hisat2 align begining to analysis raw data, you should be clean the fastq data. Here we...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：澳門(mén)
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RNA-seq align
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動(dòng)植物基因組組裝（華中農(nóng)已畢業(yè)的生物狗）的分析小經(jīng)驗(yàn)，不定時(shí)記錄日常搬磚踩坑記錄措译，歡迎互相交流學(xué)習(xí)~<br>學(xué)無(wú)止境别凤，溫故而知新~
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小弟讀過(guò)兩年書(shū)规哪，塵世中一個(gè)迷途小書(shū)僮<br><br>歡迎訪問(wèn): <a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fthereallda.github.io%2F" target="_blank">https://thereallda.github.io/</a>
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沒(méi)有寫(xiě)出來(lái)潛在的bugger
上傳數(shù)據(jù)到proteomexchange
上傳蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)到proteomexchange 1. 登錄網(wǎng)址http://proteomecentral.proteomexchange.org 2. 用郵箱注冊(cè)自己的...
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遺傳學(xué) 博士研究生在讀
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kmeans_k = 2 最疆？這個(gè)具體是什么意思呢杯巨？
pheatmap熱圖技巧合集
突然間發(fā)現(xiàn)，我一做熱圖就用pheatmap幾乎不存在第二個(gè)選項(xiàng)了努酸。是時(shí)候跑一遍pheatmap的demo了. Examples scale是一個(gè)值得注意的參數(shù)服爷，它旨在說(shuō)明你想...
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實(shí)驗(yàn)重復(fù)算是不同批次嗎？
去除批次效應(yīng)
我需要把多個(gè)數(shù)據(jù)集的數(shù)據(jù)合到一起怎么辦获诈？直接inner_join()或者cbind()就可以拿來(lái)用嗎层扶？當(dāng)然不行！進(jìn)行進(jìn)一步分析之前烙荷，你還得去除一下批次效應(yīng)镜会！不同數(shù)據(jù)集在不同批...
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“FPKM和TPM都是樣本內(nèi)可比戳表，樣本間不可比”這個(gè)是為什么呢？
xshell轉(zhuǎn)錄組hisat-samtools-StringTie下載安裝運(yùn)用
下載 創(chuàng)建hisat目錄 進(jìn)入 下載 建議：去官網(wǎng)下2.0的更好昼伴，能多線程跑 解壓 配置環(huán)境(網(wǎng)上教程) 因?yàn)槲沂莤shell交互式login shell匾旭，所以用的是prof...
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@像鳥(niǎo)一樣飛過(guò)你的高山導(dǎo)入包之后的數(shù)據(jù)集好像不存在的
monocle 擬時(shí)序分析
擬時(shí)序分析指的是根據(jù)不同細(xì)胞亞群基因表達(dá)量隨時(shí)間的變化情況，構(gòu)建細(xì)胞譜系發(fā)育圃郊。這個(gè)時(shí)間并不是真的時(shí)間价涝，而是一個(gè)虛擬的時(shí)序列，是指細(xì)胞與細(xì)胞之間的轉(zhuǎn)化和演替的順序和軌跡持舆。 mo...
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你的代碼好像不能重現(xiàn)
monocle 擬時(shí)序分析
擬時(shí)序分析指的是根據(jù)不同細(xì)胞亞群基因表達(dá)量隨時(shí)間的變化情況色瘩，構(gòu)建細(xì)胞譜系發(fā)育。這個(gè)時(shí)間并不是真的時(shí)間逸寓，而是一個(gè)虛擬的時(shí)序列居兆，是指細(xì)胞與細(xì)胞之間的轉(zhuǎn)化和演替的順序和軌跡。 mo...
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分組是不是有點(diǎn)問(wèn)題
edgeR
edgeR 主要是利用了多組實(shí)驗(yàn)的精確統(tǒng)計(jì)模型或者適用于多因素復(fù)雜實(shí)驗(yàn)的廣義線性模型竹伸。 前者叫做“經(jīng)典edgeR”泥栖， 后者叫做”廣義線性模型 edgeR“。 定義的read數(shù)...
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對(duì)于分類之后的行順序，能否導(dǎo)出來(lái)呢吧享？
R語(yǔ)言：手把手教你畫(huà)pheatmap熱圖
R語(yǔ)言：手把手教你畫(huà)pheatmap熱圖 微生態(tài) 導(dǎo)讀： pheatmap默認(rèn)會(huì)對(duì)輸入矩陣數(shù)據(jù)的行和列同時(shí)進(jìn)行聚類魏割，但是也可以通過(guò)布爾型參數(shù)cluster_rows和clus...
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請(qǐng)問(wèn)下eclip呢？
CLIP的研究方法
CLIP的英文全稱為cross-linking immunoprecipitation钢颂，即交聯(lián)免疫沉淀钞它。 是一種利用紫外交聯(lián)技術(shù)，將RNA與蛋白之間互作的弱作用力（如范德華力...
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這個(gè)不是全局的吧
一個(gè)有意思的R小函數(shù)-sweep
劉小澤寫(xiě)于19.7.17哇甸陌，一轉(zhuǎn)眼好多天沒(méi)更新啦，不行不行要向隔壁花花學(xué)習(xí)盐股。如果你不知道花花是誰(shuí)钱豁，請(qǐng)關(guān)注我們的公眾號(hào)“生信星球”今天學(xué)習(xí)到了一個(gè)函數(shù)sweep 前言 對(duì)數(shù)據(jù)框...
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你的代碼有個(gè)問(wèn)題，在‘ha <- HeatmapAnnotation(annot_df, col = col, show_legend = FALSE)’這個(gè)命令中疯汁，會(huì)報(bào)錯(cuò)牲尺，因?yàn)樵趆eatmapannotation函數(shù)是需要name這個(gè)信息的，請(qǐng)校驗(yàn)幌蚊。
R語(yǔ)言學(xué)習(xí)筆記之熱圖繪制
TaoYan 簡(jiǎn)介 本文將繪制靜態(tài)與交互式熱圖谤碳，需要使用到以下R包和函數(shù)：heatmap():用于繪制簡(jiǎn)單熱圖的函數(shù)heatmap.2():繪制增強(qiáng)熱圖的函數(shù)d3heatma...
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@bio_meow 如果按照您這樣說(shuō)，vsd轉(zhuǎn)換后不能后續(xù)的表達(dá)差異分析了溢豆，那么這個(gè)在使用這個(gè)包蜒简，什么時(shí)候做的normalize呢？還是不需要做呢漩仙？
DESeq2詳細(xì)用法
1.構(gòu)建DESeq2對(duì)象 （1）從SummarizedExperiment對(duì)象構(gòu)建DESeqDataSet對(duì)象 se為RangedSummarizedExperiment對(duì)象...
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