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pySCENIC轉(zhuǎn)錄因子分析單細(xì)胞系列教程目錄索引,持續(xù)更新...[http://www.reibang.com/p/98fc6c80c216] 以Ubuntu 20.04為例例朱，首先按照Anacond...
IP屬地：海南
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《Cell》前沿綜述：利用地理科學(xué)幫助實(shí)現(xiàn)空間轉(zhuǎn)錄組分析的最大潛能（三）文章題目：Mapping the transcriptome: Realizing the full potential of spatial data analysisht...
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《Cell》前沿綜述：利用地理科學(xué)幫助實(shí)現(xiàn)空間轉(zhuǎn)錄組分析的最大潛能（二）文章題目：Mapping the transcriptome: Realizing the full potential of spatial data analysisht...
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《Cell》前沿綜述：利用地理科學(xué)幫助實(shí)現(xiàn)空間轉(zhuǎn)錄組分析的最大潛能（一）文章題目：Mapping the transcriptome: Realizing the full potential of spatial data analysisht...
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髓系細(xì)胞工具鼠匯總
一篓冲、巨噬細(xì)胞 1. Cre工具鼠 Cre工具鼠是通過(guò)在小鼠marker基因位點(diǎn)敲入Cre/CreERT2或者Dre/DreERT2元件構(gòu)建而成串绩。Cre工具鼠跟特定的flox小...
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社交恐懼癥和重度拖延癥唆香，還有魚的記憶
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答讀者問(wèn)(8)：如何批量查詢marker基因(對(duì)應(yīng)的蛋白)會(huì)不會(huì)在膜上表達(dá)？做實(shí)驗(yàn)的朋友們對(duì)這個(gè)問(wèn)題應(yīng)該是很感興趣的滑沧，因?yàn)樯婕暗胶罄m(xù)能不能實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證喇颁。 一般的做法是拿基因名或者蛋白名去查文獻(xiàn)，查網(wǎng)站嚎货。我知道的：uniprot、PDB蔫浆、the human...
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聽說(shuō)你想要TCGA的新版miRNA表達(dá)數(shù)據(jù)
TCGA的下載方式更新了殖属，miRNA也跟著動(dòng)一下。 1.查看TCGA的33個(gè)癌種 2.下載數(shù)據(jù) 使用的是TCGAbiolinks里面的函數(shù)瓦盛，受網(wǎng)絡(luò)限制洗显，有可能下載不成功外潜。 3...
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應(yīng)用Cellpose進(jìn)行細(xì)胞核分割
在這個(gè)教程中处窥，我們將展示如何應(yīng)用組織結(jié)構(gòu)的細(xì)胞分割算法Cellpose（包含在squidpy.im.segment)進(jìn)行空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)圖像的細(xì)胞核分割。 首先我得安裝安裝這個(gè)...
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膠質(zhì)母細(xì)胞瘤免疫亞型分析+免疫組化發(fā)8+分SCI今天給大家介紹一篇2022年1月發(fā)表在OncoImmunology（IF:8.110）上的一篇文章玄组。本研究作者對(duì)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組和bulk轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)集進(jìn)行分析滔驾，鑒定到了一個(gè)新的G...
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Tangram 空間轉(zhuǎn)錄組教程（二）前文提到Tangram在基于mapping的步驟跃捣，有兩種方式: mode = "cluster"：速度快漱牵，占用內(nèi)存少，適用于空轉(zhuǎn)和單細(xì)胞數(shù)據(jù)來(lái)自不同樣本情況下枝缔。 mode =...
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Tangram 空間轉(zhuǎn)錄組教程（一）什么是tangram布疙？ tangram是一種映射單細(xì)胞表達(dá)譜數(shù)據(jù)到空間表達(dá)譜的方法，它收集同一解剖區(qū)域或者組織類型的單細(xì)胞數(shù)據(jù)和空間數(shù)據(jù)愿卸。通過(guò)整合灵临，該方法在scRNAseq表...
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請(qǐng)問(wèn)：”還需要提供給Cell2location每個(gè)位置被期望的細(xì)胞豐度，這是用來(lái)作為一個(gè)估計(jì)完整細(xì)胞豐度的先導(dǎo)“ 這個(gè)怎么理解趴荸，很難準(zhǔn)備感覺儒溉。
cell2location學(xué)習(xí)筆記
Cell2location 是一個(gè)原則性的貝葉斯模型，它可以解析空間轉(zhuǎn)錄數(shù)據(jù)中的細(xì)胞類型发钝，并創(chuàng)建不同組織的全面細(xì)胞圖顿涣。Cell2location 解釋了變異的技術(shù)來(lái)源，并借用...
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