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單細(xì)胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實(shí)操軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.reibang.com/p/ee0f7a8e6a06] 擬時間序列分析（Pseudot...
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老師你好，請問不同物種間可以用此方法嗎
R Package Scissor 學(xué)習(xí)筆記
簡介Scissor R包提出的Scissor算法(function Scissor)幽邓，這是一種新穎的單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析方法距糖。利用批量（bulk）表型從單細(xì)胞測序(scRNA-se...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)處理小細(xì)節(jié)匯總1. Seurat對象查看當(dāng)前的Assay 在進(jìn)行了SCTransform操作后械姻，矩陣默認(rèn)會變成SCT矩陣，如果不加設(shè)置机断，后續(xù)的PCA等操作都是基于SCT矩陣楷拳。修改Defau...
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你好，請問findmarkers函數(shù)進(jìn)行差異分析是默認(rèn)的logFC是選取的0.25吏奸，但是篩不出差異基因欢揖，這個閾值可以調(diào)成0.1嗎
單細(xì)胞數(shù)據(jù)處理小細(xì)節(jié)匯總
1. Seurat對象查看當(dāng)前的Assay 在進(jìn)行了SCTransform操作后，矩陣默認(rèn)會變成SCT矩陣苦丁，如果不加設(shè)置浸颓，后續(xù)的PCA等操作都是基于SCT矩陣。修改Defau...
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seurat-FindAllMarkers()源碼解析現(xiàn)在回想單細(xì)胞項(xiàng)目的一些常規(guī)分析棵磷，clusters/groups間的差異表達(dá)分析（differential expression analysis）幾乎是分析必備項(xiàng)，F(xiàn)ind...
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您好晋涣，后續(xù)分析用“RNA”中的基因的話那不是基于總的基因數(shù)進(jìn)行的后續(xù)分析會沒有問題嗎仪媒？，比如我的數(shù)據(jù)總共有25000多個基因谢鹊，“RNA”隊(duì)列中是23000多算吩，2000個高變基因用于整合，后續(xù)分析如果DefaultAssay(object = seurat_obj) <- "RNA"佃扼，那么就排除了2000個高變基因進(jìn)行分析偎巢，這對分析影響大不大呢？
單細(xì)胞分析踩坑實(shí)錄：DotPlot()之'RNA' assay還是 'integrated' assay?
前段時間在生信技能樹單細(xì)胞學(xué)習(xí)小分隊(duì)分享單細(xì)胞文章復(fù)現(xiàn)兼耀，一不小心就踩了一個坑……記錄在這兒和大家一起分享压昼。 背景 主要是想復(fù)現(xiàn)2020年發(fā)表在 PNAS 上的一篇題為 Sin...
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@Hayley筆記 那請問老師 CCA整合方式同理的嗎
單細(xì)胞數(shù)據(jù)整合-1：Harmony原理介紹和官網(wǎng)教程
目錄：1. 原理介紹2. 操作演示3. 關(guān)于Harmony操作是否會對差異分析產(chǎn)生影響 1. 原理介紹 官網(wǎng)：https://github.com/immunogenomic...
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老師您好，我在運(yùn)行代碼RunHarmony(Zebrafish_2, group.by.vars = "orig.ident",max.iter.harmony = 1,theta = 2,lambda = 1是出現(xiàn)報(bào)錯瘤运，max.iter.harmony是更改過的 默認(rèn)為10時也是一樣的報(bào)錯
Harmony 1/1
0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100%
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Error in UseMethod(generic = "Key", object = object) :
no applicable method for 'Key' applied to an object of class "character"
Timing stopped at: 69.58 4.28 73.84單細(xì)胞數(shù)據(jù)整合-1：Harmony原理介紹和官網(wǎng)教程
目錄：1. 原理介紹2. 操作演示3. 關(guān)于Harmony操作是否會對差異分析產(chǎn)生影響 1. 原理介紹 官網(wǎng)：https://github.com/immunogenomic...
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這個世界流行離開拯坟，但我們卻不擅長告別
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你好但金，請問單細(xì)胞聯(lián)合空轉(zhuǎn)的分析是必須基于同樣的樣本來做嗎，可以用不同的樣本嗎
10X空間轉(zhuǎn)錄組和10X單細(xì)胞數(shù)據(jù)聯(lián)合分析方法匯總
大家好郁季，新的一年開始了冷溃，我們又要投入到緊張的工作中去了，作為一名10X空間和10X單細(xì)胞分析的生信人員梦裂，也要開始新一年的工作了秃诵，但是，正可謂磨刀不誤砍柴功塞琼，總結(jié)也是一種進(jìn)步菠净，...
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單細(xì)胞測序分析之Monocle2包學(xué)習(xí)筆記前一陣子練習(xí)了幾個單細(xì)胞測序分析，然而對于所用的R包并沒有深入的學(xué)習(xí)彪杉。作為強(qiáng)迫癥晚期患者毅往，想知其然，還想知其所以然派近，所以打算仔細(xì)的學(xué)習(xí)這些R包的使用攀唯。這篇文章將深入的學(xué)習(xí)Mo...
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實(shí)驗(yàn)記錄10: 用Monocle進(jìn)行偽時間分析概要 本文主要討論Seurat對象導(dǎo)入到Monocle中直接進(jìn)行分析的可行性，分兩種情況：①經(jīng)過數(shù)據(jù)清洗渴丸、標(biāo)準(zhǔn)化和聚類的Seurat對象導(dǎo)入②未經(jīng)過任何處理的Seurat對象...
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@Hayley筆記 復(fù)制不了哦
單細(xì)胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實(shí)操
軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.reibang.com/p/ee0f7a8e6a06] 擬時間序列分析（Pseudot...
