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montreal生信人2018-02-07 大家好！又見(jiàn)面了羡蛾。本期承接上期進(jìn)化樹(shù)作圖專題1的內(nèi)容百宇，和大家分享一下關(guān)于進(jìn)化樹(shù)圖的幾種分類史翘。 依據(jù)不同規(guī)則量没，樹(shù)的分類可以有很多種丑罪。...

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繼續(xù)之前還沒(méi)有完成的內(nèi)容申窘。因?yàn)樽罱趯W(xué)習(xí)Y叔的R包--ggtree，所以就順便拿這個(gè)內(nèi)容來(lái)進(jìn)行展示孔轴，作為一個(gè)例子來(lái)記錄剃法。nwk樹(shù)文件和R代碼文件我已經(jīng)放在github：htt...

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基因家族樹(shù)構(gòu)建最常用的方法是 NJ 法和 ML 方法，構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)之前路鹰，需要進(jìn)行多序列比對(duì)贷洲。 多序列比對(duì) 多序列比對(duì)的作用是將核酸或者氨基酸序列對(duì)齊，使得相同殘基的位點(diǎn)位于同一...

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一晋柱、背景資料 進(jìn)化樹(shù)（evolutionary tree）又名系統(tǒng)樹(shù)（phylogenetie tree）進(jìn)化樹(shù)优构，用來(lái)表示物種間親緣關(guān)系遠(yuǎn)近的樹(shù)狀結(jié)構(gòu)圖。在進(jìn)化樹(shù)中雁竞，各個(gè)分類...

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1. 軟件簡(jiǎn)介 CFVisual_V2.1軟件是一款借助Python語(yǔ)言的matplotlib庫(kù)和PySide2庫(kù)進(jìn)行生物序列結(jié)構(gòu)繪圖的數(shù)據(jù)可視化軟件碑诉，主要用于生物信...

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在基因家族分析中彪腔，通過(guò)pfam數(shù)據(jù)庫(kù)檢索獲得已知基因家族的hmm模型(隱馬模型)是必不可少的一步，最近發(fā)現(xiàn)pfam數(shù)據(jù)庫(kù)有變動(dòng)进栽，和大家分享一下德挣。 1. pfam數(shù)據(jù)庫(kù) pfa...