@yutang12 可以的 可以自己決定
WGCNA（6）：篩選 hub gene通過前期的分析，我們確定了感興趣的module句各，但是module中又含有幾十甚至上百的基因，下一步需要進一步篩選hub gene馁筐。 WGCNA（3）：基因模塊與性狀關(guān)聯(lián)識別重...
發(fā)簡信
IP屬地：江蘇
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@不會三分_f882 命令寫錯了
9.2 GWAS：關(guān)聯(lián)分析——TASSEL（GLM/MLM/CMLM)
TASSEL是最早出現(xiàn)的用于動植物關(guān)聯(lián)分析的軟件，還可以對進化模式以及連鎖不平衡進行評估坠非，功能非常強大敏沉，要說缺點，可能就是真的有點慢炎码。 表型數(shù)據(jù)處理在下面這篇帖子中有介紹盟迟，這...
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@Sam_3cbd 標準更嚴格一些
11.GWAS：確定候選區(qū)間
確定了與表型顯著的SNP位點后，通常會選擇在顯著性位點所在位置前后潦闲，各一定的距離內(nèi)攒菠，確定候選區(qū)間，進行候選基因挖掘歉闰，而這個距離如何確定辖众？9.5 GWAS顯著SNP篩選及曼哈頓...
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轉(zhuǎn)錄組DEGs聚類熱圖和功能富集分析寫在前面：經(jīng)常做轉(zhuǎn)錄組分析，就是把差異基因搞個火山圖和Venn圖看各組差異基因的共有和特有情況和敬≌栽看見有個比較好的選擇，能直觀比較各種處理帶來的影響概龄，如下： 來自Nature ...
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@請我吃辣條吧 如果是二倍體，那這個位點不是父本就是母本饲握，可以判斷偏好行
ASE（等位基因特異性表達） —— 完整流程
前段時間私杜，接了老師一個等位基因特異性表達的任務(wù)，前后再加上其他的分析帶著做救欧，再捋流程衰粹，拖拖拉拉也用了小一個月，終于從原始測序數(shù)據(jù)笆怠，得到了最終的那張table铝耻，具體的內(nèi)容基本已...
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@對方正在長頭發(fā)_0478 你的意思是區(qū)間估計嗎？lodint(out.hk, chr=5, drop=1.5) 這個設(shè)置的是1.5倍LOD區(qū)間蹬刷，bayesint(out.hk, chr=5, prob=0.95)這是0.95貝葉斯區(qū)間
1.QTL定位：Rqtl—— Single-QTL analysis
R/qtl是一個可擴展的瓢捉、交互的、用于QTL定位的R包办成，集數(shù)據(jù)分析和繪圖于一體泡态。特點是使復(fù)雜的QTL定位方法被廣泛使用，使用戶專注于建模而不是計算迂卢。 官網(wǎng)：https://r...
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@對方正在長頭發(fā)_0478 看報錯是數(shù)據(jù)格式的問題某弦，第二行第一列哪里應(yīng)該是空著的桐汤，報錯是這個意思，Rqtl有自帶的示例文件靶壮，你可以看一下
1.QTL定位：Rqtl—— Single-QTL analysis
R/qtl是一個可擴展的怔毛、交互的、用于QTL定位的R包腾降，集數(shù)據(jù)分析和繪圖于一體拣度。特點是使復(fù)雜的QTL定位方法被廣泛使用，使用戶專注于建模而不是計算蜂莉。 官網(wǎng)：https://r...
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@kuangthantine 最嚴格的應(yīng)該是0.01或者0.05蜡娶，但是由于物種限制，過于嚴格的p值無法篩選到snp映穗，因此放松到1
9.5 GWAS顯著SNP篩選及曼哈頓圖繪制
在R中進行整理窖张，pmap格式在下面帖子中有詳細介紹。第一列為SNP的ID蚁滋，第二列為chr宿接，第三列為SNP的位置，第四列開始為每個性狀的SNP的P值辕录。9.3 GWAS：關(guān)聯(lián)分析...
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@不熟_4411 按報錯是pmap文件中的p值有錯誤睦霎，建議檢查一下
9.3 GWAS：關(guān)聯(lián)分析——EMMAX
EMMAX是關(guān)聯(lián)分析速度提升的一個代表性算法, 已廣泛應(yīng)用于棉花、大豆和水稻等的復(fù)雜性狀關(guān)聯(lián)分析走诞。EMMAX認為副女，每一個SNP對復(fù)雜性狀的解釋率都很低，每個組件的方差在運算中...
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@DumplingLucky 詳細可以看這篇文章：https://blog.sciencenet.cn/blog-2577109-1250860.html
9.2 GWAS：關(guān)聯(lián)分析——TASSEL（GLM/MLM/CMLM)
TASSEL是最早出現(xiàn)的用于動植物關(guān)聯(lián)分析的軟件蚣旱，還可以對進化模式以及連鎖不平衡進行評估碑幅，功能非常強大，要說缺點塞绿，可能就是真的有點慢沟涨。 表型數(shù)據(jù)處理在下面這篇帖子中有介紹，這...
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@DumplingLucky marker-rsq和MarkerR2是一樣的异吻，代表貢獻率裹赴；beta和allele effect是一樣，是SNP回歸系數(shù)
9.2 GWAS：關(guān)聯(lián)分析——TASSEL（GLM/MLM/CMLM)
TASSEL是最早出現(xiàn)的用于動植物關(guān)聯(lián)分析的軟件诀浪，還可以對進化模式以及連鎖不平衡進行評估棋返，功能非常強大，要說缺點笋妥，可能就是真的有點慢懊昨。 表型數(shù)據(jù)處理在下面這篇帖子中有介紹，這...
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@麥客天道酬勤 這個模型是不是考慮的因素太復(fù)雜春宣，常見的可能會忽略一些小的互作酵颁，mod = lmer(Brix ~ Line + (1|Loc) + (1|Year) +
(1|Line:Loc) + (1|Line:Year) , data=dat)嫉你，不過具體問題具體分析，要看你的設(shè)計3.2 GWAS：最佳線性無偏估計量——BLUE值計算（多年單點有重復(fù)）
GWAS中使用均值躏惋、BLUP值還是BLUE值幽污，鄧飛老師有兩篇帖子進行了介紹，鏈接如下簿姨，根據(jù)我的數(shù)據(jù)距误，我選擇了BLUE值。在這里提醒大家扁位，不要一上來就忽略所有warning准潭，很...
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@麥客天道酬勤 通常是把品種作為固定因子的
3.2 GWAS：最佳線性無偏估計量——BLUE值計算（多年單點有重復(fù)）
GWAS中使用均值、BLUP值還是BLUE值域仇，鄧飛老師有兩篇帖子進行了介紹刑然，鏈接如下，根據(jù)我的數(shù)據(jù)暇务，我選擇了BLUE值泼掠。在這里提醒大家，不要一上來就忽略所有warning垦细，很...
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@麥客天道酬勤 https://cloud.tencent.com/developer/article/1445670 鄧飛老師有寫過教程择镇，可參考
3.2 GWAS：最佳線性無偏估計量——BLUE值計算（多年單點有重復(fù)）
GWAS中使用均值、BLUP值還是BLUE值括改，鄧飛老師有兩篇帖子進行了介紹腻豌，鏈接如下，根據(jù)我的數(shù)據(jù)嘱能，我選擇了BLUE值饲梭。在這里提醒大家，不要一上來就忽略所有warning焰檩，很...
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@renthree 不客氣呢，大家共同進步
1.QTL定位：Rqtl—— Single-QTL analysis
R/qtl是一個可擴展的订框、交互的析苫、用于QTL定位的R包，集數(shù)據(jù)分析和繪圖于一體穿扳。特點是使復(fù)雜的QTL定位方法被廣泛使用衩侥，使用戶專注于建模而不是計算。 官網(wǎng)：https://r...
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使用metaCCA進行單/多個SNP與多表型的典型相關(guān)性分析
歡迎來到"bio生物信息"的世界 新年的第一篇更文矛物。 祝大家新春快樂茫死！身體健康！ 18號回家以后履羞，經(jīng)歷了如下過程峦萎。 20號 喉嚨痛 21號 喉嚨痛 22號喉嚨痛 咳嗽 23-...
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QTL上位性分析：QTLNetwork2.0官網(wǎng)：http://ibi.zju.edu.cn/index.html/BCL/software/qtlnetwork/download.html[http://ibi.zj...
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邊界畸形擬合的話屡久，建議重新構(gòu)建模型
3.2 GWAS：最佳線性無偏估計量——BLUE值計算（多年單點有重復(fù)）
GWAS中使用均值、BLUP值還是BLUE值爱榔，鄧飛老師有兩篇帖子進行了介紹被环，鏈接如下，根據(jù)我的數(shù)據(jù)详幽，我選擇了BLUE值筛欢。在這里提醒大家，不要一上來就忽略所有warning唇聘，很...
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@Just_Ford 沒有呢 就是一個最普通的vcf文件
9.4 GWAS：顯著性閾值確定——GEC
常用的顯著性閾值確定方法是：Bonferroni correction = 顯著性水平（0.01/0.05）/檢驗次數(shù)（number of detected markers）...
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QTL定位：MapQTL6MapQTL是一款用于分析二倍體物種實驗群體中數(shù)量性狀位點(QTL)的Windows計算機程序版姑，對于用戶比較友好，更加便于使用迟郎。通過QTL分析剥险，可以檢測基因組上負責(zé)所研究數(shù)量...