作者：麥茬道審稿：童蒙編輯：amethyst 隨著生物信息數(shù)據(jù)的爆發(fā)式增長(zhǎng)寓搬，存儲(chǔ)生物信息的文件格式也多樣化起來(lái)涎显，不同的文件格式往往有不同的目的：為了軟件之間的兼容性抄瑟；人類可讀...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：四川
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Sam/Bam文件格式詳解
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全轉(zhuǎn)錄組關(guān)聯(lián)分析TWAS的原理與方法
作者：Resther審稿：童蒙編輯：angelica 什么是TWAS 對(duì)GWAS（genome-wide association study, 全基因組關(guān)聯(lián)分析）大家應(yīng)該比較...
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SMR 參考數(shù)據(jù)下載鏈接SMR 孟德?tīng)栯S機(jī)化分析參考數(shù)據(jù)下載鏈接： 鏈接：https://cncr.nl/research/magma/[https://cncr.nl/research/magma...
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一起來(lái)了解一下基因區(qū)間RangeData劉小澤寫于19.3.30我們肯定都遇到許多利用坐標(biāo)去處理范圍信息的需求摩梧，比如要定位基因組的某個(gè)位置普气，這個(gè)位置可能代表了gene model 唐断、genetic variants...
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SJ.out.tab 每一列的示意(STAR比對(duì)結(jié)果)來(lái)源：https://jp.support.illumina.com/content/dam/illumina-support/help/Illumina_DRAGEN_Bi...
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TwoSampleMR 報(bào)錯(cuò)解決：Error in r$status_code : $ operator is invalid for atomic vectors
運(yùn)行以下代碼的時(shí)候報(bào)錯(cuò)： 簡(jiǎn)單看了下 available_outcomes() 函數(shù)的源碼澎怒，不是TwoSampleMR的問(wèn)題褒搔，應(yīng)該是 ieugwasr::gwasinfo 函...
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圖卷積網(wǎng)絡(luò)：GCNConv函數(shù)好文推薦：https://zhuanlan.zhihu.com/p/603486955[https://zhuanlan.zhihu.com/p/603486955]；htt...
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為什么計(jì)算標(biāo)準(zhǔn)差時(shí)，分母使用的是 n-1 而不是 n
用個(gè)簡(jiǎn)單的例子馬上就懂了： 1.你的數(shù)據(jù)：假設(shè)你現(xiàn)在從 100 個(gè)病人中收集到了一組數(shù)字（每個(gè)人的身高）星瘾。 2.你的任務(wù)：你需要用這組數(shù)字來(lái)估計(jì)整個(gè)人群的身高波動(dòng)即標(biāo)準(zhǔn)差（比...
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TCGA 數(shù)據(jù)庫(kù)下載腫瘤樣本病理切片F(xiàn)FPE（福爾馬林固定石蠟包埋）2024年TCGA迎來(lái)改版走孽，本文介紹的下載方式有一定變化。詳見(jiàn)：https://mp.weixin.qq.com/s/q6XFdEBWRHDfIHi09suIFQ[https...
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三元相圖怎么看怎么畫（附R代碼示例）什么是三元相圖 三元圖是重心圖的一種琳状，它有三個(gè)變量融求，但需要三者總和為恒定值。在一個(gè)等邊三角形坐標(biāo)系中算撮，圖中某一點(diǎn)的位置代表三個(gè)變量間的比例關(guān)系生宛。在群體遺傳學(xué)中，它被稱做Fin...
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h5py庫(kù)：HDF5文件處理/fast5示例
HDF5數(shù)據(jù)初步了解可以參考這個(gè)鏈接：https://zhuanlan.zhihu.com/p/104145585[https://zhuanlan.zhihu.com/p/...
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使用R語(yǔ)言構(gòu)建ceRNA網(wǎng)絡(luò)（circRNA-miRNA-mRNA）生信堿移 輕松構(gòu)建ceRNA網(wǎng)絡(luò) ceRNA網(wǎng)絡(luò)是一種新型的基因調(diào)控機(jī)制肮柜，可以通過(guò)共享microRNA（miRNA）來(lái)影響彼此的表達(dá)陷舅，導(dǎo)致疾病或某種表型的改變。在這篇文章中审洞，...
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Monocle2擬時(shí)序報(bào)錯(cuò)：Error in orderCells: long vectors not supported yet
Error in orderCells: long vectors not supported yet 報(bào)錯(cuò)的具體信息： 這個(gè)報(bào)錯(cuò)的原因是細(xì)胞數(shù)量太多導(dǎo)致矩陣太大莱睁，在mono...
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神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)、深度學(xué)習(xí)模型訓(xùn)練集欠擬合了怎么辦
1.增加epoch：別太關(guān)注近幾個(gè)epoch中的loss變化芒澜。loss沒(méi)有下降了別急著終止仰剿，多等等。 2.特征確實(shí)不太行痴晦，篩選或添加南吮。
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這個(gè)世界流行離開(kāi)部凑，但我們卻不擅長(zhǎng)告別
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深入解析Seurat整合單細(xì)胞數(shù)據(jù)函數(shù)FindIntegrationAnchors 2（CCA和L2正則化算法）hi 各位，今天我們來(lái)深入了解一下Seurat做多樣本整合的深入算法碧浊，CCA算法以及FindIntegrationAnchors函數(shù)中的的參數(shù)l2.norm 先來(lái)知道一下C...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析中的各種數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)
單細(xì)胞分析世界里數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)多種多樣涂邀，主流的四種數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)分別是Bioconductor主導(dǎo)的SingleCellExperiment，Seurat中的SeuratObject格式...
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