R & Data Science & Bioinformatics<br>Website:<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Ftaoyan.netlify.app" target="_blank">https://taoyan.netlify.app</a><br>email:tyan@zju.edu.cn
發(fā)簡信
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分享生信知識。全網同名，有問題搜索工種昊留言??
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R語言學習筆記之相關性矩陣分析及其可視化TaoYan 計算相關矩陣 R內置函數cor()可以用來計算相關系數：cor(x, method = c("pearson", "kendall", "spearman"))...
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相關性分析 | R語言 -- 相關性矩陣及可視化感謝各位簡友一直的關注。 請關注：感謝陪伴[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg4MjY2NTA2Nw==&mid=2247483891&...
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基于R篩選過濾低豐度物種的幾種方式首先導入輸入文件物種某水平的分類表 百分比轉化 方式一 方式二 在微生物組數據分析中，樣品分析之前我們經常需要對微生物組的豐度進行篩選, 過濾在任何樣本中百分比小于1%的物種...
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PCA主成分分析實戰(zhàn)和可視化 | 附R代碼和測試數據一文看懂PCA主成分分析中介紹了PCA分析的原理和分析的意義(基本簡介如下，更多見博客)臭杰，今天就用數據來實際操練一下粤咪。 在生信寶典公眾號后臺回復“PCA實戰(zhàn)”，獲取測試數據渴杆。...
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一文掌握R包DESeq2的差異基因分析過程轉錄組測序的最直接目的某筐，就是設法尋找組間顯著表達變化的基因，解釋基因表達水平的變化對生物功能的影響冠跷。例如南誊，腫瘤患者與正常人群相比哪些編碼蛋白或非編碼RNA分子發(fā)生了失調，這些...
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生信小白，在這里記錄一些筆記
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你真的搞懂測序技術了嗎——測序橄务、第一代測序本文首發(fā)于“生信大碗”公眾號幔托，轉載請注明出處 開始做科研之后的你想必經常聽到“測序”這個詞，以至于讓你產生一種“這玩意兒蜂挪，我懂”的感覺重挑，但真讓你去說測序是什么、怎么做的時候锅劝，...
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歡迎關注生信大碗~
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教你畫一個掰彎的熱圖（Heatmap）故爵，展示更多的基因表達量難道玻粪，這不像孔雀開屏嗎？ 寫在前面 組學數據已經泛濫诬垂，但是信息的挖掘仍任重道遠劲室。順手的工具，可以節(jié)省使用者盡可能多的時間结窘，或者將看起來很復雜很洋，很難以完成的事情，變得非常簡單隧枫。...
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R語言ComplexHeatmap包做熱圖：熱圖每隔三行分開一小段這個是有讀者在B站給我的留言問到的問題 熱圖每隔三行分開一小段 怎么實現官脓？我最開始的想法是用ggplot2來做协怒，將數據拆分，每三行數據做一個圖卑笨，最后采取拼圖的方式來實現孕暇。 后...
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R語言中的full_join妖滔、inner_join隧哮、left_join和right_join連接
兩個dataframe數據之間的連接關系 經常會碰到需要把兩個數據進行合并，大的方向有按“列”和按"行"合并兩種方式座舍，這里主要講下按“列”進行合并沮翔，如下圖，假設有a簸州、b兩個數...
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轉錄組DEGs聚類熱圖和功能富集分析寫在前面：經常做轉錄組分析岸浑，就是把差異基因搞個火山圖和Venn圖看各組差異基因的共有和特有情況搏存。看見有個比較好的選擇矢洲，能直觀比較各種處理帶來的影響璧眠，如下： 來自Nature ...
