0.介紹一下find_anno 我搞了一個函數(shù)连躏，名叫find_anno寸齐，可以根據(jù)GPL平臺編號給出探針注釋的代碼 第一種情況是有兩個代碼可以用 例如 給出的紅色字里面就有代碼...
IP屬地：海南
-
探針注釋之其他基因id轉(zhuǎn)換 -
通過GSVA與相關(guān)性分析尋找目的基因的相關(guān)通路
最近幫師弟做一個GSVA分析，發(fā)現(xiàn)已經(jīng)忘的差不多了靠益，順便整理一下吧。 基因集變異分析（Gene Set Variation Analysis, GSVA）可以將一個基因表達矩...
-
WGCNA（3）：基因模塊與性狀關(guān)聯(lián)識別重要基因前面的文章中完成了數(shù)據(jù)導(dǎo)入和網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建蚁孔，下面是將基因模塊與性狀進行關(guān)聯(lián)荒叶，從而識別與表型相關(guān)的重要基因。WGCNA（1）：R包安裝及數(shù)據(jù)導(dǎo)入清洗 - 簡書 (jianshu.co...
-
單細(xì)胞之富集分析-2：批量GSEA和GSVA分析單細(xì)胞富集分析系列： 單細(xì)胞之富集分析-1：單細(xì)胞GSEA分析流程[http://www.reibang.com/p/00f069cb239c] 1. 背景 Gene Se...
-
10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）數(shù)據(jù)分析之細(xì)胞過濾那些事hello愚墓，大家好予权，今天已經(jīng)是五一假期的第二天，本人呢浪册，哪也去不了扫腺，只好在家歇著，所以呢村象，給自己找點事做笆环，本人93年攒至，單身，現(xiàn)居天津武清躁劣，女孩子有沒有想談戀愛了迫吐，可以聯(lián)系我，...
-
單細(xì)胞數(shù)據(jù)中到底應(yīng)該如何處理線粒體基因
什么是線粒體基因 線粒體是參與細(xì)胞凋亡啟動和執(zhí)行的主要細(xì)胞器之一账忘。線粒體基因在大多數(shù)細(xì)胞中表達志膀，其表達水平是細(xì)胞類型特異性的。也就是說這個也是和細(xì)胞類型及其狀態(tài)有關(guān)系的鳖擒。 為...
-
非生信人員做單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析的入門秘籍寫在前面 自2009年第一篇單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組文章發(fā)表以來溉浙，經(jīng)過十多年的發(fā)展，各研究機構(gòu)和生物公司相繼推出單細(xì)胞RNA測序(scRNA-seq)服務(wù)蒋荚，這使得單細(xì)胞測序已經(jīng)從“王謝堂...
-
單細(xì)胞WGCNA分析(1)我在前面也分享過幾篇關(guān)于WGCNA的帖子戳稽，其實WGCNA本身就是對基因進行了加權(quán)共表達，合理分組的結(jié)果圆裕。 如果對于一個表達量矩陣广鳍，本身就至于2個分組，WT和處理吓妆，那么簡單的差...
-
單細(xì)胞測序——髓系細(xì)胞注釋marker主要根據(jù)文獻中的描述與方法 髓系細(xì)胞分類 巨噬細(xì)胞赊时，單核細(xì)胞，DC細(xì)胞 文獻一：Single-cell landscape of the ecosystem in early...
