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TCGA數(shù)據(jù)下載方法：gdc-client，Xena和gdcRNAtools 需要下載的數(shù)據(jù)組學(xué)信息（樣本）：（存儲單個病人表達(dá)數(shù)據(jù)，需整理為表達(dá)矩陣） + （存儲樣本文件的...

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適用背景 之前寫了一篇文章介紹四步完成單細(xì)胞數(shù)據(jù)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)流程分析[http://www.reibang.com/p/71ed43163ce1]玩敏，但生成的結(jié)果沒有進行可視化，...

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適用背景 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析內(nèi)容的高級分析之一，本文將介紹SCENIC/pySCENIC的流程砰粹，具體原理和內(nèi)容不展開，主要展示代碼復(fù)現(xiàn)流程造挽。R的SCE...

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昨天在做一個簡單的頻率分布直方圖時，想在上方增添一個折線圖饭入，但是發(fā)現(xiàn)簡單的geom_line()所添加的曲線有點生硬嵌器，在想有沒有使其平滑的方法，于是google一番發(fā)現(xiàn)還是很...

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前言 我們知道谐丢，細(xì)胞間信息傳遞方式一個是細(xì)胞表面配受體的相互作用爽航，另一個通過細(xì)胞產(chǎn)生的可溶性小分子蚓让，即細(xì)胞因子。在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中下游讥珍，有時候我們想看某幾種細(xì)胞類型之間的相互...

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在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析當(dāng)中历极，當(dāng)我們聚類分群完成之后，緊接著就是細(xì)胞類型注釋串述，細(xì)胞類型的注釋就離不開 基因marker 执解，即在目標(biāo)細(xì)胞類群和其它細(xì)胞類群之間呈現(xiàn)出不同表達(dá)模式特征的基...

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思考題1：表觀遺傳學(xué)概念，分子機制纲酗，及表觀遺傳經(jīng)典現(xiàn)象 一衰腌、概念： 在不改變DNA序列的前提下，所引起的可遺傳的性狀（基因表達(dá)）的變化觅赊。 二右蕊、分子機制： 1.DNA甲基化與去...

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背景：在linux系統(tǒng)上使用docker創(chuàng)建鏡像，使用容器吮螺。 在日常的生信分析過程中饶囚，環(huán)境的配置往往比數(shù)據(jù)分析本身還令人頭疼。conda的使用方便了R和python包的下載鸠补，...

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??最近一直在學(xué)習(xí)單細(xì)胞方面的知識萝风，無意中看到別人的帖子在分享如何畫堆疊的小提琴圖(StackedVlnPlot)，順便就學(xué)習(xí)了一下紫岩。發(fā)現(xiàn)StackedVlnPlot圖確實看...

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前段時間跟師兄聊天规惰，聊到seurat包，他說學(xué)軟件一定要知道這個軟件開發(fā)的目的泉蝌，它是要解決哪些主要問題歇万，哪些是次要問題，次要問題其他R包同樣解決勋陪，他開發(fā)的主線是什么贪磺。單細(xì)胞多...

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教程鏈接：https://satijalab.org/signac/articles/pbmc_vignette.html[https://satijalab.org/sig...

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hello,上一篇文章中筹燕，10X空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析之空間注釋（解卷積，STdeconvolve）[http://www.reibang.com/p/d213c53ef003...

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參考教程鏈接： https://github.com/dmcable/spacexr[https://github.com/dmcable/spacexr] 官方教程： ht...