該工具和使用purge_haplogs處理基因組雜合區(qū)域類(lèi)似劣挫，但速度更快甩牺。 purge_dups能夠根據(jù)read深度分析組裝中haplotigs和overlaps。相對(duì)于另一...
IP屬地：天津
-
使用Purge_dups去冗余序列
-
InterProScan 最強(qiáng)基因功能注釋軟件 - 最簡(jiǎn)流程代碼參考官方文檔驶社，目前 Interproscan 本地版幾乎免安裝，自帶數(shù)據(jù)庫(kù)若治，使用簡(jiǎn)單峡眶。 下載與安裝 跳轉(zhuǎn)到軟件放置目錄 注意到軟件依賴(lài) Java11 或者以上 使用軟件 蛋白...
-
Interproscan 安裝教程及運(yùn)行報(bào)錯(cuò)解決
解決問(wèn)題：interproscan 軟件 在Linux中配置（個(gè)人經(jīng)驗(yàn)，僅供參考~） 提示：安裝的版本是interproscan-5.55-88.0-64-bit 一京革、參考文...
-
interproscan 安裝及運(yùn)行錯(cuò)誤調(diào)試
interproscan interproscan 是個(gè)基因注釋工具奇唤，可以一次運(yùn)行實(shí)現(xiàn)多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)的注釋。用戶(hù)既可以提交蛋白序列也可以提交核酸序列匹摇，還可以對(duì)輸出格式進(jìn)行設(shè)置咬扇。 ...
-
ASE （等位基因特異性表達(dá)）—— ASEReadCounter在遺傳時(shí)，父本和母本等位基因的調(diào)控和表達(dá)不均廊勃，這被稱(chēng)為等位基因特異性表達(dá)（ASE懈贺，allele-specific expression analysis）经窖。表現(xiàn)為基因轉(zhuǎn)錄出的...
-
文獻(xiàn)解讀：同源四倍體馬鈴薯單倍型基因組文獻(xiàn) 2022 Molecular Plant Genome architecture and tetrasomic inheritance of autotetraploi...
-
生信步驟|kmc+genomescope進(jìn)行基因組調(diào)查在組裝未知基因組時(shí)，往往需要利用重測(cè)序數(shù)據(jù)提前進(jìn)行基因組調(diào)查梭灿，以獲取其基因組規(guī)模画侣，雜合率，重復(fù)序列比例堡妒，GC含量等信息配乱。從而更好地?cái)M定后繼測(cè)序策略∑こ伲基因組調(diào)查可以采用kmer...
-
第十七章 基因組注釋
蛋白編碼基因的注釋 輸入文件的準(zhǔn)備 注釋要注意基因組數(shù)據(jù)完整性和連續(xù)性搬泥，評(píng)估組裝質(zhì)量，這決定著注釋結(jié)果的質(zhì)量和準(zhǔn)確性 需要以蛋白質(zhì)序列伏尼、表達(dá)序列標(biāo)簽 (EST)佑钾、全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本序...
-
基因家族擴(kuò)張收縮分析- OrthoFinder聚類(lèi)基因家族1. Summary 基因家族擴(kuò)張收縮分析可細(xì)分為六部分： 獲取每個(gè)基因?qū)?yīng)的最長(zhǎng)編碼區(qū)轉(zhuǎn)錄本 OrthoFinder聚類(lèi)基因家族 系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)推斷 物種分歧時(shí)間推斷 基因家族...
