導(dǎo)讀：無(wú)縫克隆技術(shù)是時(shí)下最流行的質(zhì)粒構(gòu)建技術(shù)佳头，幾乎每個(gè)分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室都在使用僻孝。之前我給大家詳細(xì)講解了Gibson Assembly的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)和操作流程定硝，那么這次給大家介紹另...
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分子克隆——例子 -
分子克隆輔助小工具最近幾期的文章介紹了一些輔助分子克隆實(shí)驗(yàn)的小工具缔俄，雖然功能很簡(jiǎn)單瘦陈，還是費(fèi)了很大功夫編寫(xiě)特纤，最近確實(shí)很忙秩命，不過(guò)趁周末終于把他們肝完了尉共，本篇就對(duì)這些小工具做一個(gè)匯總，以暫時(shí)結(jié)束本系...
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蛋白物理化學(xué)性質(zhì)及結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)
蛋白物理化學(xué)性質(zhì)分析 ORF Finder 亞細(xì)胞定位 在線多序列比對(duì) 信號(hào)肽預(yù)測(cè) 跨膜結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè) 二級(jí)結(jié)構(gòu)分析 保守結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè) 3D結(jié)構(gòu)分析
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R與RStudio的安裝1.什么是R R是用于統(tǒng)計(jì)分析弃锐、繪圖的語(yǔ)言和操作環(huán)境袄友。R是屬于GNU系統(tǒng)的一個(gè)自由、免費(fèi)霹菊、源代碼開(kāi)放的軟件杠河，它是一個(gè)用于統(tǒng)計(jì)計(jì)算和統(tǒng)計(jì)制圖的優(yōu)秀工具。簡(jiǎn)單來(lái)說(shuō)浇辜，R是一門(mén)統(tǒng)計(jì)計(jì)...
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在線預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)PyMOL 蛋白質(zhì)是生命活動(dòng)的體現(xiàn)者券敌，其結(jié)構(gòu)決定著功能。由線性氨基酸組成的蛋白質(zhì)需要折疊成特定的空間結(jié)構(gòu)才具有相應(yīng)的生理活性和生物學(xué)功能柳洋。 解析蛋白質(zhì)的空間結(jié)構(gòu)...
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生物信息學(xué)相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)可以分為4大類(lèi):即基因組數(shù)據(jù)庫(kù)待诅、核酸和蛋白質(zhì)一級(jí)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)、生物大分子三維空間結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)熊镣，當(dāng)前研究比較熱點(diǎn)的集中于基因組卑雁、miRNA、LncRNA绪囱、circR...
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我只是知識(shí)的搬運(yùn)工~
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寶藏R包：TCGA的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)挖掘一站搞定
最近在看ceRNA的時(shí)候看到了一個(gè)寶藏R包鬼吵，寫(xiě)包簡(jiǎn)化了芯片數(shù)據(jù)下游分析之后扣甲，我正想著寫(xiě)轉(zhuǎn)錄組下游分析的簡(jiǎn)化版，就看到了它。用起來(lái)~ 0.R包和數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 這里使用的是作者給的示...
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有趣 | 生物狗 如何 不直接地 表達(dá)想法寫(xiě)在前面 前面七夕節(jié)給大家整了一個(gè)“單身狗”游戲插件琉挖。我個(gè)人覺(jué)得還是挺好完的启泣。其實(shí)只要是什么相聚或者團(tuán)圓的節(jié)日，單身狗游戲插件都是送禮佳品示辈。很快就教師節(jié)寥茫。我們必須嚴(yán)肅一點(diǎn)，要...
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BWA使用詳解
參考來(lái)源：http://starsyi.github.io/2016/05/24/BWA-%E5%91%BD%E4%BB%A4%E8%AF%A6%E8%A7%A3/ 一矾麻、BW...
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Fastq-dump: 一個(gè)神奇的軟件現(xiàn)在可以用fasterq-dump, 速度更快纱耻，請(qǐng)閱讀都8102年了，還用fastq-dump险耀，快換fasterq-dump吧 做生信的基本上都跟NCBI-SRA打過(guò)交道,尤...
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BWA比對(duì)詳解
bwa主要用于將低差異度的短序列（一般是同物種）與參考基因組進(jìn)行比對(duì)膝迎。主要包含三種比對(duì)算法：backtrack、SW和MEM胰耗，第一種只支持短序列比對(duì)（<100bp）限次，后兩種支...
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學(xué)會(huì)正確選擇多序列比對(duì)（coding-sequences）軟件前幾天，實(shí)驗(yàn)室的師弟師妹通過(guò)本地blast獲取一些沒(méi)有基因組注釋物種的蛋白編碼序列柴灯。原本以為可以快速地進(jìn)行下一步的選擇壓力分析卖漫，沒(méi)想到卻在多序列比對(duì)這一環(huán)節(jié)出現(xiàn)了棘手的問(wèn)題。...
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一些生物信息學(xué)用到的軟件，工具查描，介紹用法安裝以及以及應(yīng)用的文章 ?? 測(cè)序組裝使用的Spades突委、canu等等 ?? 序列比對(duì)比如blast、bowtie冬三、diamond等 ?? 多序列比對(duì)比如mega匀油、clustalW、matff等 ?? 序列格式轉(zhuǎn)化的samtools勾笆、bedtools等等 ?? 可變剪接分析的rMATS敌蚜、MISO ?? 微衛(wèi)星序列查找工具misa等 ?? call peak的工具macs2 ?? 文獻(xiàn)下載工具Sci-hub桌面版 ?? 進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建工具IQtree、ggtree等 ?? 同源基因查找工具OrthoMCL窝爪、OrthoFinder等 ?? 尋找測(cè)序中的結(jié)構(gòu)變異或者SNP序列GATK弛车、bcftools等 ?? 宏基因組組裝與分析的anvi'o、QIMME ?? 測(cè)序質(zhì)量評(píng)估的FastQC蒲每、BUSCO纷跛、QUAST ?? 可視化工具比如IGV、3D Genome ?? 測(cè)序數(shù)據(jù)下載工具SRA Toolkit邀杏、ascp等 ?? 數(shù)據(jù)可視化的工具circos 等等
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RepeatModeler + RepeatMasker
在基因組注釋中第一步就是重復(fù)序列的屏蔽贫奠，目前常用的從頭注釋pipeline就是RepeatModeler + RepeatMasker。 1. 軟件安裝 RepeatMask...
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測(cè)序的世界測(cè)序的世界很奇妙，不同的數(shù)據(jù)處理可能得出不同的結(jié)論叮阅，入門(mén)生信首先要做的就是了解你的數(shù)據(jù)還等什么刁品？跟我一起來(lái)探索吧～ 測(cè)序原理： 早期如何測(cè)序呢泣特？ 如果給你這么一串珠子浩姥，讓你統(tǒng)...
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學(xué)習(xí)小組筆記Day6-Jocelyn#2020年7月8日學(xué)習(xí)筆記 學(xué)習(xí)R包 ##一勒叠、安裝R包（dplyr） ##二、使用R包之常用的五個(gè)基本函數(shù) ##三膏孟、使用R包之兩個(gè)實(shí)用功能 ###1眯分、管道操作 *“+”后面...
