GEOdatabase下載了一個(gè).loom文件绰沥，想要用一下這個(gè)數(shù)據(jù)，折磨了一周徽曲，終于成功的將它轉(zhuǎn)換成了seurat對(duì)象，現(xiàn)記錄如下：數(shù)據(jù)為GSE162183秃臣，地址：https...
IP屬地：湖南
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loom文件轉(zhuǎn)換成seurat對(duì)象 -
Github代碼上傳# Github代碼上傳 # ## 打開(kāi)Github,注冊(cè)賬號(hào)，創(chuàng)建新的項(xiàng)目 ## https://github.com/[https://github.com/] 進(jìn)入主頁(yè)...
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多個(gè)10x單細(xì)胞對(duì)象的合并和批次校正--seurat錨點(diǎn)整合+Harmony練習(xí)數(shù)據(jù)集的GEO編號(hào)：GSE139324 (Immune Landscape of Viral- and Carcinogen-Driven Head and Neck C...
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scRNAseq || 堆疊小提琴圖(StackedVlnPlot)的4種實(shí)現(xiàn)方式??最近一直在學(xué)習(xí)單細(xì)胞方面的知識(shí)稚虎，無(wú)意中看到別人的帖子在分享如何畫(huà)堆疊的小提琴圖(StackedVlnPlot)撤嫩，順便就學(xué)習(xí)了一下蠢终。發(fā)現(xiàn)StackedVlnPlot圖確實(shí)看...
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pheatmap函數(shù)error
用pheatmap函數(shù)在Linux系統(tǒng)上畫(huà)圖 輸入數(shù)據(jù)格式：如下 p2=pheatmap(marker,cluster_cols = T,cluster_rows = T,c...
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R basic 學(xué)習(xí)筆記(Ⅰ)
1.獲取幫助-最重要的學(xué)習(xí)技能 1.1 ?函數(shù)名/help('函數(shù)名') #獲取函數(shù)幫助 1.2 help.search('字符/短語(yǔ)') #獲取單詞或短語(yǔ)的幫助文件 1.3...
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單細(xì)胞T-cell 文章錦集（做ppt用）張澤民老師課題組單細(xì)胞系列文章觀(guān)看順序指南 下面是同期收集單細(xì)胞Tcell 的文章两踏，以饗讀者。 SnapShot: T Cell Exhaustion T cells: th...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組亞群分析
作者：堯小飛審稿：童蒙編輯：angelica 引言 在上一篇文章單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組(Single cell RNA)概述梦染，我們對(duì)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行了簡(jiǎn)單的介紹及其分析必備所需矩陣的獲...
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R--去重unique ; duplicated帕识，根據(jù)某一列的重復(fù)值，去除該重復(fù)值所在的整行
unique 語(yǔ)法 unique(x, incomparables = FALSE, fromLast = FALSE,nmax = NA...)x 可以是向量遂铡、數(shù)據(jù)框、數(shù)組...
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中山大學(xué)中山醫(yī)學(xué)院-基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)博士在讀<br>歡迎關(guān)注個(gè)人公眾號(hào)<br><br>公眾號(hào)：bioinfomics<br>博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fdongwei1220.github.io%2F" target="_blank">https://dongwei1220.github.io/</a><br>
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2020-07-29 centos上掛載U盤(pán)
1.獲得管理員權(quán)限sudo -i #獲得管理員權(quán)限的用戶(hù)fdisk -l #查看u盤(pán)設(shè)備 u盤(pán)位置通常在最下面以sdb或者sdc開(kāi)頭的設(shè)備里碱呼，我的系統(tǒng)下在sdc中的sdc1 ...
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喜歡寫(xiě)代碼的外科醫(yī)生矾利。
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2020-07-07 單細(xì)胞數(shù)據(jù).h5文件轉(zhuǎn)換成seurat對(duì)象
第一步：從GEO數(shù)據(jù)庫(kù)下載.h5文件 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSM3892578 第二步:Rs...
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劉小澤學(xué)習(xí)組合多個(gè)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)劉小澤寫(xiě)于19.10.8前幾天單細(xì)胞天地推送了一篇整合scRNA數(shù)據(jù)的文章：使用seurat3的merge功能整合8個(gè)10X單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組樣本這次根據(jù)推送，再結(jié)合自己的理解寫(xiě)一...
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單細(xì)胞測(cè)序（scRNA-seq）通關(guān)||數(shù)據(jù)處理必知必會(huì)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析系列教程 sc-RAN-seq 數(shù)據(jù)分析||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial[https://www.jians...
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膳⒎基圖在單細(xì)胞數(shù)據(jù)探索中的應(yīng)用什么是杀屎幔基圖 桑基圖（Sankey diagram）咐吼，即纱档蓿基能量分流圖，也叫删馇眩基能量平衡圖厢塘。它是一種特定類(lèi)型的流程圖肌幽，圖中延伸的分支的寬度對(duì)應(yīng)數(shù)據(jù)流量的大小晚碾，比較適用于用戶(hù)流...
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強(qiáng)烈推薦 10 款珍藏的 Chrome 瀏覽器插件Firebug 的年代喂急，我是火狐（Mozilla Firefox）瀏覽器的死忠格嘁；但后來(lái)不知道為什么，該插件停止了開(kāi)發(fā)廊移，導(dǎo)致我不得不尋求一個(gè)新的網(wǎng)頁(yè)開(kāi)發(fā)工具糕簿。那段時(shí)間，不少人開(kāi)...
