暮光鵪鶉

Introduction ANI 是指平均核苷酸一致性（Average Nucleotide Identity）姐刁，它是一種用來比較兩種基因組之間相似度的方法褐望。ANI 主要用于...

暮光鵪鶉

大家經(jīng)常在文獻中看到非常漂亮的多序列比對圖挥等，上面標注了各種蛋白二級結(jié)構(gòu)的信息，現(xiàn)在小白將目前見過的最好看的序列比對圖和蛋白二級結(jié)構(gòu)的組合圖的作圖方法作分享，希望對大家的科研工...

暮光鵪鶉

kraken 是微生物組分析進行物種分類的工具，目前已經(jīng)是第二代 kraken2 了。kraken2 對比 kraken 重點優(yōu)化了數(shù)據(jù)庫創(chuàng)建速度和數(shù)據(jù)庫大小盯滚，以及分類速度。...

暮光鵪鶉

1. metaWRAP簡介 [MetaWRAP](https://github.com/bxlab/metaWRAP "MetaWRAP")旨在成為一個易于使用的宏基因組數(shù)據(jù)...

暮光鵪鶉

將序列比對的結(jié)果保存為漂亮的圖片 多序列比對在分子生物學(xué)中是一個基本方法背率，用來發(fā)現(xiàn)特征序列，進行蛋白分類嫩与，證明序列間的同源性寝姿，幫助預(yù)測新序列二級結(jié)構(gòu)與三級結(jié)構(gòu)，確定PCR引物...

暮光鵪鶉

大家經(jīng)常在文獻中看到非常好看的序列比對圖划滋，現(xiàn)在筆者將目前見過的最好看的序列比對圖的作圖方法作分享饵筑，希望對大家的科研工作有所幫助，效果圖如下： 1.在蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)处坪、Genbank...

暮光鵪鶉

在處理fasta序列的時候根资，我們經(jīng)常需要獲取每一條fasta序列的長度。今天小編就跟大家來分享四種獲取fasta序列長度的方法同窘。 一玄帕、awk 輸出為 二、bioawk 得到的...

暮光鵪鶉

NCBI中會將測序等數(shù)據(jù)壓縮成sra格式钱雷。本文介紹如何批量下載sra文件及轉(zhuǎn)化為Fastq格式骂铁。 下載SRA文件sratoolkit 從NCBI官網(wǎng)下載sratoolkit選...

暮光鵪鶉

DNA通過轉(zhuǎn)錄，控制著mRNA的合成罩抗，而mRNA是蛋白質(zhì)合成的模板拉庵，它決定了蛋白質(zhì)的序列結(jié)構(gòu)、功能等信息套蒂。把mRNA看作一種語言钞支，它由4種不同堿基的核苷酸組成（A茫蛹、U、C烁挟、G...

暮光鵪鶉

pheatmap[http://www.reibang.com/p/b0b28ee8993d]ComplexHeatmap handbook[https://jokergo...

暮光鵪鶉

熱圖注釋 前面我們介紹了如何繪制聚類熱圖婴洼，在這一節(jié)我們將介紹如何添加注釋 熱圖的注釋是聚類熱圖的重要組成部分，能夠?qū)釄D的行撼嗓、列附加信息添加到熱圖中柬采。 ComplexHeat...

暮光鵪鶉

還記得之前我們發(fā)過的熱圖嗎且警？ 樣品之間聚類的時候發(fā)現(xiàn)對照和實驗組混合到了一起粉捻。這是由于樣品一致性差造成的，這種情況很多時候都會遇到斑芜。一般的做法是放棄列的聚類肩刃。但是我不，很多文...

暮光鵪鶉

前言 我們繼續(xù)介紹 ComplexHeatmap杏头，今天要介紹的內(nèi)容是熱圖列表树酪。 ComplexHeatmap 包的一個重要的功能是，能夠在水平或豎直方向連接多個熱圖和注釋大州，以...

暮光鵪鶉

前言 使用 pheatmap 已經(jīng)能夠繪制滿足大多數(shù)要求的聚類熱圖了续语。 受 pheatmap 包的啟發(fā)，ComplexHeatmap 提供了對熱圖更多更靈活的控制厦画，如多數(shù)據(jù)熱...

暮光鵪鶉

文獻 1標題：A complete domain-to-species taxonomy for Bacteria and Archaea[https://www.natur...