計(jì)算各個(gè)cluster的細(xì)胞數(shù)； table(Idents(pbmc)) 定義對(duì)應(yīng)每個(gè)cluster對(duì)應(yīng)的細(xì)胞類型骆撇，也可將ident改為相應(yīng)的細(xì)胞類型，計(jì)算每個(gè)細(xì)胞類型的細(xì)胞...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：安徽
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單細(xì)胞seurat學(xué)習(xí)筆記計(jì)算各個(gè)cluster的細(xì)胞數(shù)繪制堆疊條形圖
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單細(xì)胞密度散點(diǎn)圖的繪制單細(xì)胞繪圖系列： Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)[http://www.reibang.com/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
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使用ChIPpeakAnno進(jìn)行peak注釋
歡迎關(guān)注”生信修煉手冊(cè)”! ChIPpeakAnno是一個(gè)bioconductor上的R包斤程，針對(duì)peak calling之后的下游分析寸癌，提供了以下多種功能 查找與peak區(qū)域...
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ATAC-seq分析：Annotating Peaks（9）1. 注釋開放區(qū)域 將已識(shí)別的無(wú)核小體區(qū)域與基因組特征（如基因和增強(qiáng)子）相關(guān)聯(lián)通常很有趣。 一旦注釋到基因或增強(qiáng)子的基因于未，我們就可以開始將 ATACseq 數(shù)據(jù)與這些基因的特...
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如何提取ATAC-seq數(shù)據(jù)的差異peaks?（DiffBind包的使用）2021年開年第一篇筆記~ 這篇筆記主要記錄DiffBind包的學(xué)習(xí)撕攒。在很久以前我寫過(guò)一篇ATAC-seq分析流程（ATAC-seq分析練習(xí)[https://www.jian...
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軟件9 —— MACS2
一、 基本介紹 ※ 峰識(shí)別（peak calling）工具包括：MACS2和HOMER（適用于ChIP-seq和ATAC-seq）烘浦、HMMRATAC（針對(duì)于ATAC-seq...
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Macs2做差異peak分析
參考：https://github.com/macs3-project/MACS/wiki/Call-differential-binding-events 差異peak分析...
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史上最全 ChIP-seq 差異分析 Benchmark懶人只看這個(gè)圖就好了抖坪。 benchmark 過(guò)程真的很精彩，建議通讀一遍原文闷叉，附件更是有驚喜擦俐。 b： 第一行：Peak 分布的形狀第二行：差異情況，是上升降低五五開握侧，還是一面...
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軟件11 —— deeptools一蚯瞧、 基本介紹 deeptools是基于Python開發(fā)的一套工具，用于處理諸如RNA-seq品擎、ChIP-seq埋合、MNase-seq、ATAC-seq等高通量數(shù)據(jù)萄传。工具分為...
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讓我看看誰(shuí)還不會(huì)用deeptools可視化(bcpp)
一甚颂、deeptools安裝 見我寫的第一篇文章《Conda 安裝軟件萬(wàn)能鏈接》：Conda安裝軟件萬(wàn)能鏈接[http://www.reibang.com/p/70bd0e7...
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學(xué)習(xí)一遍ChIPseeker的使用劉小澤寫于2020.5.23-24Y叔的原文在：https://mp.weixin.qq.com/s/3CMj0xejiV-FSMC-Vxd_-w 0 ChIPseeker的...
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ChIP-seq實(shí)踐（非轉(zhuǎn)錄因子，非組蛋白）在實(shí)戰(zhàn)之前秀菱，首先對(duì)CHIP-seq分析做一些了解振诬，以下是從各個(gè)地方copy過(guò)來(lái)綜合起來(lái)的，有些散亂衍菱，是我認(rèn)為重要以及應(yīng)該了解的知識(shí)點(diǎn)赶么。chip-seq 實(shí)戰(zhàn)就跟在轉(zhuǎn)錄組和外顯...
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Seurat取子集時(shí)會(huì)用到的函數(shù)和方法在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中，在確定細(xì)胞類型后梦碗，除了可以進(jìn)行差異表達(dá)基因分析外禽绪，還可以針對(duì)單個(gè)細(xì)胞類型進(jìn)行分析特定分析，這時(shí)就需要我們提取細(xì)胞子集分開處理了洪规。 一印屁、Seurat數(shù)據(jù)格式...
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Seurat重要命令匯總
參考：https://satijalab.org/seurat/articles/essential_commands.html[https://satijalab.org/...
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單細(xì)胞實(shí)戰(zhàn)(1)數(shù)據(jù)下載-數(shù)據(jù)讀取-seurat對(duì)象創(chuàng)建這篇文章我們將介紹從geo數(shù)據(jù)庫(kù)下載單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)后雄人，多種數(shù)據(jù)格式多樣本情況下，如何讀取數(shù)據(jù)并創(chuàng)建seurat對(duì)象。 本文主要結(jié)構(gòu)： 一础钠、數(shù)據(jù)下載 二恰力、數(shù)據(jù)讀取與seurat...
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