筆記內(nèi)容：由二代測(cè)序產(chǎn)生的序列數(shù)據(jù)（fastq格式）到物種豐度的OTU table蘸拔， 樣本群落距離矩陣络它，物種多樣性指數(shù)笛园，序列的進(jìn)化樹及物種注釋信息的分析結(jié)果，為常規(guī)分析流程绊含。...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：云南
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微生物組16S rRNA數(shù)據(jù)分析小結(jié)：從fastq測(cè)序數(shù)據(jù)到OTU table -
我不是很懂這個(gè)，應(yīng)該圖層的分辨率應(yīng)該是數(shù)據(jù)下載導(dǎo)入的時(shí)候定的，我這里下載的30s的渗鬼，還可以下載2.5m,5m,10m分辨率的數(shù)據(jù)。
根據(jù)經(jīng)緯度獲取氣候因子 | Worldclim + ArcMap
工具準(zhǔn)備 ArcGIS Desktop下載安裝 軟件的下載和安裝自行解決荧琼，可參考文末提供的參考資料譬胎。 Worldclim數(shù)據(jù)下載 可以從Worldclim官方網(wǎng)站上查找到歷史...
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Aspera——碾壓prefetch命令的存在, 利用SRR號(hào)批量高效下載FASTQ或SRA數(shù)據(jù)本節(jié)簡(jiǎn)單介紹Aspera安裝和使用，并給出利用SRR號(hào)批量下載FASTQ或SRA數(shù)據(jù)的方法命锄，通過比較發(fā)現(xiàn)aspera的下載速度與prefetch相比有了質(zhì)的飛躍 前言：我們下...
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基因組組裝----SOAPdenovo21.基因組組裝的流程 基因組組裝的大概流程如下： (1) 測(cè)序得到raw reads序列银择。 (2) Reads質(zhì)量評(píng)估。 (3) 原始reads質(zhì)控累舷。 (4) 選擇合適的參數(shù)...
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測(cè)序中加入Phix的作用
轉(zhuǎn)自http://www.zxzyl.com/archives/789 測(cè)序中加入Phix的作用 測(cè)序建庫(kù)的時(shí)候浩考，會(huì)加入一定比例的Phix，那么Phix文庫(kù)有什么作用呢被盈，我轉(zhuǎn)...
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16S擴(kuò)增子之Vsearch使用
1.概覽 2.PE reads拼接（fastq_mergepairs） 3.質(zhì)量控制（fastx_filter） 去冗余與聚類生成OTUs或降噪生成ASVs（derep_fu...
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宏基因組分析流程分析內(nèi)容如下圖所示： 具體分析步驟如下： 數(shù)據(jù)質(zhì)控析孽，使用 kneaddata 軟件， 該軟件先調(diào)用 Trimmomatic 過濾數(shù)據(jù)只怎，然后利用 bowtie2 或 bmtag...
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為什么 BAM 文件 sort 之后體積會(huì)變小
測(cè)序數(shù)據(jù)比對(duì)結(jié)果 BAM 文件用 samtools 進(jìn)行 sort 之后發(fā)現(xiàn)體積變小了...當(dāng)時(shí)懷疑是不是 sort 過程中有一部分 reads 被丟棄了袜瞬？于是統(tǒng)計(jì)了一下原始...
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全基因組關(guān)聯(lián)分析
全基因組關(guān)聯(lián)分析 1.1 SNP 數(shù)據(jù)GWAS分析1.1.1 文件準(zhǔn)備1.1.2 GWAS分析 emmax：gwas分析軟件tassel: gwas分析admixture:...
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Metabolic interaction models recapitulate leaf microbiota ecology
微生物形成和植物健康和0生態(tài)系統(tǒng)功能密切相關(guān)。在環(huán)境背景下決定物種豐度機(jī)制不清楚身堡，由于在植物葉際資源可用有限性邓尤，了解微生物分布和代謝能力可以為猜測(cè)物種間相互作用的奉獻(xiàn)程度、植...
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宏基因組數(shù)據(jù)分析流程代碼熊金波實(shí)驗(yàn)室出品 整理歸納：Larry 本次學(xué)習(xí)使用的服務(wù)器IP地址和其用戶名賬戶密碼如下： 地址：gs0.genek.tv 用戶名：u3276 密碼：genek.tv（建議...
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細(xì)菌基因組的組裝一贴谎、獲取SRA號(hào) 登錄Genome Announcements網(wǎng)站（https://mra.asm.org/）汞扎，搜索關(guān)鍵詞“bacteria genome SRA”，在搜索到...
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細(xì)菌基因組的組裝1.上Genome Announcements網(wǎng)站找一篇細(xì)菌基因組文章擅这，找到文章記載的SRA號(hào) 現(xiàn)在用SRR9209163這個(gè)SRA號(hào)做基因組的組裝 2.從SRA數(shù)據(jù)庫(kù)上用p...
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擴(kuò)增子分析：qiime2平臺(tái)全流程分析Amplicon sequencing analysis pipeline through qiime2 platform qiime2是擴(kuò)增子數(shù)據(jù)分析的最佳平臺(tái)之一澈魄，其提供...
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Gephi 官方手冊(cè)：一款關(guān)系可視化網(wǎng)絡(luò)圖工具的簡(jiǎn)明教程Gephi 和網(wǎng)絡(luò)圖 今天要分享的一款網(wǎng)絡(luò)圖工具：Gephi。 你可能沒聽過 Gephi仲翎，但說起百度的 Echarts和阿里的 Antv Data痹扇，一定不陌生铛漓。 在這兩款的數(shù)...
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看這個(gè)描述說是沒有tab_table()函數(shù)，應(yīng)該是沒加載對(duì)應(yīng)的包鲫构。
phyloseq包的使用
參考資料： https://www.yunbios.net/phyloseq.html https://joey711.github.io/phyloseq/import-d...
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R包ggseqlogo |繪制序列分析圖
簡(jiǎn)介 在生物信息分析中浓恶，經(jīng)常會(huì)做序列分析圖（sequence logo），這里的序列指的是核苷酸(DNA/RNA鏈中)或氨基酸(在蛋白質(zhì)序列中)结笨。sequence logo圖...
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不做無條件咨詢禀梳，見諒
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還在用QIIME1杜窄，你就OUT了，快來試試QIIME2吧算途！QIIME2是微生物分析流程QIIME1的全新版塞耕。QIIME2在解決了QIIME1存在的局限性（比如序列降噪，結(jié)果可視化等）的同時(shí)嘴瓤，也繼承了QIIME1強(qiáng)大且應(yīng)用廣泛的特點(diǎn)扫外，...
