2.9.1.5版本 貌似不需要修改基因樹名字為gene_species格式了 也不需要修改物種名A_b為A-b磅甩，直接運行就可以誊役？爽茴？？for i in ../Gene_Tree...
IP屬地：北京
-
2024-11-07 Notung踩坑記錄
-
2024-07-26 關(guān)于基因組重復(fù)序列的分析
大致上可以分為兩步：第一步是從情況不明（新）基因組中注釋贮尖。第二步是優(yōu)化和后續(xù)分析 一争占、注釋重復(fù)序列在不同物種中含量不同晰奖，但是有TElib肿仑，比如 GyDB Intro - Gy...
-
@云巔之上 那種很龐大的樹我也沒做過致盟，不過我覺得還是一支一只做最后拼起來比較靠譜，如果進化距離太遠(yuǎn)了也不會有足夠的單拷貝基因做樹
2023-05-21運用多種軟件使用單拷貝同源基因構(gòu)建進化樹
參考：利用orthofinder尋找單拷貝基因構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹 - 簡書 (jianshu.com)[http://www.reibang.com/p/52c2b99615f...
-
2024-03-01 全基因組circos圖到底怎么畫---使用R包circlize柏副。
circos可以說是基因組文章必備的主圖了。現(xiàn)在也有好多教程蚣录，先分別探討下個人喜好點割择。 circos的軟件∥樱看官網(wǎng)的圖荔泳，是不是非常酷炫虐杯。但是真正用好玛歌，研究明白會很痛苦。因為他...
-
2024-02-01半年沒寫文章了...寫個總結(jié)理清思路
最近在寫文擎椰，其實寫結(jié)論反倒是最簡單的（這里的簡單不是說傳統(tǒng)意義上的簡單支子，只是不麻煩，動腦子查查其他論文达舒，實在不行扔給我導(dǎo)就行（并不））值朋，我最討厭的是把數(shù)據(jù)描述出來的最基礎(chǔ)那塊...
-
怎么給共線性圖按照不同染色體改線條的顏色呢
插件 | 超快！全基因組共線性分析
寫在前面 伴隨著越來越多的全基因組序列公布巩搏，比較基因組分析已然常規(guī)生信數(shù)據(jù)分析技能昨登。MCScan 是最為常用的軟件之一。久前贯底，TBtools 已經(jīng)將該軟件打包丰辣，同時開放了一鍵...
-
2023-07-06依據(jù)WGDI的使用，自己動手寫一個小腳本（注：沒寫完 不好用）
參考來源如何用WGDI進行共線性分析(上) - 簡書 (jianshu.com)[http://www.reibang.com/p/a50548e81ac0]分析基因組共線...
-
全基因組復(fù)制 WGD |（二）Ka/Ks及4Dtv值計算轉(zhuǎn)自：http://www.reibang.com/p/9d28de3d18e6[http://www.reibang.com/p/9d28de3d18e6] 一、4Dt...
-
2023-06-02在集群運行腳本時會遇到的一些報錯
在集群運行腳本（python笙什，perl飘哨，sh）時會遇到一些錯誤〉孟妫總結(jié)一下杖玲，以防手忙腳亂。(更新中）很基礎(chǔ)的淘正，自己打字玩摆马。 1. 明明已經(jīng)安裝了python的模塊，運行的時候就...
-
2023-05-23 augustus訓(xùn)練正在更新鸿吆。英文是真的看不習(xí)慣囤采。參考：使用MAKER進行基因注釋(高級篇之AUGUSTUS模型訓(xùn)練） - 簡書 (jianshu.com)[https://www.jiansh...
-
2023-05-23 wgd軟件的安裝。分析
參考使用wgd進行全基因組復(fù)制分析 - 知乎 (zhihu.com)[https://zhuanlan.zhihu.com/p/123875815]大神寫過的我不贅述了惩淳。記錄...
-
2023-05-22比較基因組分析大致流程
1. 下機數(shù)據(jù)的質(zhì)檢蕉毯，組裝∷祭纾基因組survey可以預(yù)測基因組大小代虾。 （三代測序長，但不準(zhǔn)激蹲，可以用二代協(xié)助組裝棉磨。還可以測HiC進行染色體級別的組裝。不同的測序手段選擇不同的組裝...
-
2023-05-10組裝基因組（數(shù)據(jù)來源：ONT測序和二代WGS）
初步大綱我三代數(shù)據(jù)量不多学辱，只有30x乘瓤，師姐說用二代補。她說先組裝scaffold策泣，然后polish衙傀，然后scaffolding，然后gapcloser萨咕。說實話 不是很懂為什么...
-
2023-05-21運用多種軟件使用單拷貝同源基因構(gòu)建進化樹參考：利用orthofinder尋找單拷貝基因構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹 - 簡書 (jianshu.com)[http://www.reibang.com/p/52c2b99615f...
-
Chatgpt幫我寫腳本之-將基因組拆分并按染色體運行maker流程
我知道我這些代碼可能有人寫了统抬。但是有的大神不開源，要么就是太久沒維護危队。多數(shù)情況花時間去找到一個代碼蓄喇，到自己系統(tǒng)上各種報錯。解決報錯比新寫一個代碼困難多了...現(xiàn)在有Chatg...
-
Chatgpt幫我寫腳本之-獲取多個物種的fasta文件
Chatgpt比我強太多了交掏。個人覺得只要你說的需求足夠詳細(xì)妆偏，他很快就能完成一個初學(xué)者抓耳撓腮寫一下午的代碼。我想要用葉綠體的fasta數(shù)據(jù)練習(xí)構(gòu)建進化樹盅弛。需要很多近緣物種的f...
-
如何快速將參考基因組拆分為各條染色體序列钱骂？
需求 客戶反映叔锐，完整的基因組太大打不開，要我將之按各條染色體和scaffold拆分见秽。如何快速實現(xiàn)愉烙？ 方法一 借助工具： 方法二 自己寫腳本：split.pl 運行：perl ...
-
我的生信自學(xué)心得分享
這是我2022-02-16在CGM分享的文字稿 從2016年，我開始自學(xué)生物信息解取，那個時候步责，為了加深自己學(xué)習(xí)，所以就不間斷的在網(wǎng)上分享我的學(xué)習(xí)筆記禀苦。 我有一個自己的博客蔓肯，xu...