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盤點宏轉(zhuǎn)錄組分析方法
導讀 1. 宏轉(zhuǎn)錄組概念： 宏轉(zhuǎn)錄組測序是對某一特定時期、特定環(huán)境樣品中的全部微生物的RNA進行高通量測序究抓，直接獲得該環(huán)境中所有微生物轉(zhuǎn)錄組信息的一種測序技術的新應用猾担。宏轉(zhuǎn)錄...
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這個sortmeRNA不好用，按著步驟走 總是出現(xiàn)各種問題
sortmerna 去除rRNA
sortmerna是一款檢測文庫中rRNA含量刺下，并去除rRNA reads的軟件绑嘹。當懷疑文庫中包含的rRNA比例較高時，這款軟件可以派上用場橘茉。以下簡單介紹它的安裝與基本使用方...
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sortmerna 去除rRNAsortmerna是一款檢測文庫中rRNA含量工腋，并去除rRNA reads的軟件。當懷疑文庫中包含的rRNA比例較高時畅卓，這款軟件可以派上用場夷蚊。以下簡單介紹它的安裝與基本使用方...
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寫的真詳細
KneadData質(zhì)控、SortMeRNA去rRNA
導讀 宏轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析第一步髓介。 一惕鼓、KneadData下載、安裝唐础、質(zhì)控 鏈接：https://bitbucket.org/biobakery/kneaddata/wiki/H...
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KneadData質(zhì)控呀邢、SortMeRNA去rRNA
導讀 宏轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析第一步。 一豹绪、KneadData下載价淌、安裝、質(zhì)控 鏈接：https://bitbucket.org/biobakery/kneaddata/wiki/H...
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QIIME2 構建數(shù)據(jù)庫以及常規(guī)分析流程
保存一下瞒津，這是一個擴增子分析流程蝉衣，有參考文獻，步驟還行巷蚪。https://wanjinhu.github.io/2023/10/27/pipeline-qiime2-analy...
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初學者學習宏基因組教程
看到一篇寫的還是不錯的流程病毡，保存一下，供參考屁柏。作者是胡萬金https://wanjinhu.github.io/2024/02/18/article-metagenomic/...
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學習R語言繪圖有送，一個網(wǎng)站就夠了
很多人想學習R語言繪圖，最好的辦法就是多進行操作僧家，這里有一個非常好的網(wǎng)站雀摘，里面匯集了大量R語言的繪圖代碼，只需將這些代碼復制下來多去操作就會有很好的收獲八拱。r-graph-ga...
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群體進化分析--基因流及群體歷史分析——我愿稱之為史上最全基因流（也稱基因遷移）是指從一個物種的一個種群向另一個種群引入新的遺傳物質(zhì)届宠，從而改變?nèi)后w“基因庫”的組成。通過基因交流向群體中引入新的等位基因乘粒，是遺傳變異一個非常重要的來源，...
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iTOL進化樹調(diào)圖細節(jié)記錄iTOL基本用法已經(jīng)會了伤塌，之前記錄過一點：系統(tǒng)發(fā)育（進化）樹繪制小結[http://www.reibang.com/p/20af7e003d19]灯萍。最近重用，調(diào)圖時又發(fā)現(xiàn)了...
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Conterminator--檢測核苷酸和蛋白質(zhì)序列組中的污染
更新: 最近有看到新的軟件可以檢測高通量序列的污染情況---fastq_screen(https://github.com/StevenWingett/FastQ-Scree...
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請教毛毛每聪，這個做完后能用什么圖展示那旦棉？或者說怎么做進一步的分析？
基于blast進行GO功能注釋
目前GO注釋主要分為兩種方法药薯，其一绑洛，序列相似性即blast，其二童本，結構域相似性比對（InterProsScan）真屯，該方法在前面也提及過，本文就blast進行簡要概述 所需文件...
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自建go和kegg數(shù)據(jù)庫2022-08-03
小眾或非模式生物的自建庫GO/KEGG富集分析https://zhuanlan.zhihu.com/p/389005258[https://zhuanlan.zhihu.co...
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擴增子隨機森林圖 2022-07-27
R語言randomForest包的隨機森林分類模型以及對重要變量的選擇 https://cloud.tencent.com/developer/article/1870681...
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各種venn韋恩圖 繪制
最近看venn繪制绑蔫，有多個元素，看到一篇文章泵额，講的非常清楚配深，不同R包，元素 個數(shù)超過限定值如何處理等等嫁盲，做個分享也留個記錄篓叶。題目是繪制韋恩圖（Venn plot）和花瓣圖（F...
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Blast++與Diamond區(qū)別之一 qcovs
名詞解釋：High Scoring Pairs (HSP) 參考自：BLAST中，與HSP和query_coverage(qcov)相關的關鍵參數(shù)[http://blog.s...
