MUMmer出現(xiàn)的歷史背景測序技術(shù)剛開始發(fā)展的時候椒振,大家得到的序列都是單個基因的長度杆怕,所以一般都是逐個基因的比較,用的都是BLAST或FASTA通過逐個基因聯(lián)配的方式搜索數(shù)據(jù)...
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MUMmer出現(xiàn)的歷史背景測序技術(shù)剛開始發(fā)展的時候椒振,大家得到的序列都是單個基因的長度杆怕,所以一般都是逐個基因的比較,用的都是BLAST或FASTA通過逐個基因聯(lián)配的方式搜索數(shù)據(jù)...
該系列主要介紹了 MUMmer 軟件下核苷酸序列比對程序 nucmer 的使用昆婿,計算操作見前兩篇推文; 序列比對軟件 MUMmer 快速上手(一)[https://www.j...
格式 sam文件是短序列比對生成的文件历谍,是二代測序中最核心的文件现拒。在RNAseq,變異檢測等分析中望侈,都需要首先生成sam文件格式印蔬。bam文件是sam格式的二進制格式,轉(zhuǎn)換為二...
BERT (Bidirectional Encoder Representations from Transformers) 10月11日脱衙,Google AI Languag...
轉(zhuǎn)錄組(transcriptome)侥猬,廣義上指某一生理條件下,細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的集合捐韩,包括信使RNA退唠、核糖體RNA、轉(zhuǎn)運RNA及非編碼RNA荤胁;狹義上指所有mRNA的集合瞧预。轉(zhuǎn)...
我梳理了GWAS全基因組關(guān)聯(lián)分析的整個流程,并提供了基本的命令,用到的軟件包括BWA垢油、samtools盆驹、gatk、Plink秸苗、Admixture召娜、Tassel等,在此分享出來...
SAM及其相關(guān)工具 SAM格式介紹 SAM全稱是Sequence Alignment/Map, 是目前最常用的存放比對或聯(lián)配數(shù)據(jù)的格式惊楼。無論是重測序玖瘸,還是轉(zhuǎn)錄組,還是表觀組檀咙,...
--------------- Nickier 2018-12-21 --------------- samtools是一個用于操作sam和bam文件的工具合集雅倒。能夠?qū)崿F(xiàn)二進...