轉(zhuǎn)載GATK4.0和全基因組數(shù)據(jù)分析實(shí)踐（下） 原創(chuàng)：礦工堿基礦工2018-03-23 前言 在上一篇文章中我已經(jīng)用例子仔細(xì)跟大家分享了WGS從原始數(shù)據(jù)到變異數(shù)據(jù)（Fastq...
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GATK4.0-vqsr
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GATK4+mutect2 call somatic mutation
最近看了GATK的網(wǎng)站叉庐，以前經(jīng)常用GATK call somatic mutation获诈， 但是用的版本太老了幢码，另外服務(wù)器最近換了盤，很多代碼路徑都變了郎笆，網(wǎng)上關(guān)于GATK4的教...
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你這寫錯(cuò)了线罕，popA是object pop,popB是ref
XP-CLR選擇信號(hào)
檢測(cè)基因組選擇信號(hào)的方法有很多種盏档，其中 XP-CLR 方法是常用的一種澈吨。XP-CLR 是陳華老師把敢、Nick Patterson 和 David Reich 在 2010 年發(fā)...
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最全bcftools使用說(shuō)明--只看本文就夠了1 簡(jiǎn)介 BCFtools 是一款多種實(shí)用工具的集合，它可以用于處理VCF文件和二進(jìn)制的BCF文件谅辣。它可以接受VCF格式修赞、壓縮的VCF格式以及BCF格式，并能自動(dòng)檢測(cè)輸入的格...
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DNA甲基化數(shù)據(jù)分析全流程
2021-01-01 更新 簡(jiǎn)單記錄一下平時(shí)的分析過(guò)程 和RNA-seq前期流程類似 -- 質(zhì)控桑阶、去接頭柏副、比對(duì)參考基因組、排序 后期就是要提取甲基化位點(diǎn)蚣录，包括CpG割择、CHG、...
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RIdeogram：染色體數(shù)據(jù)可視化的R包已有的工具如circos, 只能繪制彎的染色體包归，又如R包c(diǎn)hromoMap锨推，IdeoViz，karyploteR公壤，ggbio和在線工具Idiographica换可，雖然能繪制直的...
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群體進(jìn)化分析--基因流及群體歷史分析——我愿稱之為史上最全基因流（也稱基因遷移）是指從一個(gè)物種的一個(gè)種群向另一個(gè)種群引入新的遺傳物質(zhì)，從而改變?nèi)后w“基因庫(kù)”的組成厦幅。通過(guò)基因交流向群體中引入新的等位基因沾鳄，是遺傳變異一個(gè)非常重要的來(lái)源，...
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測(cè)序了确憨，然后呢（四）有了OrgDb才能進(jìn)行富集分析劉小澤寫于19.1.20-21要進(jìn)行GO或者KEGG富集分析译荞，就需要知道每個(gè)基因?qū)?yīng)什么樣的GO/KEGG分類，OrgDb就是存儲(chǔ)不同數(shù)據(jù)庫(kù)基因ID之間對(duì)應(yīng)關(guān)系休弃，以及基因與G...
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染色體位置如何注釋到基因名1. 環(huán)境準(zhǔn)備 pythongff3文件：https://www.gencodegenes.org/human/release_19.html[https://www.gen...
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【比較基因組】基因家族擴(kuò)張與收縮---CAFE篇====環(huán)境和測(cè)試數(shù)據(jù)準(zhǔn)備===== 需要先安裝OrthoFinder吞歼，這個(gè)參考前面一個(gè)帖子。然后今天我們主要來(lái)測(cè)試CAFE塔猾。 安裝也比較簡(jiǎn)單： 下載安裝包之后 https:...
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【基因組學(xué)工具】變異注釋SnpEff
寫在前面在進(jìn)行基因組學(xué)研究中篙骡，總避免不了對(duì)一些SNP和Indel進(jìn)行分析，如何去注釋它們的丈甸，就需要用到SnpEff糯俗，SnpEff是一個(gè)變異注釋和預(yù)測(cè)變異影響(氨基酸和核酸改變...
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生信課程筆記8-序列特征和基因模型基因組特征（GenomicFeatures） 包括基因組上的基因模型（gene model）或其他序列特征（gene feature），如genes睦擂、exons得湘、UTRs、t...
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這是一個(gè)venn圖吧顿仇，是不是可以直接使用UpsetR搞定淘正？
跟著Nature Communications學(xué)作圖：R語(yǔ)言ggplot2氣泡圖組合水平柱形圖完整示例
論文 Pan-African genome demonstrates how population-specific genome graphs improve high-t...
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群體結(jié)構(gòu)——PCA分析概念 PCA（principal components analysis）即主成分分析摆马。主成分分析也稱主分量分析，旨在利用降維的思想鸿吆，把多指標(biāo)轉(zhuǎn)化為少數(shù)幾個(gè)綜合指標(biāo)今膊。 在統(tǒng)計(jì)...
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6. GWAS：主成分分析——GCTA利用協(xié)方差矩陣，特征值和特征向量將高緯變量投影到數(shù)個(gè)低維變量的過(guò)程伞剑； PCA分析的過(guò)程就是從千萬(wàn)級(jí)別的SNP位點(diǎn)中提取關(guān)鍵信息，以便使用更少的變量就可以對(duì)樣本進(jìn)行有效的刻畫和...
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ggpubr包系列學(xué)習(xí)教程(六)使用ggscatter函數(shù)繪制散點(diǎn)圖 加載所需R包 基本用法： Usage 常用參數(shù)： Arguments 使用示例： Examples 參考來(lái)源： https://www....
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寫的真好
電泳遷移率變動(dòng)（EMSA）實(shí)驗(yàn)原理
EMSA實(shí)驗(yàn)原理 凝膠阻滯或電泳遷移率變動(dòng)實(shí)驗(yàn)（Electrophoretic mobility shift assay市埋，EMSA） 是一種研究DNA結(jié)合蛋白質(zhì)和相關(guān)的DNA...
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電泳遷移率變動(dòng)（EMSA）實(shí)驗(yàn)原理EMSA實(shí)驗(yàn)原理 凝膠阻滯或電泳遷移率變動(dòng)實(shí)驗(yàn)（Electrophoretic mobility shift assay黎泣，EMSA） 是一種研究DNA結(jié)合蛋白質(zhì)和相關(guān)的DNA...
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最全Bedtools使用說(shuō)明--只看本文就夠了1 Bedtools:一個(gè)強(qiáng)大的基因組算法工具集 Bedtools是由猶他大學(xué)昆蘭實(shí)驗(yàn)室開發(fā)的基因組算法工具集，它堪稱是基因組分析工具中的瑞士軍刀缤谎。Bedtools可以對(duì)基因...