hisat2 align begining to analysis raw data, you should be clean the fastq data. Here we...

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沒(méi)有寫(xiě)出來(lái)潛在的bugger
上傳數(shù)據(jù)到proteomexchange上傳蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)到proteomexchange 1. 登錄網(wǎng)址http://proteomecentral.proteomexchange.org 2. 用郵箱注冊(cè)自己的...
kmeans_k = 2 最疆?這個(gè)具體是什么意思呢杯巨?
pheatmap熱圖技巧合集突然間發(fā)現(xiàn),我一做熱圖就用pheatmap幾乎不存在第二個(gè)選項(xiàng)了努酸。是時(shí)候跑一遍pheatmap的demo了. Examples scale是一個(gè)值得注意的參數(shù)服爷,它旨在說(shuō)明你想...
實(shí)驗(yàn)重復(fù)算是不同批次嗎?
去除批次效應(yīng)我需要把多個(gè)數(shù)據(jù)集的數(shù)據(jù)合到一起怎么辦获诈?直接inner_join()或者cbind()就可以拿來(lái)用嗎层扶?當(dāng)然不行!進(jìn)行進(jìn)一步分析之前烙荷,你還得去除一下批次效應(yīng)镜会!不同數(shù)據(jù)集在不同批...
“FPKM和TPM都是樣本內(nèi)可比戳表,樣本間不可比”這個(gè)是為什么呢?
xshell轉(zhuǎn)錄組hisat-samtools-StringTie下載安裝運(yùn)用下載 創(chuàng)建hisat目錄 進(jìn)入 下載 建議:去官網(wǎng)下2.0的更好昼伴,能多線程跑 解壓 配置環(huán)境(網(wǎng)上教程) 因?yàn)槲沂莤shell交互式login shell匾旭,所以用的是prof...
@像鳥(niǎo)一樣飛過(guò)你的高山導(dǎo)入包之后的數(shù)據(jù)集好像不存在的
monocle 擬時(shí)序分析擬時(shí)序分析指的是根據(jù)不同細(xì)胞亞群基因表達(dá)量隨時(shí)間的變化情況,構(gòu)建細(xì)胞譜系發(fā)育圃郊。這個(gè)時(shí)間并不是真的時(shí)間价涝,而是一個(gè)虛擬的時(shí)序列,是指細(xì)胞與細(xì)胞之間的轉(zhuǎn)化和演替的順序和軌跡持舆。 mo...
你的代碼好像不能重現(xiàn)
monocle 擬時(shí)序分析擬時(shí)序分析指的是根據(jù)不同細(xì)胞亞群基因表達(dá)量隨時(shí)間的變化情況色瘩,構(gòu)建細(xì)胞譜系發(fā)育。這個(gè)時(shí)間并不是真的時(shí)間逸寓,而是一個(gè)虛擬的時(shí)序列居兆,是指細(xì)胞與細(xì)胞之間的轉(zhuǎn)化和演替的順序和軌跡。 mo...
分組是不是有點(diǎn)問(wèn)題
edgeRedgeR 主要是利用了多組實(shí)驗(yàn)的精確統(tǒng)計(jì)模型或者適用于多因素復(fù)雜實(shí)驗(yàn)的廣義線性模型竹伸。 前者叫做“經(jīng)典edgeR”泥栖, 后者叫做”廣義線性模型 edgeR“。 定義的read數(shù)...
對(duì)于分類之后的行順序,能否導(dǎo)出來(lái)呢吧享?
R語(yǔ)言:手把手教你畫(huà)pheatmap熱圖R語(yǔ)言:手把手教你畫(huà)pheatmap熱圖 微生態(tài) 導(dǎo)讀: pheatmap默認(rèn)會(huì)對(duì)輸入矩陣數(shù)據(jù)的行和列同時(shí)進(jìn)行聚類魏割,但是也可以通過(guò)布爾型參數(shù)cluster_rows和clus...
請(qǐng)問(wèn)下eclip呢?
CLIP的研究方法CLIP的英文全稱為cross-linking immunoprecipitation钢颂,即交聯(lián)免疫沉淀钞它。 是一種利用紫外交聯(lián)技術(shù),將RNA與蛋白之間互作的弱作用力(如范德華力...
這個(gè)不是全局的吧
一個(gè)有意思的R小函數(shù)-sweep劉小澤寫(xiě)于19.7.17哇甸陌,一轉(zhuǎn)眼好多天沒(méi)更新啦,不行不行要向隔壁花花學(xué)習(xí)盐股。如果你不知道花花是誰(shuí)钱豁,請(qǐng)關(guān)注我們的公眾號(hào)“生信星球”今天學(xué)習(xí)到了一個(gè)函數(shù)sweep 前言 對(duì)數(shù)據(jù)框...
你的代碼有個(gè)問(wèn)題,在‘ha <- HeatmapAnnotation(annot_df, col = col, show_legend = FALSE)’這個(gè)命令中疯汁,會(huì)報(bào)錯(cuò)牲尺,因?yàn)樵趆eatmapannotation函數(shù)是需要name這個(gè)信息的,請(qǐng)校驗(yàn)幌蚊。
R語(yǔ)言學(xué)習(xí)筆記之熱圖繪制TaoYan 簡(jiǎn)介 本文將繪制靜態(tài)與交互式熱圖谤碳,需要使用到以下R包和函數(shù):heatmap():用于繪制簡(jiǎn)單熱圖的函數(shù)heatmap.2():繪制增強(qiáng)熱圖的函數(shù)d3heatma...
@bio_meow 如果按照您這樣說(shuō),vsd轉(zhuǎn)換后不能后續(xù)的表達(dá)差異分析了溢豆,那么這個(gè)在使用這個(gè)包蜒简,什么時(shí)候做的normalize呢?還是不需要做呢漩仙?
DESeq2詳細(xì)用法1.構(gòu)建DESeq2對(duì)象 (1)從SummarizedExperiment對(duì)象構(gòu)建DESeqDataSet對(duì)象 se為RangedSummarizedExperiment對(duì)象...