相關(guān)原理詳細介紹生信技能樹詳解GSEA[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247507922&id...
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GSEA富集分析+R分析+多類美化工具 -
VCF文件參數(shù)解讀VCF (variant callformat) 文件記錄了所有樣品基因組中所有位置變異（主要包括SNP和InDel）信息担扑。后續(xù)幾乎所有分析內(nèi)容都是基于此文件，如進化樹分析轰驳、...
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GATK4變異檢測（bwa+samtools+Picard+GATK）一.軟件下載安裝 ??bwa：https://github.com/lh3/bwa[https://github.com/lh3/bwa]安裝及命令詳解參考：http://st...
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Monocle3：擬時序分析寫在前面：今天突然想寫這個教程除盏，花了一下午看資料，其實我前面是有一些基礎(chǔ)的，但是看的還是會很亂帘营，所以想把這個包的脈絡(luò)寫一下图谷，希望能夠可以跟大家討論一下并且自己以后使用這個包的...
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2021-05-23 ChIP-seq數(shù)據(jù)從頭到尾比對及分析匯總（個人分析記錄貼）0_1 前言 有時間再詳細寫introduction翩活。先把我分析數(shù)據(jù)的流程記錄下來，后續(xù)持續(xù)更新便贵。 0_2 用到的軟件或腳本 測序數(shù)據(jù)質(zhì)控：fastp[https://git...
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單細胞數(shù)據(jù)分析筆記3: 雙細胞去除（DoubletFinder, scDblFinder)雙細胞是指由于實驗原因菠镇，在單細胞微流控等流程中某個液滴中含有2個及以上的細胞，而在同一個液滴中的細胞在后續(xù)分析中帶有相同的Cell Barcode承璃，從而會被認為是一個細胞的偽...
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可視化神器ggstatsplot = 繪圖+統(tǒng)計ggstatsplot是ggplot2包的擴展利耍，主要用于繪制可發(fā)表的圖片同時標(biāo)注統(tǒng)計學(xué)分析結(jié)果，其統(tǒng)計學(xué)分析結(jié)果包含統(tǒng)計分析的詳細信息盔粹，該包對于經(jīng)常需要做統(tǒng)計分析的科研工作者...
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基因相關(guān)性的計算在單細胞轉(zhuǎn)錄組解析肥厚性心肌病發(fā)病機制[http://www.reibang.com/p/f270b9431427]里面看到計算某基因與其它基因的相關(guān)性 方法里寫的是這樣做...
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單細胞分析之細胞交互-3：CellChat常用的細胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.reibang.com/p/38a9376f5286]：是公開的人工校正的隘梨，儲存受體、配體以及兩種相互作用...
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RNA-seq入門實戰(zhàn)（七）：GSEA——基因集富集分析本節(jié)概覽：1.GSEA簡單介紹2.創(chuàng)建GSEA分析所需的geneList舷嗡，包含log2FoldChange和ENTREZID信息3.利用clusterProfiler進行GS...
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R-fgsea包GSEA分析及可視化GSEA：（Gene Set Enrichment Analysis）基因集富集分析 基因集富集分析（GSEA）和基因富集分析（GO/KEGG）的區(qū)別： 基因富集分析是對已注...
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免疫細胞注釋-1：T細胞scRNAseq免疫細胞注釋： 免疫細胞注釋-1：T細胞[http://www.reibang.com/p/0127c9b380c9] 免疫細胞注釋-2：髓系細胞[http...
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細胞類型鑒定--單細胞marker基因（持續(xù)修正）細胞類型marker基因T CellsCD3D, CD3EThCD3D, CD3E, CD40LGTcCD3D, CD3E, CD8A, CD8BgdTTRDV2, TRGV...
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scRNA-seq擬時分析 || Monocle2 踩坑教程擬時（pseudotime）分析轴猎，又稱細胞軌跡（cell trajectory）分析，通過擬時分析可以推斷出發(fā)育過程細胞的分化軌跡或細胞亞型的演化過程进萄，在發(fā)育相關(guān)研究中使用頻...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組功能分析（超詳細clusterProfiler,GSEA,GSVA分析）單細胞分析不可避免的會涉及到鑒定不同細胞類型的功能或比較相同類型在不同狀態(tài)下的功能差異捻脖，因此，功能分析在單細胞分析中相當(dāng)重要. 功能分析的方法很多中鼠，這兒我們主要講述3種功能分...
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單細胞之富集分析-2：批量GSEA和GSVA分析單細胞富集分析系列： 單細胞之富集分析-1：單細胞GSEA分析流程[http://www.reibang.com/p/00f069cb239c] 1. 背景 Gene Se...
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單細胞之富集分析-1：單細胞GSEA分析流程單細胞GSEA分析需要的文件有兩個：1. 單細胞基因表達變化數(shù)據(jù)（兩列可婶，一列是geneid/gene symbol，一列是logFC）（文件格式：.rnk）2. 目標(biāo)基因集（...
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【單細胞轉(zhuǎn)錄組】人類T細胞亞群分析Marker基因匯總T 細胞（全部）：CD3+ Naive T cell: CD3, CD4, CCR7, CD62L+, IL-7R (CD127), THPOK Tef（效應(yīng)T細胞）： 輔助...
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ProjecTILs系列教程（一）：MC38 TILs克隆型分析說在前面 Immugent在上一期推文中：ProjecTILs：一站式解決腫瘤和感染模型中T細胞的注釋[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mz...
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筆記 | Ensemble GTF中的biotype記錄Ensemble的GTF注釋文件時的一些內(nèi)容 Biotype 指的是基因或轉(zhuǎn)錄本的分類援雇。 IG gene: 發(fā)生體細胞基因重組的免疫球蛋白基因扰肌，由IMGT注釋（http:...