計(jì)算各個cluster的細(xì)胞數(shù)沾歪； table(Idents(pbmc)) 定義對應(yīng)每個cluster對應(yīng)的細(xì)胞類型析桥，也可將ident改為相應(yīng)的細(xì)胞類型蕴潦，計(jì)算每個細(xì)胞類型的細(xì)胞...
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單細(xì)胞seurat學(xué)習(xí)筆記計(jì)算各個cluster的細(xì)胞數(shù)繪制堆疊條形圖
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單細(xì)胞密度散點(diǎn)圖的繪制單細(xì)胞繪圖系列： Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)[http://www.reibang.com/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
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使用ChIPpeakAnno進(jìn)行peak注釋
歡迎關(guān)注”生信修煉手冊”! ChIPpeakAnno是一個bioconductor上的R包倦淀，針對peak calling之后的下游分析，提供了以下多種功能 查找與peak區(qū)域...
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ATAC-seq分析：Annotating Peaks（9）1. 注釋開放區(qū)域 將已識別的無核小體區(qū)域與基因組特征（如基因和增強(qiáng)子）相關(guān)聯(lián)通常很有趣骤宣。 一旦注釋到基因或增強(qiáng)子的基因隅很，我們就可以開始將 ATACseq 數(shù)據(jù)與這些基因的特...
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如何提取ATAC-seq數(shù)據(jù)的差異peaks?（DiffBind包的使用）2021年開年第一篇筆記~ 這篇筆記主要記錄DiffBind包的學(xué)習(xí)。在很久以前我寫過一篇ATAC-seq分析流程（ATAC-seq分析練習(xí)[https://www.jian...
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軟件9 —— MACS2
一绣硝、 基本介紹 ※ 峰識別（peak calling）工具包括：MACS2和HOMER（適用于ChIP-seq和ATAC-seq）蜻势、HMMRATAC（針對于ATAC-seq...
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Macs2做差異peak分析
參考：https://github.com/macs3-project/MACS/wiki/Call-differential-binding-events 差異peak分析...
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史上最全 ChIP-seq 差異分析 Benchmark懶人只看這個圖就好了。 benchmark 過程真的很精彩鹉胖，建議通讀一遍原文握玛，附件更是有驚喜。 b： 第一行：Peak 分布的形狀第二行：差異情況甫菠，是上升降低五五開挠铲，還是一面...
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軟件11 —— deeptools一、 基本介紹 deeptools是基于Python開發(fā)的一套工具寂诱，用于處理諸如RNA-seq拂苹、ChIP-seq、MNase-seq刹衫、ATAC-seq等高通量數(shù)據(jù)醋寝。工具分為...
