作者浑测，Evil Genius 新的一周，主要這周開始世界杯開賽了歪玲，看比賽的時(shí)間多了一點(diǎn)迁央，個(gè)人喜歡德國(guó)隊(duì)，不知道大家對(duì)世界杯有沒有興趣滥崩。 今天的文章我們來分享一點(diǎn)新的內(nèi)容岖圈。文章...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：廣西
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單細(xì)胞空間宏基因組揭秘微生物群對(duì)癌癥空間和細(xì)胞異質(zhì)性的作用 -
單細(xì)胞空間數(shù)據(jù)分析人類胚胎肺細(xì)胞異質(zhì)性的發(fā)育起源作者，Evil Genius 好了钙皮，開始這篇的內(nèi)容蜂科。 文章信息A topographic atlas defines developmental origins of cel...
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單細(xì)胞空間宏基因組揭秘微生物群對(duì)癌癥空間和細(xì)胞異質(zhì)性的作用2作者，Evil Genius 陽了個(gè)陽短条，出門在外导匣，注意保護(hù)自己。 本篇參考文章Effect of the intratumoral microbiota on spatial...
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在原有的UMAP上標(biāo)注RNA velocity
1.讀入RNA velocity的loom文件,并提取spliced文件和unspliced文件 2.提取原有的用seurat做的UMAP的圖茸时。 3.將RNA velocit...
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【單細(xì)胞高級(jí)繪圖】07.KEGG富集結(jié)果展示這一節(jié)畫的圖是比較新的贡定，圖中我用紅色箭頭標(biāo)出的是pathway 注釋信息(big annotation，自己想的可都，非專有名詞)缓待，縱軸花花綠綠的標(biāo)注是pathway的 注釋(s...
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利用 Dirichlet-multinomial regression 計(jì)算不同條件下亞群豐度變化方法來源于上面這篇文章蚓耽，不得不說，這篇文章運(yùn)用了非常多復(fù)雜的方法去闡述關(guān)注的科學(xué)問題旋炒，真不愧是出自Broad institute實(shí)驗(yàn)室的步悠。我這里暫時(shí)只講下文章中一種比較新穎的...
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蜂群圖，讓組間基因表達(dá)值的比較更優(yōu)雅（R教程）
在文獻(xiàn)中瘫镇，我們經(jīng)常能夠看到這樣的散點(diǎn)圖鼎兽。例如，通過RNA-seq或qPCR比較特定基因在不同分組樣本中的整體表達(dá)水平汇四。 與其稱它們?yōu)樯Ⅻc(diǎn)圖，其實(shí)它們是有獨(dú)自名字的—蜂群圖踢涌。當(dāng)...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）數(shù)據(jù)分析之時(shí)間動(dòng)力學(xué)（sctour）今天呢通孽，分享一個(gè)軟件，用來分析單細(xì)胞的時(shí)間動(dòng)力學(xué)睁壁，也就是軌跡方面的內(nèi)容背苦，感覺是一個(gè)不錯(cuò)的分析點(diǎn)，分享分享潘明。 分享的文章在scTour: a deep learning arc...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組之繪圖小細(xì)節(jié)分享新的一周第一天行剂，我們不整那些難的，來點(diǎn)小的繪圖細(xì)節(jié)分析钳降，如下圖 這個(gè)圖包括兩部分厚宰，左圖的畫法很簡(jiǎn)單 這是只是需要設(shè)置一下alpha參數(shù)，就可以把沒有該細(xì)胞類型的位置給暴露出來...
