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在下一篇中Two-QTL scans动分，講到了疏松的網(wǎng)格（step=2）郑气。我去查查什么是“疏松的網(wǎng)格”怠堪。謝謝博主的分享呀！＠啄妗弦讽！
1.QTL定位：Rqtl—— Single-QTL analysis
R/qtl是一個(gè)可擴(kuò)展的、交互的关面、用于QTL定位的R包坦袍，集數(shù)據(jù)分析和繪圖于一體。特點(diǎn)是使復(fù)雜的QTL定位方法被廣泛使用等太，使用戶專注于建模而不是計(jì)算。 官網(wǎng)：https://r...
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哈嘍哈嘍缩抡，博主好！我又又到問題了包颁，請問帖子中的：“5. Single-QTL analysis
首先瞻想，利用calc.genoprob函數(shù)計(jì)算基因型的概率，step參數(shù)設(shè)置步長娩嚼，單位是cM蘑险，步長確定了后期QTL定位的密度≡牢颍”這里的步長是如何確定為2的呀佃迄？我看到一些文章中用的0。1.QTL定位：Rqtl—— Single-QTL analysis
R/qtl是一個(gè)可擴(kuò)展的贵少、交互的呵俏、用于QTL定位的R包，集數(shù)據(jù)分析和繪圖于一體滔灶。特點(diǎn)是使復(fù)雜的QTL定位方法被廣泛使用普碎，使用戶專注于建模而不是計(jì)算。 官網(wǎng)：https://r...
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1.QTL定位：Rqtl—— Single-QTL analysisR/qtl是一個(gè)可擴(kuò)展的录平、交互的麻车、用于QTL定位的R包缀皱，集數(shù)據(jù)分析和繪圖于一體。特點(diǎn)是使復(fù)雜的QTL定位方法被廣泛使用动猬，使用戶專注于建模而不是計(jì)算啤斗。 官網(wǎng)：https://r...
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@Wei_Sun 感謝解惑，謝謝??????
9.5 GWAS顯著SNP篩選及曼哈頓圖繪制
在R中進(jìn)行整理枣察，pmap格式在下面帖子中有詳細(xì)介紹争占。第一列為SNP的ID，第二列為chr序目，第三列為SNP的位置臂痕，第四列開始為每個(gè)性狀的SNP的P值。9.3 GWAS：關(guān)聯(lián)分析...
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感謝分享優(yōu)質(zhì)教程猿涨，這里我有一個(gè)疑問握童。關(guān)于閾值確定上”> threshold <- 1/292493“，請問這里為什么是用1除以有效位點(diǎn)數(shù)目叛赚，而不是用0.01或者0.05呀澡绩？感謝回復(fù)。
9.5 GWAS顯著SNP篩選及曼哈頓圖繪制
在R中進(jìn)行整理俺附，pmap格式在下面帖子中有詳細(xì)介紹肥卡。第一列為SNP的ID，第二列為chr事镣，第三列為SNP的位置步鉴，第四列開始為每個(gè)性狀的SNP的P值。9.3 GWAS：關(guān)聯(lián)分析...
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9.5 GWAS顯著SNP篩選及曼哈頓圖繪制在R中進(jìn)行整理璃哟，pmap格式在下面帖子中有詳細(xì)介紹氛琢。第一列為SNP的ID，第二列為chr随闪，第三列為SNP的位置阳似，第四列開始為每個(gè)性狀的SNP的P值。9.3 GWAS：關(guān)聯(lián)分析...
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我解決了這個(gè)問題
GWAS分析-說人話（20）-單倍體關(guān)聯(lián)分析
前言 來到這里铐伴，已經(jīng)漸漸不是人話了... 估計(jì)這輩子我也沒有想到撮奏，我把我最厭惡的東西寫出來， 居然是最多人看的...... 分析方法很多盛杰，這一小節(jié)吐槽官網(wǎng)的這一行代碼挽荡，大神請...
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請問您解決這個(gè)問題了嗎？我的結(jié)果也是NA
GWAS分析-說人話（20）-單倍體關(guān)聯(lián)分析
前言 來到這里即供，已經(jīng)漸漸不是人話了... 估計(jì)這輩子我也沒有想到定拟，我把我最厭惡的東西寫出來， 居然是最多人看的...... 分析方法很多，這一小節(jié)吐槽官網(wǎng)的這一行代碼青自，大神請...
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CMplot報(bào)錯(cuò)missing value where TRUE/FALSE needed今天在使用CMplot畫曼哈頓圖時(shí)遇到一個(gè)bug：Error in if (sum(pvalueT <= 0) != 0 || sum(pvalueT > 1) != 0) ...
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@Wei_Sun 謝謝作者大大
7.1 GWAS：系統(tǒng)進(jìn)化樹——MEGA
系統(tǒng)發(fā)育樹 系統(tǒng)發(fā)育樹是表明被認(rèn)為具有共同祖先的各物種/材料之間的演化關(guān)系樹形圖株依，用來描述物種（或材料、序列等）之間的分類和演化關(guān)系延窜，是反映群體結(jié)構(gòu)最經(jīng)典恋腕、直觀、有效的方法逆瑞；...
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感謝作者大大分享荠藤！我有一些疑問，我們做群體結(jié)構(gòu)分析（構(gòu)建進(jìn)行樹获高，主成分分析和祖先成分分析）之前的數(shù)據(jù)過濾是不是要進(jìn)行LD過濾呀哈肖？如果要進(jìn)行LD過濾的話參數(shù)要咋設(shè)置呀？
7.1 GWAS：系統(tǒng)進(jìn)化樹——MEGA
系統(tǒng)發(fā)育樹 系統(tǒng)發(fā)育樹是表明被認(rèn)為具有共同祖先的各物種/材料之間的演化關(guān)系樹形圖念秧，用來描述物種（或材料淤井、序列等）之間的分類和演化關(guān)系，是反映群體結(jié)構(gòu)最經(jīng)典摊趾、直觀币狠、有效的方法；...
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@BestDNA 請問構(gòu)建進(jìn)化樹是不是也要進(jìn)行LD過濾呀砾层，過濾參數(shù)該如何設(shè)置呀漩绵？
2021.11.19 | 群體遺傳結(jié)構(gòu)、PCA肛炮、進(jìn)化樹
常見的群體結(jié)構(gòu)的分析方法有admixture分析渐行、系統(tǒng)發(fā)生數(shù)分析以及主成分分析等。 1铸董、admixture分析 1）R語言繪圖 admixture的可視化分為兩種 2）pon...
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您好颤芬！感謝分享悲幅，請問您的標(biāo)記數(shù)目為什么只有96個(gè)，是如何挑選的呀站蝠？我用snp來做的標(biāo)記有6萬多汰具。運(yùn)行一直報(bào)錯(cuò)。
MSTmap：遺傳圖譜分析軟件
一菱魔、MSTmap軟件介紹 MSTmap有網(wǎng)頁版留荔、Linux版兩個(gè)版本： 在線網(wǎng)頁版本：http://www.mstmap.org/ Linux版本：http://www.ms...
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@Wei_Sun 請問標(biāo)記在連鎖群上的位置這一列信息如何獲得呀聚蝶？
1.QTL定位：Rqtl—— Single-QTL analysis
R/qtl是一個(gè)可擴(kuò)展的杰妓、交互的、用于QTL定位的R包碘勉，集數(shù)據(jù)分析和繪圖于一體巷挥。特點(diǎn)是使復(fù)雜的QTL定位方法被廣泛使用，使用戶專注于建模而不是計(jì)算验靡。 官網(wǎng)：https://r...
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@Wei_Sun 好的倍宾，感謝大佬??
1.QTL定位：Rqtl—— Single-QTL analysis
R/qtl是一個(gè)可擴(kuò)展的、交互的胜嗓、用于QTL定位的R包高职，集數(shù)據(jù)分析和繪圖于一體。特點(diǎn)是使復(fù)雜的QTL定位方法被廣泛使用兼蕊，使用戶專注于建模而不是計(jì)算初厚。 官網(wǎng)：https://r...
