QQ-plot圖 發(fā)現(xiàn)個超級好的貼七冲，忍不住粘過來啊，好東西要傳播啊规婆，不是打廣告啊澜躺。 附鏈接：http://www.genedenovo.com/news/391.html Q...
發(fā)簡信
IP屬地：吉林
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【畫圖】pheatmap多圖組合1. 解決問題 ??在進行多圖繪制的時候，用cowplot::plot_grid函數(shù)進行多圖組合抒蚜，結(jié)果在多圖組合的時候掘鄙，別的ggplot畫圖的對象沒有任何問題，但是pheat...
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2021-05-23 ChIP-seq數(shù)據(jù)從頭到尾比對及分析匯總（個人分析記錄貼）0_1 前言 有時間再詳細寫introduction嗡髓。先把我分析數(shù)據(jù)的流程記錄下來操漠，后續(xù)持續(xù)更新。 0_2 用到的軟件或腳本 測序數(shù)據(jù)質(zhì)控：fastp[https://git...
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關(guān)于SNP的過濾（3）：如何從NGS生成高質(zhì)量的SNP數(shù)據(jù)集饿这？
背景知識 隨著高通量測序方法的出現(xiàn)浊伙，大量DNA序列可以應(yīng)用于SNP的發(fā)現(xiàn)。這些數(shù)據(jù)中SNP的識別依賴于計算方法长捧。它們?nèi)Q于您是否對種系或體細胞突變感興趣嚣鄙。往往它們通常將序列與...
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2022-10-10 samtools分析測序基因組的depth和coverage
對基因組測序完成后，我們經(jīng)常需要統(tǒng)計測序深度（depth）和對基因組的覆蓋率（coverage） 這兩個概念有時候不太好區(qū)分唆姐，有時coverage也表示測序深度x. 我們用s...
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測序數(shù)據(jù)的深度拗慨、覆蓋度等計算Coverage Depth 覆蓋深度 mapping depth 基因組被測序片段（短讀 short reads）“覆蓋”的強度有多大廓八？ 每一堿基的覆蓋率是基因組堿基被測序...
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【基因組組裝】HiC掛載軟件以及如何用Juice_box手工糾錯奉芦？1.常用HiC掛載軟件 ALLHiC張興坦老師專為多倍體和高雜合度物種基因組掛載開發(fā)。如果是復(fù)雜基因組剧蹂，肯定是首選声功。對于簡單基因組，我跑了下宠叼，結(jié)果不佳先巴。提了issue其爵，張老師...
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生信 | 基因組組裝實戰(zhàn)（六）：基因組質(zhì)量、一致性伸蚯、保守性摩渺、LAI等評估寫在前面 以下內(nèi)容均來自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培訓(xùn)班上記錄的課堂筆記 1.基因組組裝指標評估 為什么...
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生信 | 三維基因組技術(shù)（三）：Hi-C 數(shù)據(jù)比對及HiC-Pro的使用寫在前面 以下內(nèi)容均來自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培訓(xùn)班上記錄的課堂筆記 1.Hi-C原理簡介 1.1 ...
