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單細(xì)胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實(shí)操軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.reibang.com/p/ee0f7a8e6a06] 擬時(shí)間序列分析（Pseudot...
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老師你好荆责，請(qǐng)問不同物種間可以用此方法嗎
R Package Scissor 學(xué)習(xí)筆記
簡(jiǎn)介Scissor R包提出的Scissor算法(function Scissor)长酗，這是一種新穎的單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析方法机隙。利用批量（bulk）表型從單細(xì)胞測(cè)序(scRNA-se...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)處理小細(xì)節(jié)匯總1. Seurat對(duì)象查看當(dāng)前的Assay 在進(jìn)行了SCTransform操作后，矩陣默認(rèn)會(huì)變成SCT矩陣鼓黔，如果不加設(shè)置央勒，后續(xù)的PCA等操作都是基于SCT矩陣。修改Defau...
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你好澳化，請(qǐng)問findmarkers函數(shù)進(jìn)行差異分析是默認(rèn)的logFC是選取的0.25崔步，但是篩不出差異基因，這個(gè)閾值可以調(diào)成0.1嗎
單細(xì)胞數(shù)據(jù)處理小細(xì)節(jié)匯總
1. Seurat對(duì)象查看當(dāng)前的Assay 在進(jìn)行了SCTransform操作后缎谷，矩陣默認(rèn)會(huì)變成SCT矩陣井濒，如果不加設(shè)置，后續(xù)的PCA等操作都是基于SCT矩陣列林。修改Defau...
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seurat-FindAllMarkers()源碼解析現(xiàn)在回想單細(xì)胞項(xiàng)目的一些常規(guī)分析希痴，clusters/groups間的差異表達(dá)分析（differential expression analysis）幾乎是分析必備項(xiàng)者甲，F(xiàn)ind...
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您好，后續(xù)分析用“RNA”中的基因的話那不是基于總的基因數(shù)進(jìn)行的后續(xù)分析會(huì)沒有問題嗎润梯？过牙，比如我的數(shù)據(jù)總共有25000多個(gè)基因，“RNA”隊(duì)列中是23000多纺铭，2000個(gè)高變基因用于整合寇钉，后續(xù)分析如果DefaultAssay(object = seurat_obj) <- "RNA"，那么就排除了2000個(gè)高變基因進(jìn)行分析舶赔，這對(duì)分析影響大不大呢扫倡？
單細(xì)胞分析踩坑實(shí)錄：DotPlot()之'RNA' assay還是 'integrated' assay?
前段時(shí)間在生信技能樹單細(xì)胞學(xué)習(xí)小分隊(duì)分享單細(xì)胞文章復(fù)現(xiàn)，一不小心就踩了一個(gè)坑……記錄在這兒和大家一起分享。 背景 主要是想復(fù)現(xiàn)2020年發(fā)表在 PNAS 上的一篇題為 Sin...
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@Hayley筆記 那請(qǐng)問老師 CCA整合方式同理的嗎
單細(xì)胞數(shù)據(jù)整合-1：Harmony原理介紹和官網(wǎng)教程
目錄：1. 原理介紹2. 操作演示3. 關(guān)于Harmony操作是否會(huì)對(duì)差異分析產(chǎn)生影響 1. 原理介紹 官網(wǎng)：https://github.com/immunogenomic...
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老師您好撵溃，我在運(yùn)行代碼RunHarmony(Zebrafish_2, group.by.vars = "orig.ident",max.iter.harmony = 1,theta = 2,lambda = 1是出現(xiàn)報(bào)錯(cuò)疚鲤，max.iter.harmony是更改過的 默認(rèn)為10時(shí)也是一樣的報(bào)錯(cuò)
Harmony 1/1
0% 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100%
[----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|
**************************************************|
Error in UseMethod(generic = "Key", object = object) :
no applicable method for 'Key' applied to an object of class "character"
Timing stopped at: 69.58 4.28 73.84單細(xì)胞數(shù)據(jù)整合-1：Harmony原理介紹和官網(wǎng)教程
目錄：1. 原理介紹2. 操作演示3. 關(guān)于Harmony操作是否會(huì)對(duì)差異分析產(chǎn)生影響 1. 原理介紹 官網(wǎng)：https://github.com/immunogenomic...
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這個(gè)世界流行離開集歇，但我們卻不擅長(zhǎng)告別
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你好，請(qǐng)問單細(xì)胞聯(lián)合空轉(zhuǎn)的分析是必須基于同樣的樣本來做嗎语淘，可以用不同的樣本嗎
10X空間轉(zhuǎn)錄組和10X單細(xì)胞數(shù)據(jù)聯(lián)合分析方法匯總
大家好诲宇，新的一年開始了，我們又要投入到緊張的工作中去了惶翻，作為一名10X空間和10X單細(xì)胞分析的生信人員姑蓝，也要開始新一年的工作了，但是吕粗，正可謂磨刀不誤砍柴功纺荧，總結(jié)也是一種進(jìn)步，...
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單細(xì)胞測(cè)序分析之Monocle2包學(xué)習(xí)筆記前一陣子練習(xí)了幾個(gè)單細(xì)胞測(cè)序分析颅筋，然而對(duì)于所用的R包并沒有深入的學(xué)習(xí)宙暇。作為強(qiáng)迫癥晚期患者，想知其然议泵，還想知其所以然客给，所以打算仔細(xì)的學(xué)習(xí)這些R包的使用。這篇文章將深入的學(xué)習(xí)Mo...
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實(shí)驗(yàn)記錄10: 用Monocle進(jìn)行偽時(shí)間分析概要 本文主要討論Seurat對(duì)象導(dǎo)入到Monocle中直接進(jìn)行分析的可行性肢簿，分兩種情況：①經(jīng)過數(shù)據(jù)清洗靶剑、標(biāo)準(zhǔn)化和聚類的Seurat對(duì)象導(dǎo)入②未經(jīng)過任何處理的Seurat對(duì)象...
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@Hayley筆記 復(fù)制不了哦
單細(xì)胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實(shí)操
軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.reibang.com/p/ee0f7a8e6a06] 擬時(shí)間序列分析（Pseudot...
