一個(gè)不太年輕的新手晰洒，歡迎交流學(xué)習(xí)重荠。
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：上海
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單細(xì)胞空間宏基因組揭秘微生物群對(duì)癌癥空間和細(xì)胞異質(zhì)性的作用作者鲜锚，Evil Genius 新的一周，主要這周開始世界杯開賽了苫拍，看比賽的時(shí)間多了一點(diǎn)芜繁，個(gè)人喜歡德國(guó)隊(duì)，不知道大家對(duì)世界杯有沒有興趣绒极。 今天的文章我們來分享一點(diǎn)新的內(nèi)容骏令。文章...
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單細(xì)胞空間數(shù)據(jù)分析人類胚胎肺細(xì)胞異質(zhì)性的發(fā)育起源作者，Evil Genius 好了垄提，開始這篇的內(nèi)容伏社。 文章信息A topographic atlas defines developmental origins of cel...
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單細(xì)胞空間宏基因組揭秘微生物群對(duì)癌癥空間和細(xì)胞異質(zhì)性的作用2作者，Evil Genius 陽了個(gè)陽塔淤，出門在外摘昌，注意保護(hù)自己。 本篇參考文章Effect of the intratumoral microbiota on spatial...
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在原有的UMAP上標(biāo)注RNA velocity
1.讀入RNA velocity的loom文件,并提取spliced文件和unspliced文件 2.提取原有的用seurat做的UMAP的圖高蜂。 3.將RNA velocit...
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復(fù)旦師兄备恤，wx公眾號(hào)【生信師兄】
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從0開始露泊，包括軟件安裝喉镰，環(huán)境設(shè)置，原始數(shù)據(jù)下載惭笑，轉(zhuǎn)換侣姆，差異基因分析等整個(gè)流程
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大神，I1沉噩，R1,R2的數(shù)據(jù)我看別的介紹可以直接跑cellranger count 捺宗，我自己試了也可以。所以為什么要再多一步cellranger mkfastq呢
CellRanger原理
0. 概述 Cell Ranger 是 10X genomics 官方提供的一套針對(duì)單細(xì)胞 RNA 測(cè)序輸出結(jié)果進(jìn)行比對(duì)川蒙、定量蚜厉、聚類及基因表達(dá)分析的分析流程，它包含有與單細(xì)胞...
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【單細(xì)胞高級(jí)繪圖】07.KEGG富集結(jié)果展示這一節(jié)畫的圖是比較新的，圖中我用紅色箭頭標(biāo)出的是pathway 注釋信息(big annotation品追，自己想的隘弊，非專有名詞)柱查，縱軸花花綠綠的標(biāo)注是pathway的 注釋(s...
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利用 Dirichlet-multinomial regression 計(jì)算不同條件下亞群豐度變化方法來源于上面這篇文章蒲稳，不得不說辑鲤，這篇文章運(yùn)用了非常多復(fù)雜的方法去闡述關(guān)注的科學(xué)問題捂刺，真不愧是出自Broad institute實(shí)驗(yàn)室的递胧。我這里暫時(shí)只講下文章中一種比較新穎的...
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蜂群圖，讓組間基因表達(dá)值的比較更優(yōu)雅（R教程）
在文獻(xiàn)中悬垃，我們經(jīng)常能夠看到這樣的散點(diǎn)圖游昼。例如，通過RNA-seq或qPCR比較特定基因在不同分組樣本中的整體表達(dá)水平尝蠕。 與其稱它們?yōu)樯Ⅻc(diǎn)圖烘豌，其實(shí)它們是有獨(dú)自名字的—蜂群圖。當(dāng)...
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愿同你一起分享在生信分析和精品咖啡上的點(diǎn)滴！
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）數(shù)據(jù)分析之時(shí)間動(dòng)力學(xué)（sctour）今天呢靖榕，分享一個(gè)軟件标锄，用來分析單細(xì)胞的時(shí)間動(dòng)力學(xué)，也就是軌跡方面的內(nèi)容茁计，感覺是一個(gè)不錯(cuò)的分析點(diǎn)料皇，分享分享。 分享的文章在scTour: a deep learning arc...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組之繪圖小細(xì)節(jié)分享新的一周第一天星压，我們不整那些難的践剂，來點(diǎn)小的繪圖細(xì)節(jié)分析，如下圖 這個(gè)圖包括兩部分娜膘，左圖的畫法很簡(jiǎn)單 這是只是需要設(shè)置一下alpha參數(shù)逊脯，就可以把沒有該細(xì)胞類型的位置給暴露出來...
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大神， 你知道IPA輸入文件基因名那列可以是小鼠的嗎竣贪，還是必須要先轉(zhuǎn)化為人的基因名军洼？
跟著Cell學(xué)作圖|11.Ingenuity Pathway Analysis(IPA)
跟著Cell學(xué)作圖|11.Ingenuity Pathway Analysis(IPA) “實(shí)踐是檢驗(yàn)真理的唯一標(biāo)準(zhǔn)〖指唬”“復(fù)現(xiàn)是學(xué)習(xí)R語言的最好辦法歉眷。” DOI: 10.10...
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