Burden 分析汤锨,是基于基因的關(guān)聯(lián)分析方法中的一種爽待,應(yīng)該與基于位點(diǎn)的關(guān)聯(lián)分析(GWAS)千埃,起到相輔相成注暗,互相補(bǔ)充的作用银觅。 傳統(tǒng)GWAS分析攒砖,主要是利用大樣本量夯膀,尋找病例對照...
Burden 分析汤锨,是基于基因的關(guān)聯(lián)分析方法中的一種爽待,應(yīng)該與基于位點(diǎn)的關(guān)聯(lián)分析(GWAS)千埃,起到相輔相成注暗,互相補(bǔ)充的作用银觅。 傳統(tǒng)GWAS分析攒砖,主要是利用大樣本量夯膀,尋找病例對照...
寫在前面:當(dāng)學(xué)習(xí)某一重要文件格式時继蜡,更需要對此格式對應(yīng)軟件工具進(jìn)行全面的學(xué)習(xí)(如sam/bam——samtools)回俐。在多次花時間寫腳本處理文件之后發(fā)現(xiàn)逛腿,80%左右的任務(wù)其實(shí)...
在拿到一組snp數(shù)據(jù)時,首先應(yīng)該想到要對snp數(shù)據(jù)的質(zhì)量進(jìn)行檢測和控制仅颇。然后再考慮這組數(shù)據(jù)該怎么分析单默,如何分析。snp的質(zhì)控是非常重要的忘瓦,如果snp數(shù)據(jù)的質(zhì)量不佳搁廓,那么計算的...
一、定義二耕皮、indel的左對齊三境蜕、多等位位點(diǎn)的左對齊 定義 在二代測序中,使用bcftools call或者 gatk HaplotypeCaller工具檢出變異位點(diǎn)的時候凌停,...
有許多不同的統(tǒng)計量可以衡量差異選擇的區(qū)域或基因滲入障礙的區(qū)域粱年。這里介紹常用的四個統(tǒng)計量的計算: pi, 衡量遺傳多樣性 Fst, 衡量群體分化程度 dxy, 對核苷酸多樣性絕...
歡迎關(guān)注公眾號oddxix 如果覺得寫的不錯記得點(diǎn)個贊,謝謝支持~ 1.簡介 官網(wǎng):http://exac.broadinstitute.orgExAC數(shù)據(jù)庫的全稱是(the...
AnnotSV地址:https://lbgi.fr/AnnotSV/[https://lbgi.fr/AnnotSV/]版本:3.0.5 AnnotSV輸出結(jié)果部分列名解釋 ...
Multiple Sequentially Markovian Coalescent (MSMC)是一種利用馬爾可夫模型推斷群體動態(tài)歷史和群體結(jié)構(gòu)的算法苦锨。能夠通過輸入基因組序...
Manta輸出VCF文件 Manta運(yùn)行完畢后逼泣,將在$ {MANTA_ANALYSIS_PATH}/results/variants目錄下輸出一組VCF格式的結(jié)果文件。 如果...