一、什么是RPKM稍浆、 FPKM评矩、TPM、CPM RPKM, FPKM and TPM, clearly explained - StatQuest!!
2023-07-21使用Trinity進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組De novo組裝(無(wú)參)軟件安裝與下載 運(yùn)行數(shù)據(jù) 功能注釋 組裝后的文件就是轉(zhuǎn)錄本文件在未消除樣品之間的差異之前塞关，用TPM來(lái)比較勉強(qiáng)可以晕讲，但是FPKM不行贵白。
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轉(zhuǎn)錄組分析——STAR+RSEM+Deseq2STAR+RSEM+Deseq2視頻課程鏈接已經(jīng)公開(kāi), https://www.bilibili.com/video/BV1KJ411p7WN?p=8[https://www...
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orthofinder安裝及使用教程安裝orthofinder 使用conda安裝 安裝軟件前抚芦，先設(shè)置一個(gè)小環(huán)境倍谜，不要直接在自己賬戶(hù)的當(dāng)前環(huán)境內(nèi)安裝軟件；你可以創(chuàng)建很多小環(huán)境名叉抡，有的小環(huán)境壞了尔崔，你不要就可以了...
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理論 | edgeR -- TMM normalization 詳細(xì)計(jì)算過(guò)程
最近在看差異分析當(dāng)中原始read counts是如何被校正的，自然就不會(huì)放過(guò)差異分析的經(jīng)典之一 —— edgeR. edgeR使用的校正方法稱(chēng)為trimmed mean of...
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基于重測(cè)序數(shù)據(jù)計(jì)算 iHS 選擇信號(hào)
Integrated Haplotype Score (iHS) (Voight et al., 2006) 是基于單倍型的選擇信號(hào)檢測(cè)軟件卜壕。iHS 通過(guò)比較單倍型頻率的衰減...
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SIFT4G:預(yù)測(cè)氨基酸取代是否會(huì)影響蛋白質(zhì)功能
SIFT4G[https://sift.bii.a-star.edu.sg/sift4g/Commandline.html] 使用方法：1.下載對(duì)應(yīng)物種的SIFT數(shù)據(jù)庫(kù)htt...
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每日paper - 20220216 - Review - 基于基因組數(shù)據(jù)的遺傳負(fù)荷研究Genetic load: genomic estimates and applications in non-model animals[https://www.natur...
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生信 | Circos的安裝寫(xiě)在前面的碎碎念 最近在嘗試Cricos這款優(yōu)秀的可視化軟件您旁，但是在安裝的時(shí)候有一些問(wèn)題烙常，記錄一下轴捎。首先我是conda的忠實(shí)用戶(hù)，因此下載軟件的第一反應(yīng)就是去Bioconda...
