1. Cre-loxp系統(tǒng)及其應(yīng)用介紹 Cre-loxp系統(tǒng)源于P1噬菌體的高效重組系統(tǒng)垃喊。Cre (Causes recombination; Cyclization rec...
IP屬地：賓夕法尼亞州
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Cre小鼠的簡介與應(yīng)用 -
單細(xì)胞亞群差異基因火山圖單細(xì)胞繪圖系列： Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)[http://www.reibang.com/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
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Seurat整合scRNA-seq和scATAC-seq單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)已經(jīng)改變了我們表征細(xì)胞狀態(tài)的能力喇聊，但對生物學(xué)更深入的理解需要的不僅僅是對細(xì)胞進(jìn)行簡單分類爸舒。 隨著測量細(xì)胞不同維度信息的新方法的出現(xiàn)，一個關(guān)鍵的分析挑戰(zhàn)是整合這些...
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Seurat包的打分函數(shù)AddModuleScore
在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析的過程中湘今，Seurat包提供了一個為一個基因集打分的函數(shù)AddModuleScore（自定基因集），為基因集進(jìn)行打分常見的富集分析軟件GSVA，今天我們來看看...
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你到底想要什么樣的umap/tsne圖睬辐？隨著生物學(xué)背景知識的增加，單細(xì)胞圖譜的可視化直接用10X的Loup或者seurat的Dimplot函數(shù)直接繪制的umap/tsne圖往往很難達(dá)到要求了，這就要求我們提高繪圖技...
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基因功能富集方法和基因注釋數(shù)據(jù)庫介紹1. 兩種基因功能富集方法介紹 名詞解釋：1. 基因功能富集分析：包括過表達(dá)分析ORA溯饵、功能分類打分FCS侵俗、基于同路拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)PT和基于網(wǎng)絡(luò)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)NT和基因富集分析GSEA。...
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pySCENIC的轉(zhuǎn)錄因子分析及數(shù)據(jù)可視化（二）參考生信技能樹：pyscenic的轉(zhuǎn)錄因子分析結(jié)果展示之5種可視化[https://mp.weixin.qq.com/s/SIfyGzx4fwXPtQsVvvwwMQ]丰刊、py...
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生信分析之基因富集分析（GeneSet Enrichment Analysis)
01 基因富集分析基本概念 今天我們來講一講什么是基因富集分析 首先我們要抓住一個核心藻三，那就是： “將我們挑出來的基因歸歸類洪橘，聚類分析，看看這些基因的功能和我們的研究是否具有...
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（RNA-seq工具比較）edgeR、limma逗概、DESeq2三種差異表達(dá)包比較文章目錄 加載R包和輸入數(shù)據(jù) 表達(dá)數(shù)據(jù)整理3.edgeR包做差異表達(dá)4.limma包做差異表達(dá)5.DESeq2包做差異表達(dá)6.比較三種包差異表達(dá)基因篩選結(jié)果 1. 加載R包和...
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決定用四年的時間記錄自己的成長逾苫；<br>女孩子也可以努力的很漂亮卿城；<br>喜歡的東西都很貴，所以要加油呀铅搓。<br>VX公共號：學(xué)生菌口替代表
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CITE-seq：同時測細(xì)胞表面蛋白和RNA的單細(xì)胞測序單細(xì)胞測序方法和原理系列： 1. 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組建庫原理：SMART、TargetAmp和10X genomics[http://www.reibang.com/p/6c5d...
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單細(xì)胞之富集分析-5：一張圖展示多組富集分析結(jié)果單細(xì)胞富集分析系列： 單細(xì)胞之富集分析-1：單細(xì)胞GSEA分析流程[http://www.reibang.com/p/00f069cb239c] 單細(xì)胞之富集分析-2：批量...
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單細(xì)胞之富集分析-4：分組水平GSVA單細(xì)胞富集分析系列： 單細(xì)胞之富集分析-1：單細(xì)胞GSEA分析流程[http://www.reibang.com/p/00f069cb239c] 單細(xì)胞之富集分析-2：批量...
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單細(xì)胞之富集分析-3：GO和KEGG富集分析及繪圖單細(xì)胞富集分析系列： 單細(xì)胞之富集分析-1：單細(xì)胞GSEA分析流程[http://www.reibang.com/p/00f069cb239c] 單細(xì)胞之富集分析-2：批量...
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什么！棒棒糖也能畫成圖确徙？—— ggplot2繪制棒棒糖圖/啞鈴圖
歡迎關(guān)注公眾號查看原文[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzIwODAxMzc5Mw==&mid=2247488019&idx=1&sn=f...
