激活環(huán)境 conda activate cj 如何看有啥軟件已經(jīng)安裝 conda list aspera下載數(shù)據(jù) 記得聯(lián)網(wǎng)（悄悄地） 查找ascp鑰匙o(hù)penssh在哪 .....
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IP屬地：山東
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cj的院服務(wù)器數(shù)據(jù)下載及平臺搭建 -
@cf7de4c43d4d 結(jié)果不是輸出為一個(gè)列表了嗎
R獲取KEGG/GO中某一通路所有基因
1围橡、通過KEGGREST包來探索KEGG數(shù)據(jù)庫的12大代謝通路 通過觀察KEGG官網(wǎng) ：https://www.genome.jp/kegg/pathway.html[htt...
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R獲取KEGG/GO中某一通路所有基因1、通過KEGGREST包來探索KEGG數(shù)據(jù)庫的12大代謝通路 通過觀察KEGG官網(wǎng) ：https://www.genome.jp/kegg/pathway.html[htt...
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根據(jù)轉(zhuǎn)錄組和KEGG代謝基因計(jì)算通路活性Ｓ堤场！器仗！計(jì)算方法是以前初師兄根本文獻(xiàn)扒的爬泥，后續(xù)把文章doi附上！０墙印伪货！KEGG基因list,利用R可以很快扒下來，我后面再更新钾怔，百度一下你就知道 準(zhǔn)備好轉(zhuǎn)錄組表達(dá)矩陣碱呼，KEGG基...
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count轉(zhuǎn)fpkm和tpm以下列數(shù)據(jù)為例子，需要count矩陣并包含基因長度宗侦、（沒有的話從gtf提取愚臀，前面我寫過教程） count矩陣讀入 count to TPM count to FPKM FPK...
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轉(zhuǎn)錄組服務(wù)器配置以大設(shè)施anlei01環(huán)境為例 1、配置miniconda軟件 2矾利、設(shè)置環(huán)境 建立一個(gè)RNA-seq分析環(huán)境姑裂，這樣是為了和其他環(huán)境區(qū)分開，以免本環(huán)境損壞造成其他環(huán)境也異常梦皮，也...
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越哥服務(wù)器上分析流程留存
把sortbam文件全部上傳到越哥服務(wù)器上給服務(wù)器上安裝了bedgraphtobw,直接用就行了傳文件使用的命令是 1炭分、合并bam 2、bam轉(zhuǎn)bw 3剑肯、callpeak
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1.CUT&Tag 數(shù)據(jù)分析實(shí)戰(zhàn)（1）跟著官網(wǎng)[https://yezhengstat.github.io/CUTTag_tutorial/]學(xué)習(xí)CUT&Tag數(shù)據(jù)分析捧毛，參考：protocol[https://w...
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conda裝好軟件后庫文件缺失問題在學(xué)校服務(wù)器上conda安裝軟件后 提示安裝成功但是bowtie2報(bào)錯(cuò)缺失庫文件 由于我是非root用戶呀忧，權(quán)限受限在兩位老師@exps和@wandering大佬的指導(dǎo)下解決了...
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越哥cuttag分析代碼留存
1师痕、trim_galore去接頭及低質(zhì)量reads 使用nohup掛后臺后可以用jobs -l查看 跑完以后在clean文件夾下，會有val_1和val_2生成而账，同時(shí)有一個(gè)r...
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@大王_bf6a 大家的服務(wù)器不一樣胰坟，缺什么東西的時(shí)候sudo沒辦法看，給我難受壞了
cellphoneDB嘔心瀝血下載安裝教程
我安裝了一天之后快哭了泞辐，然后去100塊買了個(gè)老師指導(dǎo)生信自學(xué)要么哭要么花錢笔横，就是我這個(gè)垃圾1、安裝https://github.com/ventolab/CellphoneD...
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我的count的行名是轉(zhuǎn)錄本id就不行
CellPhoneDB的使用
CellPhoneDB主要分成method咐吼、plot吹缔、query和database4個(gè)模塊。 安裝成功CellPhoneDB后锯茄，要先下載CellphoneDB databas...
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使用aspera高速下載NCBI數(shù)據(jù)在服務(wù)器上conda安裝了aspera軟件后，需要找到密鑰的位置 然后新的問題就是肌幽，我必須要去openssh這個(gè)文件夾才能下晚碾，其他文件夾下絕對路徑調(diào)用也不行，不知道為什么 數(shù)...
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@expgene 我試了好多次喂急，突然發(fā)現(xiàn)了關(guān)鍵問題格嘁，可以使用count.txt和meta.txt文件，這倆個(gè)自己拿excel做都行煮岁，但我始終報(bào)錯(cuò)的原因好像是因?yàn)閏ounts矩陣必須是人的symbol才可以讥蔽，轉(zhuǎn)錄本不行
CellPhoneDB的使用
CellPhoneDB主要分成method涣易、plot画机、query和database4個(gè)模塊。 安裝成功CellPhoneDB后新症，要先下載CellphoneDB databas...
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@夢蝶藍(lán)天宇 老師步氏，我看單細(xì)胞標(biāo)準(zhǔn)10x的格式使用seurat讀入處理后，可以提取保存徒爹，但我從只有count.csv這個(gè)文件荚醒，就不知道該怎么制作meta信息了
適用于scRNA-seq的細(xì)胞通訊工具-1：CellphoneDB
先記錄一下，我安裝過程的慘痛經(jīng)歷??隆嗅，希望小伙伴們避免像我一樣入坑界阁。起初每一次安裝，不論是使用conda還是pip工具胖喳，發(fā)現(xiàn)安裝好的CellphoneDB（4.0.0）在she...
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老師您好啊泡躯，前面您做的pbmc的數(shù)據(jù)能不能教我一下，如果從獲得未過濾的count數(shù)據(jù)，通過seurat處理得到能進(jìn)行cellphonedb處理的格式
適用于scRNA-seq的細(xì)胞通訊工具-1：CellphoneDB
先記錄一下较剃，我安裝過程的慘痛經(jīng)歷??咕别，希望小伙伴們避免像我一樣入坑。起初每一次安裝写穴，不論是使用conda還是pip工具惰拱，發(fā)現(xiàn)安裝好的CellphoneDB（4.0.0）在she...
