log2只能標(biāo)準(zhǔn)化到同一水平亿扁，去批次一般不行，你可以畫一個(gè)pca的圖看看
sva ComBat去除GEO數(shù)據(jù)批次效應(yīng)批次效應(yīng) 批次效應(yīng)是測(cè)量結(jié)果中的一部分浅碾，它們因?yàn)閷?shí)驗(yàn)條件的不同而具有不同的表現(xiàn)形式大州，并且與我們研究的變量沒(méi)有關(guān)系。不同平臺(tái)的數(shù)據(jù)垂谢，同一平臺(tái)的不同時(shí)期的數(shù)據(jù)厦画，同一個(gè)樣品不同試劑...
.raw里同樣會(huì)被log和標(biāo)準(zhǔn)化
scanpy踩坑實(shí)錄日常瞎掰 ??最近在分析scRNA-seq的數(shù)據(jù)，三個(gè)樣本數(shù)據(jù)不大滥朱，用Seurat分析真的很香根暑！奈何又要下載公共數(shù)據(jù)的樣本，這樣一搗騰徙邻，Seuart倒顯得有些力不從心了排嫌，何也...
BAM文件flag記錄 1：該read是成對(duì)的paired reads中的一個(gè)2：paired reads中每個(gè)都正確比對(duì)到參考序列上4：該read沒(méi)比對(duì)到參考序列上8：與該...
@八重_967e waring一般是沒(méi)事淳地，注意一下就好
fgsea單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組GSEA富集分析Gene Set Enrichment Analysis(GSEA),Subramanian et al. 20051[https://doi.org/10.1073/pna...
@八重_967e 不用分開(kāi)的
fgsea單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組GSEA富集分析Gene Set Enrichment Analysis(GSEA),Subramanian et al. 20051[https://doi.org/10.1073/pna...
??你可以驗(yàn)證一下，我也沒(méi)有嘗試過(guò)這種做法帅容。跑了之后用PCA圖驗(yàn)證看一下效果就行了
sva ComBat去除GEO數(shù)據(jù)批次效應(yīng)批次效應(yīng) 批次效應(yīng)是測(cè)量結(jié)果中的一部分颇象，它們因?yàn)閷?shí)驗(yàn)條件的不同而具有不同的表現(xiàn)形式，并且與我們研究的變量沒(méi)有關(guān)系并徘。不同平臺(tái)的數(shù)據(jù)遣钳，同一平臺(tái)的不同時(shí)期的數(shù)據(jù)，同一個(gè)樣品不同試劑...
Linux環(huán)境下安裝R 報(bào)錯(cuò):configure: error: libcurl >= 7.28.0 library and headers are required wit...
2017年Google公司開(kāi)放了TensorFlow Object Detection API麦乞，該項(xiàng)目實(shí)現(xiàn)了多種深度學(xué)習(xí)框架蕴茴，包括mask RCNN。利用API根據(jù)githu...
不是TCGA的路幸，就是log轉(zhuǎn)化的TPM和芯片數(shù)據(jù)的整合
GEO RNAseq與chip seq數(shù)據(jù)整合GEO數(shù)據(jù)有芯片數(shù)據(jù)荐开，也有RNAseq數(shù)據(jù)付翁，芯片數(shù)據(jù)一般是經(jīng)過(guò)背景校正简肴、標(biāo)準(zhǔn)化過(guò)的。如果表達(dá)量較小百侧，說(shuō)明是經(jīng)過(guò)log2轉(zhuǎn)化砰识。 RNAseq數(shù)據(jù)有counts矩陣能扒，也有FPKM...
@More_Nothing 數(shù)據(jù)集不是包里面自有的，這是單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)的 seurat 對(duì)象辫狼。
monocle 擬時(shí)序分析擬時(shí)序分析指的是根據(jù)不同細(xì)胞亞群基因表達(dá)量隨時(shí)間的變化情況初斑，構(gòu)建細(xì)胞譜系發(fā)育。這個(gè)時(shí)間并不是真的時(shí)間膨处，而是一個(gè)虛擬的時(shí)序列见秤，是指細(xì)胞與細(xì)胞之間的轉(zhuǎn)化和演替的順序和軌跡。 mo...
SingleR細(xì)胞類型鑒定SingleR計(jì)算每個(gè)細(xì)胞表達(dá)譜與每個(gè)參考樣品的表達(dá)譜之間的Spearman相關(guān)性真椿，相關(guān)分析僅對(duì)參考數(shù)據(jù)集中的變異基因(variable genes)進(jìn)行鹃答。使用相關(guān)分布的固定...
看個(gè)人需求，label. fine是比較細(xì)致的分類突硝，可以作為參考测摔，label. main一般會(huì)比較準(zhǔn)確
SingleR細(xì)胞類型鑒定SingleR計(jì)算每個(gè)細(xì)胞表達(dá)譜與每個(gè)參考樣品的表達(dá)譜之間的Spearman相關(guān)性，相關(guān)分析僅對(duì)參考數(shù)據(jù)集中的變異基因(variable genes)進(jìn)行解恰。使用相關(guān)分布的固定...
這個(gè)是跑過(guò)的代碼锋八，數(shù)據(jù)不一樣可能會(huì)有報(bào)錯(cuò)哦。
monocle 擬時(shí)序分析擬時(shí)序分析指的是根據(jù)不同細(xì)胞亞群基因表達(dá)量隨時(shí)間的變化情況护盈，構(gòu)建細(xì)胞譜系發(fā)育挟纱。這個(gè)時(shí)間并不是真的時(shí)間，而是一個(gè)虛擬的時(shí)序列腐宋，是指細(xì)胞與細(xì)胞之間的轉(zhuǎn)化和演替的順序和軌跡樊销。 mo...
跳空缺口與回補(bǔ) 是指相鄰的兩根 K線間沒(méi)有發(fā)生任何交易,由于突發(fā)消息的影響,或者投資者比較看好或看空時(shí),股價(jià)在走勢(shì)圖上出現(xiàn)空白區(qū)域,這就是跳空缺口；在股價(jià)之后的走勢(shì)中脏款，將跳空...
GSVA基因集變異分析結(jié)合limma包分析差異基因集 基因集變異分析即GSVA（Gene set variation analysis）,是一種非參數(shù)的無(wú)監(jiān)督分析方法围苫，主要用...
肥大細(xì)胞特性 肥大細(xì)胞（mast cell），發(fā)育源于骨髓CD34+前體細(xì)胞撤师，廣泛分布于皮膚及內(nèi)臟粘膜下的微血管周圍剂府，組織中肥大細(xì)胞不多，是連接神經(jīng)系統(tǒng)和免疫系統(tǒng)的橋梁剃盾。 形...
