R & Data Science & Bioinformatics<br>Website:<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Ftaoyan.netlify.app" target="_blank">https://taoyan.netlify.app</a><br>email:tyan@zju.edu.cn
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R語言學(xué)習(xí)筆記之相關(guān)性矩陣分析及其可視化TaoYan 計(jì)算相關(guān)矩陣 R內(nèi)置函數(shù)cor()可以用來計(jì)算相關(guān)系數(shù)：cor(x, method = c("pearson", "kendall", "spearman"))...
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相關(guān)性分析 | R語言 -- 相關(guān)性矩陣及可視化感謝各位簡友一直的關(guān)注。 請(qǐng)關(guān)注：感謝陪伴[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg4MjY2NTA2Nw==&mid=2247483891&...
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基于R篩選過濾低豐度物種的幾種方式首先導(dǎo)入輸入文件物種某水平的分類表 百分比轉(zhuǎn)化 方式一 方式二 在微生物組數(shù)據(jù)分析中枚荣，樣品分析之前我們經(jīng)常需要對(duì)微生物組的豐度進(jìn)行篩選, 過濾在任何樣本中百分比小于1%的物種...
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PCA主成分分析實(shí)戰(zhàn)和可視化 | 附R代碼和測試數(shù)據(jù)一文看懂PCA主成分分析中介紹了PCA分析的原理和分析的意義(基本簡介如下橄妆，更多見博客)，今天就用數(shù)據(jù)來實(shí)際操練一下祈坠。 在生信寶典公眾號(hào)后臺(tái)回復(fù)“PCA實(shí)戰(zhàn)”害碾，獲取測試數(shù)據(jù)。...
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一文掌握R包DESeq2的差異基因分析過程轉(zhuǎn)錄組測序的最直接目的阁猜，就是設(shè)法尋找組間顯著表達(dá)變化的基因，解釋基因表達(dá)水平的變化對(duì)生物功能的影響蹋艺。例如剃袍，腫瘤患者與正常人群相比哪些編碼蛋白或非編碼RNA分子發(fā)生了失調(diào)，這些...
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生信小白，在這里記錄一些筆記
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你真的搞懂測序技術(shù)了嗎——測序涛救、第一代測序本文首發(fā)于“生信大碗”公眾號(hào)畏邢，轉(zhuǎn)載請(qǐng)注明出處 開始做科研之后的你想必經(jīng)常聽到“測序”這個(gè)詞，以至于讓你產(chǎn)生一種“這玩意兒检吆，我懂”的感覺舒萎，但真讓你去說測序是什么、怎么做的時(shí)候蹭沛，...
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歡迎關(guān)注生信大碗~
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教你畫一個(gè)掰彎的熱圖（Heatmap），展示更多的基因表達(dá)量難道交煞，這不像孔雀開屏嗎？ 寫在前面 組學(xué)數(shù)據(jù)已經(jīng)泛濫斟或，但是信息的挖掘仍任重道遠(yuǎn)素征。順手的工具，可以節(jié)省使用者盡可能多的時(shí)間萝挤，或者將看起來很復(fù)雜御毅，很難以完成的事情，變得非常簡單怜珍。...
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R語言ComplexHeatmap包做熱圖：熱圖每隔三行分開一小段這個(gè)是有讀者在B站給我的留言問到的問題 熱圖每隔三行分開一小段 怎么實(shí)現(xiàn)酥泛？我最開始的想法是用ggplot2來做今豆，將數(shù)據(jù)拆分，每三行數(shù)據(jù)做一個(gè)圖柔袁，最后采取拼圖的方式來實(shí)現(xiàn)呆躲。 后...
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R語言中的full_join插掂、inner_join、left_join和right_join連接
兩個(gè)dataframe數(shù)據(jù)之間的連接關(guān)系 經(jīng)常會(huì)碰到需要把兩個(gè)數(shù)據(jù)進(jìn)行合并腥例，大的方向有按“列”和按"行"合并兩種方式辅甥，這里主要講下按“列”進(jìn)行合并，如下圖燎竖，假設(shè)有a璃弄、b兩個(gè)數(shù)...
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轉(zhuǎn)錄組DEGs聚類熱圖和功能富集分析寫在前面：經(jīng)常做轉(zhuǎn)錄組分析谢揪，就是把差異基因搞個(gè)火山圖和Venn圖看各組差異基因的共有和特有情況【杵荆看見有個(gè)比較好的選擇拨扶，能直觀比較各種處理帶來的影響，如下： 來自Nature ...
