該工具和使用purge_haplogs處理基因組雜合區(qū)域類(lèi)似剪芥，但速度更快。 purge_dups能夠根據(jù)read深度分析組裝中haplotigs和overlaps。相對(duì)于另一...
IP屬地：天津
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使用Purge_dups去冗余序列
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InterProScan 最強(qiáng)基因功能注釋軟件 - 最簡(jiǎn)流程代碼參考官方文檔策菜，目前 Interproscan 本地版幾乎免安裝睦尽，自帶數(shù)據(jù)庫(kù)脏答，使用簡(jiǎn)單碗暗。 下載與安裝 跳轉(zhuǎn)到軟件放置目錄 注意到軟件依賴(lài) Java11 或者以上 使用軟件 蛋白...
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Interproscan 安裝教程及運(yùn)行報(bào)錯(cuò)解決
解決問(wèn)題：interproscan 軟件 在Linux中配置（個(gè)人經(jīng)驗(yàn)，僅供參考~） 提示：安裝的版本是interproscan-5.55-88.0-64-bit 一昌阿、參考文...
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interproscan 安裝及運(yùn)行錯(cuò)誤調(diào)試
interproscan interproscan 是個(gè)基因注釋工具饥脑，可以一次運(yùn)行實(shí)現(xiàn)多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)的注釋。用戶既可以提交蛋白序列也可以提交核酸序列懦冰，還可以對(duì)輸出格式進(jìn)行設(shè)置灶轰。 ...
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ASE （等位基因特異性表達(dá)）—— ASEReadCounter在遺傳時(shí)，父本和母本等位基因的調(diào)控和表達(dá)不均刷钢，這被稱(chēng)為等位基因特異性表達(dá)（ASE笋颤，allele-specific expression analysis）。表現(xiàn)為基因轉(zhuǎn)錄出的...
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我也遇到了闯捎，請(qǐng)問(wèn)最后是怎么解決的
跟著B(niǎo)ioinformatics學(xué)數(shù)據(jù)分析:StainedGlass可視化展示基因組水平上的tandem repeat
論文 StainedGlass: interactive visualization of massive tandem repeat structures with ide...
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文獻(xiàn)解讀：同源四倍體馬鈴薯單倍型基因組文獻(xiàn) 2022 Molecular Plant Genome architecture and tetrasomic inheritance of autotetraploi...
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生信步驟|kmc+genomescope進(jìn)行基因組調(diào)查在組裝未知基因組時(shí)瓤鼻，往往需要利用重測(cè)序數(shù)據(jù)提前進(jìn)行基因組調(diào)查秉版，以獲取其基因組規(guī)模，雜合率茬祷，重復(fù)序列比例清焕，GC含量等信息。從而更好地?cái)M定后繼測(cè)序策略祭犯〗胀祝基因組調(diào)查可以采用kmer...
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第十七章 基因組注釋
蛋白編碼基因的注釋 輸入文件的準(zhǔn)備 注釋要注意基因組數(shù)據(jù)完整性和連續(xù)性，評(píng)估組裝質(zhì)量沃粗，這決定著注釋結(jié)果的質(zhì)量和準(zhǔn)確性 需要以蛋白質(zhì)序列粥惧、表達(dá)序列標(biāo)簽 (EST)、全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本序...
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基因家族擴(kuò)張收縮分析- OrthoFinder聚類(lèi)基因家族1. Summary 基因家族擴(kuò)張收縮分析可細(xì)分為六部分： 獲取每個(gè)基因?qū)?yīng)的最長(zhǎng)編碼區(qū)轉(zhuǎn)錄本 OrthoFinder聚類(lèi)基因家族 系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)推斷 物種分歧時(shí)間推斷 基因家族...
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精選推文 | 基于三代轉(zhuǎn)錄組的基因注釋踩坑經(jīng)歷以及GSAman使用邀請(qǐng)并收到一位「GSAman」用戶的稿件最盅，非常詳盡且實(shí)在突雪。相信這份推文可以為一些做功能基因組方面工作的朋友，提供實(shí)用參考涡贱。 -- CJ-陳程杰 前言 隨著測(cè)序技術(shù)的進(jìn)步和普及...
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EVidenceModeler(EVM)流程做基因組注釋簡(jiǎn)單小例子
首先是安裝這個(gè)流程咏删，試了一下可以使用conda進(jìn)行安裝 安裝好以后很多perl腳本是在 anaconda3/envs/EVM/opt/evidencemodeler-2.1....
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基因組結(jié)構(gòu)注釋1. 組裝基因組質(zhì)控 得到組裝好的基因組序列之后，首先要使用多種方法評(píng)估組裝質(zhì)量问词。這里用到2款可用于基因組組裝質(zhì)量評(píng)估的軟件——QUAST和BUSCO督函。 1.1 quast—...
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基因組注釋學(xué)習(xí)(一)----重復(fù)序列屏蔽
基因組組裝完成后，需要對(duì)基因組進(jìn)行注釋。對(duì)于高等真核生物辰狡，由于重復(fù)序列占了相當(dāng)大的比例锋叨，會(huì)影響基因預(yù)測(cè)的質(zhì)量，也會(huì)帶來(lái)不必要的資源消耗搓译。因此在基因預(yù)測(cè)前悲柱，首先要檢測(cè)并屏蔽基因...
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利用三代轉(zhuǎn)錄本升級(jí)基因組注釋?zhuān)╣ff3）因?yàn)檎n題需要，我們?cè)谇捌诮M裝了一個(gè)基因組并進(jìn)行了注釋?zhuān)谴嬖趦蓚€(gè)問(wèn)題些己，一個(gè)是沒(méi)有考慮可變剪切，另一個(gè)是注釋的基因并不準(zhǔn)確嘿般，三代轉(zhuǎn)錄組的廣泛普及對(duì)于基因研究提供了很大的便利段标，...
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「基因組」著絲粒和端粒鑒定軟件
最近狀態(tài)不佳，連續(xù)兩件事情做的時(shí)候只想到了一半炉奴，做了又等于沒(méi)做逼庞，都成了自己預(yù)想的最差的結(jié)果，要想做到最佳瞻赶，只有重做赛糟，現(xiàn)在浪費(fèi)時(shí)間結(jié)果不合適等于白做。一心多用砸逊，今天白搞一下午璧南，...
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Repeatmodeler+EDTA+homology-based庫(kù)屏蔽重復(fù)序列
1. repeatmodeler 2. EDTA 3. 下載homology-based庫(kù) 4. repeatmasker
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用k-mer分析進(jìn)行基因組調(diào)查：（四）用GenomeScope評(píng)估基因組特征+用Smudgeplot估計(jì)倍性（全文約3500字） 【推薦】用Smudgeplot評(píng)估物種倍性后，用組合jellyfish+GenomeScope1.0做二倍體物種的基因組調(diào)查师逸，用組合KMC+Genome...
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jellyfish:快速計(jì)算kmer分布
歡迎關(guān)注"生信修煉手冊(cè)"司倚！ jellyfish可以統(tǒng)計(jì)DNA序列中Kmer的分布，它運(yùn)行速度快篓像，內(nèi)存消耗低动知，支持并行，是最常用的kmer統(tǒng)計(jì)軟件之一员辩。 官網(wǎng)如下： http:...
