寫這個記錄的緣由，是我在生信技能樹[https://wemp.app/accounts/9b0e20f5-631b-40f3-8f16-4bdb30bc9753]上看到這樣一...
IP屬地：廣東
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2020-11-08 SRA上那些奇怪的10x Genomics數(shù)據(jù) -
MacOS完全卸載Docker片效，然后重新安裝
Remove all docker related file using terminal command lines below Create .docker direct...
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解決國內GitHub訪問慢的問題(修改 hosts)1红伦、打開 https://www.ipaddress.com/[https://www.ipaddress.com/] 這個全球最好的 IP 地址查詢工具網(wǎng)站來查詢出域名當前...
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一個完整的WGS變異檢測snakemake流程詳解
寫在前邊的話 ??在此要感謝堿基礦工[http://www.reibang.com/u/47e9e401869f]，第一次做全外顯子測序的變異檢測時便是參考了他寫的教程淀衣，當...
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Mac系統(tǒng)的.DS_store文件
DS_Store 文件的主要作用昙读，是存儲當前文件夾在桌面顯示相關方面的一些自定義屬性，包括文件圖標的位置膨桥、文件夾上次打開時窗口的大小蛮浑、展現(xiàn)形式和位置等唠叛。 如需要阻止自動生成，...
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Mac 系統(tǒng) Cairo R包安裝錯誤
錯誤提示如下： 這是因為系統(tǒng)沒有安裝Cairo沮稚，在終端中執(zhí)行下邊兩個命令： 然后再回到R中安裝Cairo即可成功艺沼。
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WGCNA包的blockwiseModules函數(shù)debug
WGCNA debug 運行到這里報錯：Error in (new("standardGeneric", .Data = function (x, y = NULL, use...
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禁止mac系統(tǒng)更新
個人覺得系統(tǒng)還是原裝的好，曾經(jīng)升級過幾次蕴掏，但是耗電障般、散熱等都出現(xiàn)了異常，就又降回了原裝版本盛杰。但是每次系統(tǒng)有更新都會有一個小紅點提示剩拢，看著特別別扭。在系統(tǒng)設置里關閉更新設置后饶唤，...
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機器學習的常用算法（生信必備）作為一個合格的生物信息工程師办素，生物學的算法是必備的技能。本人從業(yè)不到一年祸穷，深感統(tǒng)計學知識匱乏性穿，希望以簡書作為自己的學習平臺，和大家分享一些常用的算法雷滚，本人能力有限需曾，只能介紹一...
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Bulk RNA-seq上游分析流程（Salmon）
轉錄組分析一般通過比對或非比對的方法對基因表達進行定量，得到一個樣本-基因表達矩陣用于下游數(shù)據(jù)分析祈远。下游分析通常是進行差異表達分析呆万，對差異基因進行功能注視，如Gene Ont...
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服務器端部署網(wǎng)站上線
Step1: 首先把所有寫好的文件放在html這個文件夾中车份，然后上傳文件到服務器 Step2: 在服務器創(chuàng)建/var/www/html文件夾谋减，并把上一步的文件轉移到這個文件夾...
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推薦幾款Mac平臺上不錯的Markdown軟件1、Typora 這也是我現(xiàn)在主要使用的扫沼，優(yōu)點是界面簡潔出爹，可以即時的預覽所書寫的內容，而且還有Windows版和Linux缎除，無論在公司還是在家都可以使用严就。 缺點是不能同步筆記...
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fastp我用挺好的啊，你是不是漏掉了--detect_adapter_for_pe這個參數(shù)器罐，如果是雙端測序梢为，不加這個參數(shù)才會出現(xiàn)去接頭不干凈的情況，加了這個參數(shù)就沒問題了
二代測序數(shù)據(jù)（RNA-seq）比對率低怎么辦
在分析二代數(shù)據(jù)的時候，很常見的一個問題就是比對率低抖誉，下面是我就經(jīng)常遇到的一些情況殊轴，以及解決方法。 影響測序數(shù)據(jù)比對率的原因 1.接頭污染: 測序接頭: 最常見的污染源就是測序...
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多款軟件進行vcf合并-gatk袒炉、vcftools旁理、bcftools
vcf文件儲存的是樣本的變異信息文件，在同一批次分析中我磁，如果不是采用joint calling的方式進行分析孽文，最終會獲得單個樣本的變異數(shù)據(jù)。這種文件很難對同組不同樣本進行差異...
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3. SNP Calling以GATK流程為例存谎，簡單來說拔疚，SNP Calling主要包括以下幾步： 1. 給參考基因組建立索引：samtools faidx、bwa index, gatk Create...
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當然用默認的參數(shù)--option-file是最佳選擇既荚，我這樣用也不是錯呀稚失，只是另一種傳遞參數(shù)的方式，如果prefetch沒有參數(shù)讓你傳遞整個文件恰聘，那我這種方式就很省事了句各，其他軟件我也有這樣用，很方便
教你3種方法下載NCBI GEO數(shù)據(jù)
1.常規(guī)下載方式：prefetch ????對于常規(guī)下載sra數(shù)據(jù)來說晴叨，NCBI提供了它自己的一套工具(SRA-Toolkit)凿宾，其中用prefetch來下載數(shù)據(jù)，用fast...
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