你是否為各種各樣的空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)類型而眼花繚亂？你是否想要復(fù)現(xiàn)文章中的分析而倒在了數(shù)據(jù)讀入芽淡？你是否希望學(xué)習(xí)空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析卻又無從下手丙躏？今天择示，我們就和大家一起來學(xué)習(xí)多種類型...
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三種空間組學(xué)數(shù)據(jù)類型的讀取 -
STOmics-seq：Stereopy教程（一）一、背景介紹 大家其實對華大測序的原理什么的都知道晒旅，但是以下概念是比較重要的栅盲，什么是DNB，bin废恋，我們怎么選擇binsize的大小等問題就至關(guān)重要了谈秫。首先解釋以下DNB和b...
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TCGA數(shù)據(jù)下載和整理的三種方法TCGA數(shù)據(jù)下載方法：gdc-client，Xena和gdcRNAtools 需要下載的數(shù)據(jù)組學(xué)信息（樣本）：（存儲單個病人表達數(shù)據(jù)鱼鼓，需整理為表達矩陣） + （存儲樣本文件的...
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R語言實踐一之下載GEO數(shù)據(jù)
目標一：下載GEO數(shù)據(jù)拟烫，以GSE42872為例方法一：通過加裝GEOquery包，使用getGEO函數(shù)可以得到對應(yīng)GEO好的表達矩陣迄本，注釋信息硕淑，樣本信息等。 此步驟Run后下...
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SCENIC/pySCENIC結(jié)果可視化 2022-11-08適用背景 之前寫了一篇文章介紹四步完成單細胞數(shù)據(jù)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)流程分析[http://www.reibang.com/p/71ed43163ce1]，但生成的結(jié)果沒有進行可視化喜颁，...
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SCENIC/pySCENIC分析補充+小鼠數(shù)據(jù)示例2022-12-14
適用背景 之前寫了兩篇博客（四步完成單細胞數(shù)據(jù)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)流程分析-SCENIC/pySCENIC-2022-09-06[http://www.reibang.com/p/71...
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四步完成單細胞數(shù)據(jù)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)流程分析-SCENIC/pySCENIC-2022-09-06適用背景 單細胞轉(zhuǎn)錄組調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析是單細胞轉(zhuǎn)錄組分析內(nèi)容的高級分析之一，本文將介紹SCENIC/pySCENIC的流程曹阔，具體原理和內(nèi)容不展開半开，主要展示代碼復(fù)現(xiàn)流程。R的SCE...
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如何使折線圖的線條縱享絲滑赃份？昨天在做一個簡單的頻率分布直方圖時寂拆，想在上方增添一個折線圖，但是發(fā)現(xiàn)簡單的geom_line()所添加的曲線有點生硬抓韩，在想有沒有使其平滑的方法纠永，于是google一番發(fā)現(xiàn)還是很...
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CellChat：細胞間相互作用分析利器前言 我們知道，細胞間信息傳遞方式一個是細胞表面配受體的相互作用谒拴，另一個通過細胞產(chǎn)生的可溶性小分子尝江，即細胞因子。在單細胞數(shù)據(jù)分析中下游英上，有時候我們想看某幾種細胞類型之間的相互...
