一. 群體結(jié)構(gòu)評估 1.群體結(jié)構(gòu) 群體結(jié)構(gòu)評估內(nèi)容構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹群體結(jié)構(gòu)分析PCA（主成分分析） a.系統(tǒng)發(fā)育樹 一般 GWAS 都是種間的帕翻，用 NJ 法就可以扔枫，maga 就...
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GWAS理論 1-3 群體結(jié)構(gòu)與親緣關(guān)系評估 -
GWAS學(xué)習(xí)筆記（2）-GWAS分析具體流程y一腹暖、認(rèn)識文件名 五大格式文件：ped&mapbed&fam&bim 各自存儲何種數(shù)據(jù) 五種格式 ①ped（pedigree耘拇，家系）：包含樣本的譜系信息和基因型信息睦尽，必須與f...
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GWAS 分析練習(xí)（二）關(guān)聯(lián)分析關(guān)聯(lián)分析就是將突變與表型聯(lián)系起來缺狠，如果表型是分類的问慎，最簡單的方法就是卡方檢驗。plink - -assoc 原理就是這樣挤茄，但不能添加協(xié)變量如叼，plink - -logistic...
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vcf文件與vcftools（二）
vcftools是用來處理vcf和bcf文件的工具集，功能涵蓋了過濾穷劈，數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換笼恰，一些指標(biāo)的統(tǒng)計計算，vcf文件之間變異信息的差異比較等等歇终。 1.基本用法 2.使用 官網(wǎng)提...
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R語言實現(xiàn)-T檢驗
寫在前面搬運自公眾號bioLinkx t檢驗用于檢驗兩個總體均值是否一致社证，分為單樣本t檢驗、獨立樣本t檢驗和配對樣本t檢驗评凝。 t檢驗適用條件：小樣本追葡、正態(tài)分布、方差齊性 若是...
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R語言可視化（二十七）：序列l(wèi)ogo圖繪制27. 序列l(wèi)ogo圖繪制 清除當(dāng)前環(huán)境中的變量 設(shè)置工作目錄 使用seqLogo包繪制序列l(wèi)ogo圖 使用ggseqlogo包繪制序列l(wèi)ogo圖 使用motifStack包...
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利用R包ggmsa進行多序列比對_2020-05-31## 1.設(shè)置當(dāng)前工作目錄 setwd("./ggmsa") ## 2.安裝和導(dǎo)入R包 # install.packages("ggmsa") library(ggmsa) ...
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2021-11-12R包安裝報錯怎么解決實話說奕短，這是一個非常龐大的問題宜肉，因為這個牽扯到服務(wù)器硬件，系統(tǒng)等軟件因素翎碑，還有一些網(wǎng)絡(luò)問題導(dǎo)致的玄學(xué)問題谬返，復(fù)雜性導(dǎo)致它很有挑戰(zhàn)。但是日杈，我們不能因為有挑戰(zhàn)性就放棄了遣铝，畢竟總會不...
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多個Sanger測序結(jié)果和多序列比對結(jié)果的可視化寫在前面 轉(zhuǎn)眼五一假期就要結(jié)束佑刷。事實上，在每一個假期酿炸，我總是有一些想做的事情项乒，比如完成某個分析任務(wù)？或者是寫一個不錯的工具梁沧。今次假期比較特殊檀何，我似乎變得愿意安排出時間陪伴本應(yīng)...
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IGV 導(dǎo)入本地基因組及注釋文件IGV軟件有自帶的基因組文件和注釋文件，使用自帶的還是方便一些廷支。但是频鉴，其使用的注釋文件和基因組文件可能與我們數(shù)據(jù)分析時的不一致，這時候我們可視化bigwig文件或者bam文件...
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在IGV里同時查看多個region/gene之前使用IGV查看ChIP-seq結(jié)果的時候恋拍，一般就是只看某一個基因附近的peaks垛孔，或者同時打開好幾個IGV界面(sessions)查看多個基因。從來沒有幾個基因一起查看過...
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IGV 雜記網(wǎng)頁在線版 https://igv.org/app/[https://igv.org/app/] 本地安裝施敢，下載網(wǎng)址：http://software.broadinsti...
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IGV腳本批量截圖IGV腳本批量截圖 IGV（Integrative Genomics Viewer）是一款本地即可使用的基因組瀏覽器周荐。我們常常用它來查看一些位點或者區(qū)域的變化。在一些文章的附...
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IGV導(dǎo)出SVG圖片導(dǎo)入到AI里的方法
前言 從IGV里導(dǎo)出矢量圖格式SVG僵娃，雖然可以直接用chrome查看概作，但是用AI打開編輯時會報錯，并只剩下框架默怨，沒有各個tracks讯榕，如下圖： 有些版本還會報帶有Tiny的提...
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Tracksplot的繪制（繪圖基礎(chǔ)知識）最近年中匯總，會持續(xù)到6月底匙睹，我們就分享一些基礎(chǔ)知識愚屁！ 我們的任務(wù)是實現(xiàn)下面這張圖 直接開始,讀取數(shù)據(jù) 開始繪制 在這里我們大功告成，完成上面圖譜的繪制痕檬。 擴展一下 使用gg...
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基因結(jié)構(gòu)繪圖UTR霎槐、外顯子和內(nèi)含子位置和結(jié)構(gòu) 運用在線分析工具GSDS(Gene Structure Display Server)繪制基因內(nèi)含子-外顯子結(jié)構(gòu)圖網(wǎng)址：Gene Struc...
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R語言：gggenes在基因組中畫基因箭頭圖導(dǎo)讀 gggenes: Draw Gene Arrow Maps in 'ggplot2'。 Github：gggens[https://github.com/wilkox/...
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genoplotR對基因組比較結(jié)果的展示先運行一段小的代碼 一些數(shù)據(jù)格式的說明 dna_segs： （name梦谜，start丘跌，end，strand這四項是必須要的col改淑，lty碍岔，lwd，pch朵夏，cex蔼啦，gene_ty...
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genoPlotR繪制基因結(jié)構(gòu)圖繪制基因結(jié)構(gòu)圖的方法有很多，TBtools,GSDS網(wǎng)站等;今天介紹如何通過R繪制基因結(jié)構(gòu)圖仰猖，廢話不多說直接看代碼捏肢。 只需要安裝加載所需要的R包奈籽，讀入如下示例格式數(shù)據(jù)即可,
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跟著Nature Genetics學(xué)畫圖：R語言ggbio包畫基因結(jié)構(gòu)圖論文是 Pan-genome analysis highlights the extent of genomic variation in cultivated and wi...