ceRNA 最近被玩的很多蕊玷，構(gòu)建的方法很多，這個是我這幾天探索覺得比較好用也比較省力的喉酌，分享給大家菩帝。我已經(jīng)把代碼 數(shù)據(jù) 文件打包好了，在生信星球公眾號后臺回復(fù)ce657即可獲...
發(fā)簡信
IP屬地：廣西壯族自治區(qū)
-
從mRNA到ceRNA network -
Seurat4.0系列教程7：數(shù)據(jù)可視化方法我們將使用我們之前從 2，700個 PBMC 教程中計(jì)算的 Seurat 對象在 Seurat 中演示可視化技術(shù)野建。您可以從這里[https://github.com/sati...
-
Monocle3：擬時序分析寫在前面：今天突然想寫這個教程娜谊，花了一下午看資料确买，其實(shí)我前面是有一些基礎(chǔ)的，但是看的還是會很亂纱皆，所以想把這個包的脈絡(luò)寫一下湾趾，希望能夠可以跟大家討論一下并且自己以后使用這個包的...
-
RNA-seq入門實(shí)戰(zhàn)（七）：GSEA——基因集富集分析本節(jié)概覽：1.GSEA簡單介紹2.創(chuàng)建GSEA分析所需的geneList搀缠，包含log2FoldChange和ENTREZID信息3.利用clusterProfiler進(jìn)行GS...
-
三大經(jīng)典在線生存分析工具測評導(dǎo)讀 在腫瘤相關(guān)研究中，一張精美的生存分析圖近迁，已經(jīng)成了腫瘤研究高分文章的標(biāo)配艺普。好的臨床預(yù)后效果，往往在一定程度上決定了文章發(fā)表的層次鉴竭。然而對剛剛拿到一個新基因的新手來說歧譬，生存...
-
【軟件使用】PyMol入門教程主要講述PyMOL中常見的圖形界面（鼠標(biāo)）操作 1.認(rèn)識PyMol 1. 軟件界面介紹 1.2 內(nèi)置demo介紹 打開PyMOL,點(diǎn)擊1.1菜單窗口的Wizard菜單，然后點(diǎn)...
-
R|TCGA|m6AlncRNAm6A相關(guān)的lncRNA怎么進(jìn)行計(jì)算搏存？下面我們就來探究下 1.表達(dá)矩陣下載[#%E8%A1%A8%E8%BE%BE%E7%9F%A9%E9%98%B5%E4%B8%8B%E8...
-
細(xì)胞通訊分析【二】——CellChat分析結(jié)果可視化本期內(nèi)容同步發(fā)布于單細(xì)胞天地微信公眾號瑰步。 回顧——細(xì)胞通訊網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建 前面的帖子中我們已經(jīng)成功地進(jìn)行了細(xì)胞間通訊網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建，總的來看借助下面簡易的分析流程即可完成： 今天繼續(xù)介...
-
神兵利器——單細(xì)胞細(xì)胞類群基因marker鑒定新方法：COSG在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析當(dāng)中璧眠，當(dāng)我們聚類分群完成之后缩焦，緊接著就是細(xì)胞類型注釋，細(xì)胞類型的注釋就離不開 基因marker 责静，即在目標(biāo)細(xì)胞類群和其它細(xì)胞類群之間呈現(xiàn)出不同表達(dá)模式特征的基...
-
細(xì)胞通訊分析【一】——CellChat上游分析本期內(nèi)容已同步分享至單細(xì)胞天地 細(xì)胞通訊是指細(xì)胞與細(xì)胞之間的聯(lián)系袁滥。細(xì)胞和人類一樣，多細(xì)胞生物的很多細(xì)胞會相互作用灾螃，形成“細(xì)胞社會”题翻，在這個社會里，細(xì)胞與細(xì)胞之間會發(fā)生相互作用...
-
熱點(diǎn)綜述 | 腫瘤微環(huán)境中的細(xì)胞間通信推斷和分析：數(shù)據(jù)資源和計(jì)算策略
量化腫瘤微環(huán)境（TME）中各種細(xì)胞類型之間和內(nèi)部的串?dāng)_，有助于開發(fā)用于腫瘤靶向治療的工具垃喊』眨《Briefings in Bioinformatics》發(fā)表了一篇綜述文章，介紹了...
-
單細(xì)胞分析踩坑實(shí)錄：DotPlot()之'RNA' assay還是 'integrated' assay?前段時間在生信技能樹單細(xì)胞學(xué)習(xí)小分隊(duì)分享單細(xì)胞文章復(fù)現(xiàn)本谜，一不小心就踩了一個坑……記錄在這兒和大家一起分享初家。 背景 主要是想復(fù)現(xiàn)2020年發(fā)表在 PNAS 上的一篇題為 Sin...
-
單細(xì)胞分析之細(xì)胞交互-3：CellChat常用的細(xì)胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.reibang.com/p/38a9376f5286]：是公開的人工校正的掖肋，儲存受體仆葡、配體以及兩種相互作用...
-
單細(xì)胞RunPCA()結(jié)果解讀+DimHeatmap的用法單細(xì)胞繪圖系列： Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)[http://www.reibang.com/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
-
單細(xì)胞分析中的NormalizeData()與ScaleData()區(qū)別在哪兒？今天又是入門單細(xì)胞分析的一天在單細(xì)胞分析當(dāng)中志笼，我們會用到兩個函數(shù)：NormalizeData()和ScaleData()沿盅，這兩個函數(shù)的區(qū)別到底在哪兒？它們到底對我們的單細(xì)胞數(shù)...
