@生信Atom 抱歉，是我的疏忽葱淳。
10X單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組下游流程-1-整合多個cellranger結(jié)果1. 寫在前面 因為后續(xù)的課題以及下一次的JC都準(zhǔn)備做單細(xì)胞的，所以開始學(xué)習(xí)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的下游分析龄捡。 又因為7月在珠海跑過一次基于Seurat v2的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組下游流程，所...
發(fā)簡信
IP屬地：海南
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@生信真的好難噢 嗯嗯慷暂，一起加油聘殖！
10X單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組下游流程-1-整合多個cellranger結(jié)果
1. 寫在前面 因為后續(xù)的課題以及下一次的JC都準(zhǔn)備做單細(xì)胞的，所以開始學(xué)習(xí)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的下游分析行瑞。 又因為7月在珠海跑過一次基于Seurat v2的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組下游流程奸腺，所...
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DoubletFinder 去除雙細(xì)胞
1. 參考資料 https://mp.weixin.qq.com/s/ybr1rK5CcC-BfDKUYxKcNw http://www.reibang.com/p/66e...
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ATAC-seq 質(zhì)控1. 寫在前面 1 年前看技能樹在簡書的文字教程第一次跑 ATAC-seq 分析流程血久，當(dāng)時還很懵懂突照，以為每一步只有一個工具，現(xiàn)在通過技能樹剛發(fā)在 b 站的視頻再次學(xué)習(xí) ATA...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)挖掘3-clustering1. 寫在前面 參考教程：https://hbctraining.github.io/scRNA-seq/ 2. Normalization, variance stabil...
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技能樹直播課程學(xué)習(xí)-WGCNA-3-模塊與臨床性狀關(guān)聯(lián)1. 計算 ME 值 2. 計算模塊與性狀的相關(guān)性并可視化 3. 計算各基因表達(dá)量與模塊 ME 和性狀的關(guān)系（MM and GS）并可視化 GS: as(the absolu...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)挖掘2-QC1. 寫在前面 參考教程：https://hbctraining.github.io/scRNA-seq/ 2. 搭建環(huán)境 在 Rproj 的位置創(chuàng)建 data 文件夾 在 ...
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技能樹直播課程學(xué)習(xí)-WGCNA-2-網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建和模塊檢測1. 挑選軟閾值 軟閾值的要求：無尺度拓?fù)渚W(wǎng)絡(luò)系數(shù) R^2 高于 0.85氧吐，或者或平均連接度降到 100 以下 如果沒有合適的閾值讹蘑，可以使用 R 包作者提供的經(jīng)驗閾值末盔，如下 ...
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技能樹直播課程學(xué)習(xí)-WGCNA-1-數(shù)據(jù)清洗1. 層次聚類 在讀入表達(dá)矩陣，進(jìn)行基礎(chǔ)的篩選衔肢，并使用 goodSamplesGenes() 確保沒有太多的缺失值后，我們對樣本進(jìn)行聚類豁翎，以剔除離群樣本 可以看到這次的 31...
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技能樹直播課程學(xué)習(xí)-WGCNA-0-基礎(chǔ)知識
1. 基本步驟 數(shù)據(jù)輸入和清洗 網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建和模塊檢測 量化模塊和樣本性狀的關(guān)系 挑出感興趣模塊內(nèi)部的基因 可視化TOM矩陣 將網(wǎng)絡(luò)導(dǎo)出到外部數(shù)據(jù)進(jìn)行可視化 2. 加權(quán)共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)挖掘1-bam-fastq-matrix
1. 寫在前面 數(shù)據(jù)集介紹測了 LK 和 LSK 細(xì)胞的 scRNA-seq角骤，但是作者定義 LK 的方法比較奇怪，之后會把“LK”中 sca-1 陽性的細(xì)胞去掉 由于作者只提...
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PNAS Fig.1的復(fù)現(xiàn)（續(xù)）
1. 寫在前面 參考的技能樹視頻鏈接：https://www.bilibili.com/video/BV1KJ411X7Zx?t=2&p=22 視頻用到的文章的部分圖表是我之...
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TCGA知識圖譜視頻學(xué)習(xí)筆記2
視頻鏈接：http://jm.grazy.cn/?tdsourcetag=s_pctim_aiomsg 參考筆記：http://www.reibang.com/u/c93a...
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too-many-cells 學(xué)習(xí)筆記1. TooManyCells 簡介 TooManyCells 是由賓夕法尼亞大學(xué)的 Gregory W. Schwartz 等人開發(fā)的一種聚類算法心剥，開發(fā)的本意是用于 scR...
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TCGA知識圖譜視頻學(xué)習(xí)筆記1視頻鏈接：http://jm.grazy.cn/?tdsourcetag=s_pctim_aiomsg 參考筆記：http://www.reibang.com/u/c93a...
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B站TCGA視頻學(xué)習(xí)筆記B 站視頻鏈接：https://www.bilibili.com/video/av49363776 1. 概述 和 TCGA 緊密相關(guān)的數(shù)據(jù)庫GTEx：正常人對照CCLE：腫...
