一. 群體結(jié)構(gòu)評(píng)估 1.群體結(jié)構(gòu) 群體結(jié)構(gòu)評(píng)估內(nèi)容構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)群體結(jié)構(gòu)分析PCA（主成分分析） a.系統(tǒng)發(fā)育樹(shù) 一般 GWAS 都是種間的，用 NJ 法就可以棋返，maga 就...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：上海
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GWAS理論 1-3 群體結(jié)構(gòu)與親緣關(guān)系評(píng)估 -
GWAS學(xué)習(xí)筆記（2）-GWAS分析具體流程y一、認(rèn)識(shí)文件名 五大格式文件：ped&mapbed&fam&bim 各自存儲(chǔ)何種數(shù)據(jù) 五種格式 ①ped（pedigree节猿，家系）：包含樣本的譜系信息和基因型信息，必須與f...
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GWAS 分析練習(xí)（二）關(guān)聯(lián)分析關(guān)聯(lián)分析就是將突變與表型聯(lián)系起來(lái)爽蝴，如果表型是分類的沐批，最簡(jiǎn)單的方法就是卡方檢驗(yàn)。plink - -assoc 原理就是這樣蝎亚，但不能添加協(xié)變量九孩，plink - -logistic...
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vcf文件與vcftools（二）
vcftools是用來(lái)處理vcf和bcf文件的工具集，功能涵蓋了過(guò)濾发框，數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換躺彬，一些指標(biāo)的統(tǒng)計(jì)計(jì)算，vcf文件之間變異信息的差異比較等等梅惯。 1.基本用法 2.使用 官網(wǎng)提...
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R語(yǔ)言實(shí)現(xiàn)-T檢驗(yàn)
寫在前面搬運(yùn)自公眾號(hào)bioLinkx t檢驗(yàn)用于檢驗(yàn)兩個(gè)總體均值是否一致宪拥，分為單樣本t檢驗(yàn)、獨(dú)立樣本t檢驗(yàn)和配對(duì)樣本t檢驗(yàn)铣减。 t檢驗(yàn)適用條件：小樣本她君、正態(tài)分布、方差齊性 若是...
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R語(yǔ)言可視化（二十七）：序列l(wèi)ogo圖繪制27. 序列l(wèi)ogo圖繪制 清除當(dāng)前環(huán)境中的變量 設(shè)置工作目錄 使用seqLogo包繪制序列l(wèi)ogo圖 使用ggseqlogo包繪制序列l(wèi)ogo圖 使用motifStack包...
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利用R包ggmsa進(jìn)行多序列比對(duì)_2020-05-31## 1.設(shè)置當(dāng)前工作目錄 setwd("./ggmsa") ## 2.安裝和導(dǎo)入R包 # install.packages("ggmsa") library(ggmsa) ...
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2021-11-12R包安裝報(bào)錯(cuò)怎么解決實(shí)話說(shuō)葫哗，這是一個(gè)非常龐大的問(wèn)題缔刹，因?yàn)檫@個(gè)牽扯到服務(wù)器硬件，系統(tǒng)等軟件因素劣针，還有一些網(wǎng)絡(luò)問(wèn)題導(dǎo)致的玄學(xué)問(wèn)題校镐，復(fù)雜性導(dǎo)致它很有挑戰(zhàn)。但是捺典，我們不能因?yàn)橛刑魬?zhàn)性就放棄了鸟廓，畢竟總會(huì)不...
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多個(gè)Sanger測(cè)序結(jié)果和多序列比對(duì)結(jié)果的可視化寫在前面 轉(zhuǎn)眼五一假期就要結(jié)束。事實(shí)上，在每一個(gè)假期引谜，我總是有一些想做的事情牍陌，比如完成某個(gè)分析任務(wù)？或者是寫一個(gè)不錯(cuò)的工具员咽。今次假期比較特殊呐赡，我似乎變得愿意安排出時(shí)間陪伴本應(yīng)...
