來(lái)比較兩種基因組之間相似度的方法检盼。ANI 主要用于...

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大家經(jīng)常在文獻(xiàn)中看到非常漂亮的多序列比對(duì)圖囱修，上面標(biāo)注了各種蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)的信息仔戈，現(xiàn)在小白將目前見(jiàn)過(guò)的最好看的序列比對(duì)圖和蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)的組合圖的作圖方法作分享，希望對(duì)大家的科研工...

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kraken 是微生物組分析進(jìn)行物種分類(lèi)的工具文捶，目前已經(jīng)是第二代 kraken2 了宛官。kraken2 對(duì)比 kraken 重點(diǎn)優(yōu)化了數(shù)據(jù)庫(kù)創(chuàng)建速度和數(shù)據(jù)庫(kù)大小，以及分類(lèi)速度凶杖。...

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1. metaWRAP簡(jiǎn)介 [MetaWRAP](https://github.com/bxlab/metaWRAP "MetaWRAP")旨在成為一個(gè)易于使用的宏基因組數(shù)據(jù)...

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將序列比對(duì)的結(jié)果保存為漂亮的圖片 多序列比對(duì)在分子生物學(xué)中是一個(gè)基本方法，用來(lái)發(fā)現(xiàn)特征序列寻咒，進(jìn)行蛋白分類(lèi)哮翘，證明序列間的同源性，幫助預(yù)測(cè)新序列二級(jí)結(jié)構(gòu)與三級(jí)結(jié)構(gòu)毛秘，確定PCR引物...

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大家經(jīng)常在文獻(xiàn)中看到非常好看的序列比對(duì)圖饭寺，現(xiàn)在筆者將目前見(jiàn)過(guò)的最好看的序列比對(duì)圖的作圖方法作分享，希望對(duì)大家的科研工作有所幫助叫挟，效果圖如下： 1.在蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)艰匙、Genbank...

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在處理fasta序列的時(shí)候，我們經(jīng)常需要獲取每一條fasta序列的長(zhǎng)度抹恳。今天小編就跟大家來(lái)分享四種獲取fasta序列長(zhǎng)度的方法员凝。 一、awk 輸出為 二奋献、bioawk 得到的...

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NCBI中會(huì)將測(cè)序等數(shù)據(jù)壓縮成sra格式窃这。本文介紹如何批量下載sra文件及轉(zhuǎn)化為Fastq格式瞳别。 下載SRA文件sratoolkit 從NCBI官網(wǎng)下載sratoolkit選...

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DNA通過(guò)轉(zhuǎn)錄，控制著mRNA的合成，而mRNA是蛋白質(zhì)合成的模板祟敛，它決定了蛋白質(zhì)的序列結(jié)構(gòu)疤坝、功能等信息。把mRNA看作一種語(yǔ)言馆铁，它由4種不同堿基的核苷酸組成（A跑揉、U、C叼架、G...

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pheatmap[http://www.reibang.com/p/b0b28ee8993d]ComplexHeatmap handbook[https://jokergo...

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熱圖注釋 前面我們介紹了如何繪制聚類(lèi)熱圖畔裕，在這一節(jié)我們將介紹如何添加注釋 熱圖的注釋是聚類(lèi)熱圖的重要組成部分，能夠?qū)釄D的行乖订、列附加信息添加到熱圖中。 ComplexHeat...

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還記得之前我們發(fā)過(guò)的熱圖嗎乍构？ 樣品之間聚類(lèi)的時(shí)候發(fā)現(xiàn)對(duì)照和實(shí)驗(yàn)組混合到了一起。這是由于樣品一致性差造成的扛点，這種情況很多時(shí)候都會(huì)遇到哥遮。一般的做法是放棄列的聚類(lèi)。但是我不陵究，很多文...

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前言 我們繼續(xù)介紹 ComplexHeatmap眠饮，今天要介紹的內(nèi)容是熱圖列表。 ComplexHeatmap 包的一個(gè)重要的功能是铜邮，能夠在水平或豎直方向連接多個(gè)熱圖和注釋?zhuān)?..

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前言 使用 pheatmap 已經(jīng)能夠繪制滿(mǎn)足大多數(shù)要求的聚類(lèi)熱圖了仪召。 受 pheatmap 包的啟發(fā)，ComplexHeatmap 提供了對(duì)熱圖更多更靈活的控制松蒜，如多數(shù)據(jù)熱...

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文獻(xiàn) 1標(biāo)題：A complete domain-to-species taxonomy for Bacteria and Archaea[https://www.natur...