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復(fù)現(xiàn)CELL文章圖片，在線繪制scRNA-seq多個(gè)cluster的差異火山圖導(dǎo)讀 火山圖表示兩組間的差異垛孔，而在scRNA-seq中蛹稍，同時(shí)會(huì)有多個(gè)cluster（vs其他cluster）的差異政鼠。如果用常規(guī)火山圖展示碘菜，可能需要繪制十幾個(gè)圖。有沒(méi)有更高效的...
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Seurat4.0系列教程4：整合分析scRNA-seq整合簡(jiǎn)介 對(duì)兩個(gè)或兩個(gè)以上單細(xì)胞數(shù)據(jù)集的整合分析提出了獨(dú)特的挑戰(zhàn)米苹。特別是糕伐，在標(biāo)準(zhǔn)工作流下，識(shí)別存在于多個(gè)數(shù)據(jù)集中的基因可能存在問(wèn)題蘸嘶。Seurat v4 包括...
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單細(xì)胞測(cè)序（sc-RNA seq）分析：Seurat4.0系列教程良瞧、高級(jí)分析、文章復(fù)現(xiàn)
時(shí)代的洪流奔涌而至训唱，單細(xì)胞技術(shù)也從舊時(shí)王謝堂前燕褥蚯，飛入尋常百姓家。雪崩的時(shí)候况增，沒(méi)有一片雪花是無(wú)辜的赞庶，你我也從素不相識(shí)，到被一起卷入單細(xì)胞天地。R語(yǔ)言和Seurat已以勢(shì)如破竹...
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Seurat取子集時(shí)會(huì)用到的函數(shù)和方法在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中摊册，在確定細(xì)胞類型后肤京，除了可以進(jìn)行差異表達(dá)基因分析外，還可以針對(duì)單個(gè)細(xì)胞類型進(jìn)行分析特定分析茅特，這時(shí)就需要我們提取細(xì)胞子集分開(kāi)處理了忘分。 一、Seurat數(shù)據(jù)格式...
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多個(gè)10x單細(xì)胞對(duì)象的合并和批次校正--seurat錨點(diǎn)整合+Harmony練習(xí)數(shù)據(jù)集的GEO編號(hào)：GSE139324 (Immune Landscape of Viral- and Carcinogen-Driven Head and Neck C...
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8.4分非腫瘤生信，免疫浸潤(rùn)+機(jī)器學(xué)習(xí)+動(dòng)物模型驗(yàn)證兵睛≈凵剑可謂是非腫瘤生信結(jié)合實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的范文，值得收藏卤恳！影響因子：8.44 關(guān)于非腫瘤生信，我們也解讀過(guò)很多寒矿，主要有以下類型 1 單個(gè)疾病WGCNA+PPI分析篩選hub基因突琳。2 單個(gè)疾病結(jié)合免疫浸潤(rùn)，鐵死亡符相，自噬等基因集拆融，機(jī)器學(xué)...
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最新8.4分雙疾病聯(lián)合生信分析，機(jī)器學(xué)習(xí)+實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證啊终，不僅好發(fā)镜豹，分?jǐn)?shù)還高！生信小課堂 影響因子：8.44 慢性腎怖渡（CKD）是最重要的心血管風(fēng)險(xiǎn)因素之一趟脂，在各種心血管疾病中發(fā)揮著至關(guān)重要的作用，如鈣化主動(dòng)脈瓣疾怖堋（CAVD）昔期。研究表明，CAVD在C...
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DESeq2分析預(yù)處理
一、在R中去除低表達(dá)基因的一個(gè)常用方法是設(shè)定一個(gè)閾值梦抢，比如般贼，一個(gè)基因在一定數(shù)量的樣本中至少需要達(dá)到某個(gè)計(jì)數(shù)值。以下是一個(gè)示例R代碼，展示如何去除在少于一半的樣本中計(jì)數(shù)少于10...
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差異性分析方法匯總整理在數(shù)據(jù)研究中，常見(jiàn)的數(shù)據(jù)關(guān)系可以分為四類人芽，分析是相關(guān)關(guān)系望几，因果關(guān)系、差異關(guān)系以及其它萤厅。本次所進(jìn)行研究的關(guān)系為差異關(guān)系橄抹。對(duì)于差異性分析方法常見(jiàn)可以分為三類：參數(shù)檢驗(yàn)、非參數(shù)檢驗(yàn)...
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8+SCI惕味，單基因泛癌生信+表達(dá)驗(yàn)證+單細(xì)胞泛癌楼誓。單基因泛癌的經(jīng)典思路，不得不服名挥，即便再過(guò)兩年疟羹，仍然可以發(fā)文！影響因子：8.7 關(guān)于單基因泛癌分析禀倔，我們已經(jīng)介紹了很多榄融。也發(fā)了數(shù)篇8分+的文章，只不過(guò)由于保密的原因救湖，我們不會(huì)進(jìn)行宣傳愧杯，只能講解別人發(fā)的文章。小編最近也篩選到一些結(jié)果比較好...
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4分SCI鞋既，40天接收力九，較簡(jiǎn)單的非腫瘤純生信大家好，今天要和大家分享的是2021年8月發(fā)表的一篇文章：“Integrated Bioinformatics-Based Identification of Potenti...
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單基因單腫瘤發(fā)7.5分邑闺，公共數(shù)據(jù)生信分析+自有隊(duì)列驗(yàn)證跌前，兩個(gè)月接收！
影響因子：7.561 本文從投稿到接收僅2個(gè)月時(shí)間 本文屬于單基因生信+實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的思路陡舅。小編之前寫過(guò)單基因?qū)嶒?yàn)驗(yàn)證的思路抵乓，里面提到了由淺入深的9各步驟，本文算是完成了前2步靶衍。...
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TCGA數(shù)據(jù)的一致性聚類實(shí)戰(zhàn)和可視化通過(guò)不同的聚類算法臂寝，依據(jù)不同的基因或指標(biāo)給樣本聚類，是數(shù)據(jù)挖掘文章里面經(jīng)常出現(xiàn)的操作咯摊灭。接下來(lái)要寫寫不同聚類方法的介紹和代碼實(shí)現(xiàn)啦咆贬。 1.輸入數(shù)據(jù) 目前從網(wǎng)上找到的代碼大多是...
