總結(jié)得不錯(cuò)
單細(xì)胞實(shí)戰(zhàn)2: Seurat+SingleR--從矩陣到細(xì)胞類型注釋單細(xì)胞數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)分析Seurat流程: Seurat官網(wǎng):https://satijalab.org/seurat/articles/get_started.html[http...
作者:ahworld鏈接:以《致癌物或病毒介導(dǎo)的HNSCC免疫圖譜》為例總結(jié)單細(xì)胞文章分析框架來源:微信公眾號(hào)-seqyuan著作權(quán)歸作者所有庆揩,任何形式的轉(zhuǎn)載都請聯(lián)系作者俐东。 ...
免疫組庫基礎(chǔ)知識(shí)見:單細(xì)胞免疫組庫:TCR基因重排原理和TCR測序建庫方法[http://www.reibang.com/p/c4896ffadc46] scReperto...
Single-Cell RNA Sequencing of Peripheral Blood Reveals Immune Cell Signatures in Alzhei...
我們知道在單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的下游,在我們走過了fig1(通常是個(gè)圖譜)之后订晌,往往要沿著基因這條路深挖一下生物學(xué)意義虏辫。從bulk轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中提取功能和機(jī)制的洞察力的功能分析...
前言 從兩個(gè)月前老板說要搞一個(gè)簡單的生信分析到現(xiàn)在,經(jīng)過一個(gè)轉(zhuǎn)錄組分析的訓(xùn)練后锈拨,感覺可以試試看了砌庄。這個(gè)項(xiàng)目的要求是從一個(gè)單細(xì)胞數(shù)據(jù)里比較不同細(xì)胞在不同通路上轉(zhuǎn)錄水平的差異。同...
SCENIC簡介 組織內(nèi)細(xì)胞異質(zhì)性的基礎(chǔ)是細(xì)胞轉(zhuǎn)錄狀態(tài)的差異,轉(zhuǎn)錄狀態(tài)的特異性又是由轉(zhuǎn)錄因子主導(dǎo)的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)(GRNs)決定并維持穩(wěn)定的娄昆。因此分析單細(xì)胞的GRNs有助于深入...
原文鏈接Chapter 11 Marker gene detection[https://osca.bioconductor.org/marker-detection.htm...
寫在前面的廢話 經(jīng)過這兩周意外的斷更掌猛,我明白了一個(gè)道理盏浙,人都是具有慣性的…… 兩周沒寫公眾號(hào),我似乎都習(xí)慣了懶惰留潦,文章不想更了只盹,筆記也懶得記了。 但是我沒忍住雙十一的誘惑兔院,一...