生信師姐

MUMmer出現(xiàn)的歷史背景測序技術(shù)剛開始發(fā)展的時候椒振，大家得到的序列都是單個基因的長度杆怕，所以一般都是逐個基因的比較，用的都是BLAST或FASTA通過逐個基因聯(lián)配的方式搜索數(shù)據(jù)...

風(fēng)知秋

該系列主要介紹了 MUMmer 軟件下核苷酸序列比對程序 nucmer 的使用昆婿，計算操作見前兩篇推文； 序列比對軟件 MUMmer 快速上手（一）[https://www.j...

盧大命

導(dǎo)讀 本文適合知道NUMA這個詞但想進一步了解的新手惨好。 以下的文章內(nèi)容包括：NUMA的產(chǎn)生背景疚膊，NUMA的架構(gòu)細(xì)節(jié)和幾個上機演示的例子。 NUMA的誕生背景 在NUMA出現(xiàn)之...

半夜一更

格式 sam文件是短序列比對生成的文件历谍，是二代測序中最核心的文件现拒。在RNAseq，變異檢測等分析中望侈，都需要首先生成sam文件格式印蔬。bam文件是sam格式的二進制格式，轉(zhuǎn)換為二...

不會停的蝸牛

BERT (Bidirectional Encoder Representations from Transformers) 10月11日脱衙，Google AI Languag...

半夜一更

轉(zhuǎn)錄組(transcriptome)侥猬，廣義上指某一生理條件下，細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的集合捐韩，包括信使RNA退唠、核糖體RNA、轉(zhuǎn)運RNA及非編碼RNA荤胁；狹義上指所有mRNA的集合瞧预。轉(zhuǎn)...

xuzhougeng

SAM及其相關(guān)工具 SAM格式介紹 SAM全稱是Sequence Alignment/Map, 是目前最常用的存放比對或聯(lián)配數(shù)據(jù)的格式惊楼。無論是重測序玖瘸，還是轉(zhuǎn)錄組，還是表觀組檀咙，...

Nickier

--------------- Nickier 2018-12-21 --------------- samtools是一個用于操作sam和bam文件的工具合集雅倒。能夠?qū)崿F(xiàn)二進...