華中農(nóng)業(yè)大學<br>園藝植物生物學教育部重點實驗室
發(fā)簡信
IP屬地：北京
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一場沒有硝煙的戰(zhàn)爭 | 小議植物的免疫系統(tǒng)相信對于包括筆者在內的許多年輕人來說，從沒有像如今這樣關注自己的免疫力。以前虫给，關注免疫力也許只是父母甚至爺爺奶奶輩的老年人的專利藤抡。不過，今年一場突如其來的新冠病毒的爆發(fā)使“提...
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生命之泉 | 頂端彎鉤中生長素的極性運輸在《條條大路通Auxin | 再議頂端彎鉤的形成》一文中抹估，我?guī)Т蠹一仡櫫松L素在頂端彎鉤形成過程中是如何發(fā)揮重要作用的缠黍，并總結出了一個生長素不對稱分布介導頂端彎鉤形成的模型。...
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條條大路通Auxin | 再議頂端彎鉤的形成在《眾志成城药蜻，共克時艱瓷式！擬南芥頂端彎鉤的形成》一文中，我?guī)Т蠹一仡櫫烁鞣N植物激素和環(huán)境因素相互配合谷暮，共同調節(jié)擬南芥頂端彎鉤形成的過程蒿往。在文末，我特意提到了生長素也在頂端彎鉤形...
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眾志成城湿弦，共克時艱 | 擬南芥頂端彎鉤的形成對我們中國人來說瓤漏，2020年注定是不平凡的一年。新年伊始颊埃，一場突如其來的新型冠狀病毒的爆發(fā)打亂了所有人的生活節(jié)奏蔬充。作為博士研究生的筆者，本來打算趁著春節(jié)假期好好修整一下班利，節(jié)后...
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水稻耐淹QTL Sub1的奇幻之旅：從地方品種到現(xiàn)代栽培種水稻是一種重要的糧食作物饥漫。在世界范圍內，一半以上的人口都以水稻作為主糧罗标。亞洲是水稻主要的生產(chǎn)地和消費地庸队，約90%的水稻產(chǎn)量和消費都集中在亞洲國家【1】。在南亞和東南亞闯割，由于當...
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@新月明空LF 首先彻消，確認一下你定位的區(qū)間和是不是確實和表型是連鎖的。如果確實連鎖的話宙拉，看一下你找到的連鎖區(qū)間有多大宾尚，如果比較大的話（幾百kb），可以根據(jù)SNP設計dCaps marker谢澈，進行圖位克隆煌贴，進一步縮小區(qū)間。另外锥忿，還可以根據(jù)注釋牛郑，看一下這些SNP位于基因的位置，如果位于基因的編碼區(qū)或調控區(qū)的話敬鬓，重點考慮這樣的基因淹朋。還可以根據(jù)基因的功能注釋灶似，對候選基因可能性大小排序。
使用MutMap快速定位突變基因：實戰(zhàn)篇
通過前面兩篇文章對MutMap原理和分析流程的介紹瑞你，我們對MutMap的分析已經(jīng)有了比較深入的了解，是時候來點兒數(shù)據(jù)實戰(zhàn)一下了希痴！ MutMap的發(fā)明者已經(jīng)搭建好了一套Pepl...
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linux20道練習題1.在任意文件夾下面創(chuàng)建形如 1/2/3/4/5/6/7/8/9 格式的文件夾系列球及。 2.在創(chuàng)建好的文件夾下面氧骤，比如我是/Users/jimmy/tmp/1/2/3/4/5/...
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GATK-變異流程2
上次我們整理到bwa比對后得到bam文件，下一步我們要通過GATK流程從bam文件中call variant吃引。 一筹陵、使用GATK前須知事項： 對GATK的測試主要使用的是人類...
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自己構建物種包OrgDb，然后用clusterProfiler富集分析
利用clusterProfiler進行富集分析時镊尺，發(fā)現(xiàn)網(wǎng)上沒有物種包OrgDb朦佩，利用網(wǎng)上教程構建了一個。主要參考了劉小澤的簡書鹅心，特別感謝一下Ｂ来帧！旭愧！ emapper首先得到注釋...
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測序了颅筋，然后呢（四）有了OrgDb才能進行富集分析劉小澤寫于19.1.20-21要進行GO或者KEGG富集分析，就需要知道每個基因對應什么樣的GO/KEGG分類输枯，OrgDb就是存儲不同數(shù)據(jù)庫基因ID之間對應關系议泵，以及基因與G...
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根據(jù)自己構建的orgDb進行GO分析1. 在Rstiduo中安裝自己的orgDb包 2. 載入R包并大致查看一下R包的內容 可用keys（）命令查看一下這個包大致有哪些genes。 可用select（）命令查一...
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構建自己物種的orgDb
1.首先安裝eggnog-mapper軟件 注釋所需要的物種數(shù)據(jù)庫網(wǎng)址如下桃熄，同時也可以用里面的腳本download_eggnog_data.py下載你所需要的數(shù)據(jù)庫： egg...
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